特徵
（1）針對性
生態系統的許多特徵指標值具有比較固定的隨時間變化而往復振盪的特點，同時，由於生態系統本身固有自我修復或再生的能力，即對外界條件的有限變化具有較大的緩衝能力。因此，許多指標不需要經常測定，往往只需要幾年測定一次來反映可能的長時間積累性變化。這樣就給優先監測指標的選擇留下較寬的餘地。優先指標主要放在那些與生態系統本身改變或外界條件改變的作用力最大的因素有關的指標。
（2）適時性
不同時代或歷史階段，人類活動特點與強度不同，對生態系統造成的壓力不同，生態系統改變的主要矛盾方面也不同，因此，不同時代選定的優先監測指標也會因實際情況不同而有所變化。比如我國當前主要是污染和經濟開發強度大，保護生態系統的技術水平與措施較弱，因此當前污染與開發影響表現為主要矛盾，與這些壓力有關的生態指標通常應確定為優先監測指標。未來的污染類型、方式及開發影響都會改變，到時候監測的優先指標也將隨之變化。此外，當前的監測能力、技術與設備水平、對生態系統的認識程度等，也是確定優先監測指標的一類不可忽視的條件。
（3）系統類型
不同生態系統具有不同類型的特徵生態指標，因而也就有其不同的優先監測指標，這是不言而喻的。比如水體透明度對水域生態系統中植物光合生產力和水生動物生存狀態有很大的影響，而陸生生態系統則不可能有這樣的優先監測指標。
確定的原則
（1）重點與全面兼顧的原則
生態系統對生命的支持能力是由多方面因素構成的。前述所列各生態子系統的監測指標已經是經過初步篩選的比較重要的指標種類，由它們組合起來，可以比較全面地反映各子系統的生命支持能力。在選擇重要優先指標體系時，應在3類指標和各有關指標組中都有所選擇，以便兼顧指標的全面代表性。重點優先指標選擇時應該注意以下3項原則：
①當前受外力影響最大、可能改變最快的指標一定要選為當前優先監測指標。例如：受經濟開發影響和污染類指標、人口和經濟狀況指標、土地利用改變指標、主體生物和非主體生物受人類活動影響指標等都是當前較容易改變的指標類型。
②反映生態系統的生命支持能力的關鍵性指標一定要選為優先監測指標。例如：生境狀態與面積的改變、災害和人為破壞程度等。
③有綜合性代表意義的指標應當儘可能選作優先監測指標。例如：區域工農業產量和產值、生態系統的生物量、生產率、產投比等指標，它們的數值都是由區域或生態系統的多種條件因素決定的，對生態系統的生命支持能力有較綜合的代表性；同時，它們也是比較重要的生態經濟指標，一般應儘可能選作優先監測指標。
（2）照顧現有監測能力與不放棄緊急監測指標的原則
我國當前生態監測工作主要限於污染生態監測，各有關部門監測系統的生態監測、評價的經驗不足，現有生態監測能力有限。因此，確定當前的優先監測指標必須從現有監測經驗和能力的實際情況出發，屬於污染生態的指標應選為當前優先監測指標。同時，我國當前由於人口多、經濟高速度發展、環境保護工作相對薄弱，經濟開發對生態系統的壓力大，生態系統某些指標受開發壓力影響而變化很快，這些指標的監測需要在當前顯得十分迫切。為了保證使人口、經濟發展對生態系統的影響控制在儘可能小的範圍，我國當前生態監測不能放棄這類指標。因而，要求國家和各有關部門加強對生態監測體系的支持，監測體系本身要克服困難，努力提高監測能力，把這類緊急需要監測的指標列入優先監測指標。
（3）優先監測指標逐步完善的原則
指標體系是各生態子系統應該監測的重點指標，這是從當前情況和認識能力確定的。這些指標當前由於監測能力限制，需要隨監測能力發展而逐步列入例行監測。此外，未來社會經濟發展影響變化和認識能力的提高，可能還會有新的、更切合那時重點需要的監測指標，需要不斷補充列入優先監測指標範圍；某些現在認為是優先監測指標到那時顯得不十分重要，也可退出優先監測指標範圍。總之，要根據實際情況和客觀需要作適當調整，總的原則是逐步發展，不斷調整，使生態監測緊密服務於生態系統評價和國民經濟發展的需要。
（4）儘量採用可用的調查和統計資料的原則
生態監測的內容廣泛，當前有許多有價值的指標已由各有關部門的例行工作完成了監測、調查、統計。例如一般農林業、水文、氣象等部門都發布有關例行工作調查統計資料，各生態子系統所列生態監測指標通常有60%～70%可從已有例行凋查統計資料中獲得，不需要生態監測者親自進行監測工作。生態監測者的大部分工作在於勤於收集整理這些可用的資料，為生態監測、評價所用。在信息事業迅速發展的今天，生態監測系統應該首先強化信息工作和手段，充分利用已有的可用資料，減少工作重複、浪費，加強協作與信息共享，通過信息利用擴展生態監測、評價能力。
各類生態子系統的優先監測指標
（1）自然陸生生態系統
①森林生態系統 當前重點應放在污染(SO、酸雨、O)對森林生態系統的影響指標、森林生長量指標、火災、蟲害影響指標、酸雨引起土壤酸化指標，森林面積變化及森林墾荒、破壞指標以及林區生物多樣性改變(特別是珍稀瀕危物種)等方面的指標。
②荒漠生態系統 當前重點應放在荒漠化面積擴大、準荒漠化地帶植被量和過牧、過度樵採情況，荒漠地帶水系改變以及人口、農牧業發展的情況方面的指標。
（2）農業生態系統
①農田(包括農墾區)生態系統 當前重點應放在土壤、農作物和農用水源污染，土地利用改變，農區植被破壞，病蟲害發生情況，天敵物種變化，農墾區野生動物改變以及農用生物種和品種數量改變等方面的指標。
②草地生態系統 當前重點應放在草地面積變化，草地生產力變化．放牧強度，草地沙漠化程度和發展趨勢，南方草地被墾殖和水土流失情況等方面的指標。
③水產水域生態系統 當前重點應放在水體污染、富營養化，水體利用改變，水域面積和水源枯竭情況，養殖與捕撈情況，水域水產物種改變等方面的指標。
（3）淡水生態系統
大致同於水產水域的優先指標，其中濕地還要重點監測重要水鳥、兩棲類和獸類動物的物種和種群改變情況等方面的指標。
（4）海洋生態系統
大致同於水產水域生態系統的優先指標，同時要注意監測赤潮發生情況，河口流量與水質改變，海岸帶開發利用情況，石油開採的污染和生態影響等方面的指標。
