內源性抗原（endogenous antigen)，指在抗原提呈細胞內新合成的抗原，如病毒感染細胞合成的病毒蛋白、腫瘤細胞內合成的腫瘤抗原等。內源性抗原以抗原肽-MHC I類分子複合物形式提呈給CD8+T細胞。經蛋白酶體降解產生的內源性抗原肽必須進入內質網才能與I類分子結合，這一轉運過程依賴抗原加工相關轉運物(transporter associated with antigen processing，TAP)。這是一種位於ER膜上的跨膜蛋白，屬ABC轉運蛋白家族，由兩個亞單位TAPl和TAP2組成，編碼基因位於HLAⅡ類基因區中PSMB基因的近旁。每個亞單位反覆穿越ER膜6次。TAPl的兩個穿膜段和TAP2的兩個穿膜段在ER膜上圍成一個孔道，胞質內的內源性抗原肽即通過這一孔道進入ER腔。TAPl和TAP2胞質一側近C端各有一個ATP結合部位，它能催化ATP降解，為TAP轉運內源性抗原肽提供能量。內源性抗原肽首先與胞質一側TAP結合，在ATP作用下，孔道的胞質側開放，內源性抗原肽穿越孔道進入內質網腔。TAP選擇性轉運8一12肽，這種長度正是MHC I類分子抗原結合槽所能容納的最適長度。TAP對這些肽末端殘基的性質有一定的要求，即優勢選擇C端為鹼性、極性或疏水性殘基的肽段，而這些殘基也是與I類分子結合肽的錨著殘基。由此可見，TAP特別適合於運輸能與I類分於結合的抗原肽。在大鼠和人類的某些腫瘤細胞株中發現，TAP2表達缺陷與腫瘤細胞表面MHC I類分子表達減少有關，由此造成的腫瘤抗原提呈功能缺陷可能是其逃逸免疫監視的原因之一。需要指出的是，非經典性I類分子HLA-E發揮提呈作用時，在內質網中與I類分子引導序列的結合不依賴TAP。
是指在腫瘤細胞、病毒感染細胞等自行合成的腫瘤抗原或病毒蛋白。
