元憲宗四年（公元1254年）設定臨安-廣西-元江等處宣慰使司，治所在寧州（通海），轄臨安路（通海）、廣西路（瀘西）、和泥路（思陀）、元江路（元江因遠），包括了今滇東南和滇南範圍。不過羅盤甸（元江因遠）和泥蠻（哈尼族）還沒有被征服。禮社江（澧江鎮）棠魔蠻（傣族）那氏首次歸附蒙古國（元朝前身）；元憲宗七年（公元1257年）那氏又重新背叛。
元朝至元元年（公元1264年）改因遠部為羅盤部。至元二年（公元1265年）改元江路為元江府。
元至元十二年（公元1275年）設定開南州（景東），隸屬威楚路（楚雄）；元至順二年（公元1331年）開南州升為景東軍民府，轄開南（景東）、威遠（景谷）、乾遠（鎮沅）3個州，隸屬於雲南行省。在南詔時期，元江隸屬於銀生節度（景東）；在大理國時期，景東與元江同屬於威楚府；元朝以後開南州（景東軍民府）隸屬於威楚路，元江路則獨立設定。
至元十三年（公元1276年），禮社江棠魔蠻那氏再次歸附元朝，立那氏為元江萬戶府。羅盤國和泥蠻也被迫投降，設定元江府；不久，和泥蠻再次背叛，改羅盤部為加滇國。
《雲南志》：“元憲宗四年內附，七年復叛，帥諸夷築城據命。至元十三年，遙立元江府以羈縻之。至元二十五年（1288年）討平之，割羅盤（今元江澧江鎮）、馬籠（今新平縣漠沙一帶）、步日（今寧洱）、思么（今思茅）、羅醜、羅陀、步藤、步竭、台威、台陽、設棲、你陀等十二部於威遠設元江路，屬臨安廣西元江等處宣慰司。”這裡的威遠應該是元江因遠，而不是景東威遠。
至元二十五年（公元1288年），在元兵的鎮壓下加滇國滅亡，西部和泥蠻向西雙版納方向逃亡，從此雅尼然和阿卡然悲歌壯行。隨後取消元江軍民萬戶，又改為元江路，從此元江的政治中心從因遠鎮轉移到澧江鎮。
明洪武十五年（公元1382年），將元江路改置為元江府，府治在今澧江鎮。
明洪武十七年（公元1384年），元朝元江路的馬龍甸設定馬龍他郎甸長官司，直屬布政司。弘治十四年（公元1501年）改置新化直隸州。明萬曆十九年（公元1591年），新化直隸州降級為散州；同年，以平甸鄉為基礎，劃撥元江、石屏、河西、新化等州縣部分村寨，建立新平縣，治所在今平甸鄉舊城村；新化州和新平縣並行隸屬於臨安府。清朝康熙四年（公元1665年），裁新化州併入新平縣，仍隸屬臨安府。
明洪武十八年（公元1385年），設定因遠羅必甸長官司，隸屬於元江府，任命當地的酋長白文玉為長官司副長官。
明洪武十八年至二十年（公元1387年），朝廷派遣經歷楊大用到元江等府去訓練軍隊，因為此時百夷族（緬甸東吁王朝傣族）屢次在邊疆地區作亂，朝廷欲發兵平定之。
明洪武二十六年（公元1393年），朝廷在元江府設定儒學學校。
明洪武二十七年（公元1394年），元江知府那榮和羅必甸副長官白文玉等人前來京城朝覲，向皇帝進貢。
於明洪武年間，元江軍民府的步日部併入因遠羅必甸長官司。
明朝永樂四年（公元1406年）元江府升為元江軍民府，授予境外用兵的權利，肩負著保衛疆土的職責和使命。原因有三：①多次朝貢表示忠心；②政治信任；③軍事需要。元江軍民府在抗擊東吁王朝（緬甸）、保衛祖國西南邊疆，建立了不可磨滅的功勳。
明朝嘉靖年間（公元1522年～1566年）實行“改土歸流”，元江軍民府因遠羅必甸（元江）長官司改為奉化州，他郎馬龍甸（墨江）長官司改為恭順州。在奉化州的東北有禾摩村巡司。
清順治十六年（公元1659年）正月，清軍攻陷昆明。設巡撫和雲貴總督，基本延續明朝的府、州、廳、縣和土司制度。明永曆帝逃入緬甸，授元江府土知府那嵩為巡撫，授其子那燾為知府，授其弟將軍武職；九月，在李定國的聯絡下，那嵩和總兵許名臣舉旗反清；十二月失敗。元江軍民府改為元江府。清政府藉此機會“改土歸流”，廢除鈕兀御夷長官司（江城，綠春），把轄區分封給建立戰功的將士為土千總、土守備等；土著貴族委任為土千戶等。
清順治十七年（公元1660年），設定流官知府；配置元江協副將，就是後來的裁曲靖府通判。知府是從四品。
清順治十八年（公元1661年），元江府又升為元江軍民府。軍民府的知府是正四品。
清雍正七年（公元1729年），雲南布政司把原屬元江軍民府的普洱地方，從元江軍民府劃出，另設一府，稱為普洱府，隸屬於雲南布政司。
清雍正十年（公元1732年），裁曲靖府通判由土城移駐他郎寨（今墨江縣城），設他郎廳，恭順州和原鈕兀御夷司轄區併入他郎廳管轄，轄區內的龍氏土千總、施氏土千總、施氏土守備等土官也隸屬於他郎廳；他郎廳仍隸屬於元江軍民府。原屬臨安府所屬新平縣也劃歸元江府。元江府轄奉化州、新平縣、他郎廳。
清乾隆三十年（公元1767年）元江軍民府降級為元江府。
清乾隆三十一年十月壬戌日（公元1766年11月27日）解析迤東道所屬鎮沅、元江、臨安、普洱四府，新設迤南道，治所在普洱。從此，滇南的政治中心由元江轉移到普洱。
清朝乾隆三十五年庚戌日（公元1770年11月27日），元江府再降級為元江直隸州，隸屬迤南道，相當於兩個散州，轄奉化州（元江）和新平縣。他郎廳劃歸普洱府管轄。
公元1948年1月至1949年4月，雲南省第六區行政督察專員公署設於新平縣城，管轄新平、峨山、雙柏、龍武、鎮沅、景東、元江、墨江八縣。
其它補充內容可以參閱“他郎廳”。
