耶穌會活動在18世紀達到頂峰,遭到各國廣泛抵制,克雷芒十四世擔心西班牙,法蘭西諸國教會公開脫離羅馬教廷,乃於1773年7月21日將克雷芒十三世準備解散耶穌會的決定付諸實施,發布《我們的上帝和救主》通諭,宣告永遠解散和關閉耶穌會,耶穌會士均被降為俗人,但耶穌會人士不服氣,傳出有關教皇的各種流言。通諭發布14個月後教皇死去,有人懷疑是被會士所殺。1814年,教皇庇護七世又決定恢復耶穌會,其間中斷了40多年。
克雷芒十四晚年體弱多病,宗教和政治方面的工作多不順利。時時顧慮被人暗算,鬱鬱寡歡,終年69歲。庇護六世即位。