個人生平
余清芳1895年日軍侵占台灣時，曾參加抗日鬥爭。1899年，任台南縣巡查補，不久又被解職。1902年，又任鳳山縣巡查補，兩年後又被免職。後來以“吃菜堂”為掩護，秘密從事抗日活動。
1908年，被日軍關進“浮浪者收容所”，近3年。1914年，在台南市開設碾米廠，同時也開展抗日活動。
1915年3月，與江定、羅俊等人在西來庵集會，組成台灣抗日革命軍，成立“大明慈悲國”，被推為大元帥。他發表文告，號召全體台胞“奮勇爭先，盡忠報國，恢復台灣”，並以噍吧哞（今玉井）為據點，舉旗抗日，遭到日本殖民當局的通緝。
8月，余清芳轉移到台南、阿緱交界的二會林坪時，因人告密被捕，9月，被日軍在台南監獄處以絞刑。
人物軼事
揭竿而起
余清芳祖籍閩南，後遷居台灣屏東。他生於光緒五年(1879年)，15歲時，日本強占台灣，余清芳由學塾轉入日文學校。20歲時考取了警員，在岡山(阿公店)任職。余清芳是位愛國的熱血青年，他看不慣日本警察欺壓自己的同胞，常常與日警發生衝突，不久則被調往鳳山，不料鳳山的警所更為殘暴，余清芳反抗得也更加強烈，最後，他終於遭到當局的開除。離開警界後，他參加了佛教團體，到處集會結社，發動民眾反抗日本統治者。余清芳成了日本當局眼裡的危險人物，他們將其抓捕入獄，一關就是兩年。出獄時，余清芳已32歲了。
1911年，辛亥革命爆發了，接著中華民國誕生。余清芳受到極大的鼓舞，他決心為台灣擺脫日本的統治而進行武裝鬥爭。於是，利用台南西來庵的佛教信徒出售符祿，為抗日舉事籌得一筆巨款，並暗中招兵買馬，準備起義。不料，在1915年6月間，起義計畫卻被日警方探悉，起義軍重要領導人羅俊很快被抓捕，接著日警又對“首犯”余清芳採取行動，所幸餘事先已得到訊息，迅速逃脫。逃脫魔掌的余清芳決定就此率眾起義。余自稱“大明慈悲國大元帥”，江定為副元帥，準備進攻日本警所。
此時駐台南日方軍警已聞知訊息，十分驚慌，生怕由此引發燎原大火，決定先發制人，急調集軍警包圍了義軍山區基地。余清芳兵分兩路，迎頭出擊，首戰大捷，一舉擊潰了日方軍警的進攻，並且乘勝追擊，攻占了好幾個派出所，殺死日警數十人。余清芳又意外地從俘虜口中得知，日方警力已傾巢出動，後方十分空虛，於是他親率主力，突襲了仙埔警察廳。廳里少數留守人員猝不及防，均被一一擊斃，前方日警得到這一訊息，慌忙招集殘部回師救援。等到大隊人馬趕到事發點時，義軍早已盡掠其武器彈藥退回深山老林了。氣急敗壞的日軍警跟蹤追擊，但是一見到眼前的崇山峻岭，吃過苦頭的軍警們再也不敢貿然進攻，戰事一時呈膠著狀態。
到了8月2日，義軍突然主動出擊，余清芳率精兵數百，趁著夜色襲擊了噍吧哖日警支廳的南莊派出所。面對忽然從天而降的義軍，十幾名日警很快成了槍下之鬼。大獲全勝後，余清芳下令將此所燒毀殆盡。接著又乘勝占領了噍吧哖東北的虎尾山，據險設防，遙控噍吧哖，與日警備隊對壘。
兵敗被俘
