背景
戰前計畫
菲利普二世繼承西班牙王位時，西班牙海岸的局勢正在惡化，他不得不當即把注意力轉移到地中海問題上。北非海島已經進入大西洋，擾亂了西班牙蓋倫帆船往返西印度群島的交通。1559年，無休無止的對法戰爭暫時停頓，解決馬格里布問題的決定性時刻似乎到來了。
西班牙人擬定了計畫，打算奪回具有戰略意義的的黎波里港，並重新獲得地中海軸線的控制權。戰役的準備工作就像西班牙所有的海上冒險一樣，非常艱苦，而且還受到了菲利普二世自己的某種壓制。新國王和他父親並不相像：查理五世喜好冒險，但菲利普二世謹小慎微，注定將以“審慎的國王”的雅號留名青史。查理五世常常御駕親征，菲利普二世則穩坐在馬德里的王宮，通過一系列命令遙控在遠方衝鋒陷陣的指揮官們。他對遠征指揮官的選擇也頗具爭議。安德烈亞·多里亞已經九十三歲高齡，雖然看上去還精神矍鑠，但畢竟年事已高，不能參戰；指揮棒被交給了多里亞的侄孫喬萬尼·安德烈亞，一個經驗不足、年僅二十一歲的年輕人。這將帶來災難性後果。
1559年12月，艦隊終於起航。關於行動目標還躊躇了一段時間，最後決定兵鋒直指圖爾古特位於傑爾巴島的海盜巢穴。
過程
1560年春，西班牙軍隊輕鬆占領了傑爾巴島，並在那裡建造了一座要塞，進駐了部隊。但海盜們已經向伊斯坦堡報告了訊息，一支擁有86艘槳帆船的奧斯曼艦隊在皮雅利帕夏統領下緊急出動。他們在僅僅二十天內就抵達了傑爾巴島，創造了一項紀錄。奧斯曼艦隊的船帆黑壓壓地出現在海平線上，令喬萬尼·安德烈亞的艦隊大吃一驚。西班牙人慌裡慌張地上船，亂成一片，沒有排好作戰隊形。皮雅利將西班牙戰船一艘一艘地逐個消滅。喬萬尼·安德烈亞帶領他私人的槳帆船群逃之夭夭，留下的是含糊其辭的諾言——他將派來援兵，解救被圍困的要塞。援兵始終沒有來；菲利普二世舉棋不定，後來他的這種優柔寡斷將成為家常便飯；他先是匆忙地準備救援艦隊，然後又害怕在最後關頭會損失更多船隻，不準他出航。他就這么拋棄了要塞守軍。要塞遭到攻打，然後水源被切斷，於是陷落了。全部守軍5000人，要么戰死，要么被處決；只有貴族軍官被饒了性命。他們被作為戰利品和繳獲的槳帆船一起送給了蘇萊曼。穆斯林在傑爾巴島上用死者的骨頭搭建了一座金字塔；這座“骷髏要塞”一直保留到19世紀。
影響
對西班牙來說，災難不僅僅在於損失了若干船隻和人員。真正嚴重的是，他們損失了600名經驗豐富的水手、2000名海軍火繩槍兵和久經沙場的指揮官們——整整一代熟悉槳帆船作戰的人，他們的經驗是通過多年的實踐積累來的，這些人的損失是不論多少印加黃金都無法彌補的。傑爾巴島的慘敗之後，西班牙和義大利更加無遮無擋。
1560年10月1日，皮雅利帕夏的凱旋艦隊圍繞在蘇丹後宮的下方，在震耳欲聾的歡呼聲中駛入金角灣。弗蘭德使節比斯貝克目睹了這一“對土耳其人來說事天大喜事，卻令基督徒愴然淚下”的盛況。蘇萊曼來到了御花園一端的樓台亭閣，“以便近距離觀看龐大的艦隊駛入港灣，以及被示眾的基督徒指揮官們”。艦隊的分列式是精心安排的，目的是展現奧斯曼海軍的無比強大。奧斯曼槳帆船被塗成鮮艷的紅色和綠色；被俘的基督徒船隻則被拆除了桅桿、索具和船槳，“以便讓它們在土耳其槳帆船的對照下顯得渺小、醜陋和可鄙”。在皮雅利旗艦的船尾樓上，旌旗招展、鼓樂喧天，基督徒們被押著示眾，作為教導大家做人要謙卑的活教材。
奧斯曼帝國的海上力量達到了巔峰。如果說，某一方在某個時刻能夠完全控制不可控制的地中海的話，那就是這一刻。但在那個初秋的日子，能夠近距離觀察蘇丹的人會發現，他的臉上沒有勝利的喜悅。他的儀態看上去凝重嚴峻、鐵石心腸。
傑爾巴的災難某種程度上起到了積極的作用，它迫使西班牙更加投入的迎接地中海的挑戰。首當其衝的義大利各總督紛紛開徵新稅來製造艦船，菲利普二世藉機向羅馬教廷要求除已經給他的聖戰稅之外的補助金，從這些捐稅每年為西班牙增加了約200萬杜卡特的收入。在充足錢款的支持下，從義大利到加泰羅尼亞，西歐幾乎所有的船舶工廠都參與到艦隊重建的作業中。1561-1564年，土耳其艦隊出乎意料的連續多年保持平靜，沒有一次重大行動，也給了西班牙喘息之機。
西班牙利用這4年和平，加緊打擊北非的柏柏爾私掠海盜。新艦隊和水手在茫茫大海中捉迷藏式的艱苦鬥爭中得到鍛鍊，偉大的海軍將領阿爾瓦羅·德·巴桑，即後來的聖克魯斯侯爵，就是在此時開始了他的輝煌事業。1563年，巴巴羅薩·海雷丁的兒子哈桑帕夏曾率領阿爾及爾海盜海陸並進，大舉進攻西班牙在北非的設防城市奧蘭，但西班牙守軍和救援艦隊英勇奮戰，擊退了進攻；第二年，西班牙人再次集結艦隊投入進攻，突襲摩洛哥沿岸要塞佩農-德-貝萊斯，並一舉拿下。
這一系列作戰顯示出西班牙在地中海的實力逐漸恢復，軍事機器運轉、配合良好。與傑爾巴戰役的拖延形成鮮明對比的是，從奧蘭4月遭到進攻到6月8日成功解圍，西班牙僅用了兩個月就完成了艦隊集結，進軍和作戰。在當時人看來，這真是一個奇蹟，塞萬提斯還把這一轟動事件用作戲劇題材。人事方面，西班牙海軍司令維拉弗蘭卡侯爵唐·加西亞·德·托萊多在1564年接替麥迪納塞利公爵成為西西里總督，這樣就使海軍司令部、造船廠、倉庫和島嶼的管理統一起來，戰略資源得以有效整合。唐·加西亞個人品質和能力都很傑出，正直忠誠、深謀遠慮，同時思維敏捷、善於謀略，在他的整頓下，西班牙艦隊愈發強大而高效。
