介紹
3大種群蛋白質內部重複片段組成規律的比較研究
20世紀70年代,Ohno提出了功能蛋白的起源理論,認為寡肽片段的周期性重複是蛋白質起源的一種方式。蛋白質內部重複片段在蛋白質序列進化的過程中具有重要意義。選取原核生物、古細菌、真核生物的8個代表物種,設計了新的蛋白質內部重複片段的提取方法,並用矩陣的方式對重複片段的類型及其出現的頻率進行形象地展現,既保留了重複片段的序列特徵又可進行全局性的統計描述。
分析表明:真核生物高頻率的使用簡單重複序列;真細菌也具有低頻率使用簡單重複序列的現象;而古細菌則幾乎沒有。進一步研究顯示,3大種群生物偏向性使用胺基酸構成蛋白質內部重複片段的形為與蛋白質組的胺基酸使用頻率緊密相關。其相關係數在真細菌和古細菌中高於0.95,而真核生物略低。真核生物蛋白質組大量使用簡單重複片段,以及兩者在胺基酸使用上的較低相關性暗示簡單重複序列的快速進化是導致真核生物蛋白質組高複雜性的一個關鍵因素。