面對愈戰愈強的義軍，當地日本警方已是無能為力，於是就從其它地區抽調兵力，等待時機進攻。到了8月4日夜，抵達噍吧哖的日警已有200餘人，此外附近糖廠還有近20名後衛隊。繼之，又調來兩個分隊的正規軍，這群數百人的日軍集結後，氣勢洶洶地撲向義軍基地。不料進山後不久即暈頭轉向，一下進入了義軍的埋伏圈中。經過一番激戰，日軍丟下了幾十具屍體，其餘狼狽逃出重圍。戰敗的訊息傳到台南，台南當局大為光火，急忙又重新調集了人馬，這次除大批軍警外，還調來4個步兵中隊，1個山炮中隊，合編為1個縱隊，自蕃薯寮、六甲等地，向義軍發起攻擊。此時，義軍正集中力量攻擊噍吧哖，百餘日警節節敗退，沿途又遭到伏擊，早已死傷累累。正當義軍得勝之後聚集於虎尾山時，日軍正規部隊突然包圍了虎尾山，以巨炮自高地向義軍猛轟，義軍只有舊炮兩門，且以鐵片和石子代替炮彈，射程僅200米，其餘武器除少數步槍外，只有刀、槍、棍之類，以此武器與裝備精良的日軍正規軍作戰，勝負已不難預測。在日軍的重炮猛烈轟擊下，義軍傷亡慘重。6日傍晚，余清芳下令放棄陣地，此時能撤出山谷的只有200餘人了。日軍一著得勢，乘勝追擊，8月15日夜，已擺脫了日軍追擊的余清芳不幸被漢奸出賣而被俘。
滅絕人性的大屠殺
當初戰事激烈之際，附近的居民除加入余清芳部隊外，其餘均逃往外地了，此時日軍完成了鎮壓任務，戰事剛定，即出了一份安民告示，曰回來的居民即可免死。訊息傳開後，外逃的居民紛紛扶老攜幼返回原居，誰也想不到這竟是兇殘的日軍誘“敵”之計。等到大批居民回到住地後，日軍開始選擇居民中身體健壯者，令他們挖掘壕溝。事畢，又強令這些人面壕而立，正當眾人莫名其妙之際，突然機關槍聲驟響，所有挖溝者無一倖免地慘死溝中。接著大批日軍出動，在噍吧哖方圓20里的廣闊地面開始了一場滅絕人性的大屠殺。老人、孩子均不能倖免，遇婦女則先奸後殺。一時屍橫遍野，血流成渠，單是這一地區，被殺者就近萬人;而其他株連者尚未計在內。事後據有關統計，總計此役死難者達1.2萬多人。
日本台灣總督安東得到余清芳被捕的訊息，不由大喜。他下令在台南設立臨時法庭，所列被告計達1957名，這是世界上最大的“刑案”。余清芳866人被處死刑，700多人被判有期徒刑，不起訴者300多人，另一義軍主要將領羅俊等8人則被判絞刑。
義軍剩下的殘部，在余清芳副手江定的帶領下，繼續堅持鬥爭，直到翌年(1916)5月，不幸中了日軍的誘降之計，全部遭到秘密殺害。這場壯烈的抗日鬥爭雖然失敗了，但烈士們的鮮血教育了活著的台胞，他們更加認清了日軍的猙獰面目，反抗意志更為堅定。此後的抗日活動，不絕為縷。抗日誌士除在當地展開鬥爭外，並相繼回大陸參加了抗日鬥爭的隊伍，終於迎來了抗日戰爭的偉大勝利。余清芳義軍的血沒有白流。
後世紀念
台灣地區前領導人馬英九日前參觀了位於台南市玉井的抗日烈士余清芳紀念碑。
抗日烈士余清芳紀念碑報導稱，他在談到台灣抗日時表示，要“面對歷史恩怨分明、就事論事”。
他說：“面對家屬要設身處地、將心比心。”
馬英九祭奠抗日烈士余清芳報導稱，台灣抗日誌士余清芳於1915年領導發起的“玉井事件”（也稱“噍吧哖事件”），是日本在台灣殖民時期規模最大、抗日民眾犧牲人數最多的抗日運動。
余清芳後受到日本殖民當局的通緝，並被告密抓捕後處以絞刑。
報導稱，馬英九在談及台灣的抗日運動時說，台灣抗日誌士的精神令人欽佩 。
