事件背景
1950年代，國家進行三大運動：抗美援朝、土地改革和鎮壓反革命，外國傳教士陸續被逐出中國大陸，基督教各大公會失去來自英美差會的支持，在政治形勢變化(控訴運動)並失去經濟來源以後，迅速加入三自愛國運動。
此後，未登記的中國基督徒創立的團體，如耶穌家庭、真耶穌教會和地方教會，認為自己早就實行了“三自”原則，因此基本未受政局影響，繼續大傳福音，大講屬靈生命之道，在1949年—1951年間的短時期內繼續迅速擴展，甚至達到歷史上的鼎盛時期。
不過，不久以後，這幾個基督徒團體就在1950年代的幾次政治運動中成為受打擊的主要對象。
鼓嶺土改
1950年，土改運動開始，倪柝聲、李淵如、俞成華、汪佩真聯名指示全國各地475個聚會處負責人，發動信徒32782人簽名，送往福建省人民政府，要求保留鼓嶺執事之家的房產土地。
後來，鼓嶺執事之家被定為團體地主。
1951年3月，全體在鼓嶺執事之家的人員受到管制，達半年之久。
管制結束之後，執事之家的全部土地、房屋概行沒收，執事之家的人員全體離開。
1952年1月19日，《天風》發表福州基督教抗美援朝三自革新運動委員會籌備處關於鼓嶺基督教執事之家破壞土改問題的調查報告，將其定性為破壞土改的政治罪行，並將矛頭直指倪柝聲本人。
控訴運動
韓戰期間，1951年4月16日至21日，政務院文化教育委員會宗教事務處在北京召開“處理接受美國津貼的基督教團體會議”。倪柝聲應邀參加，“擬了一個通知，是由北京協和印刷局承印的，通知聚會處的信徒都要擁護三自”。
在這次會議上，開始了“基督教控訴運動”。控訴運動在原來有西方差會背景的教派中推行順利，但是在地方教會中，雖然亦召開了控訴會，但是並無帝國主義分子可供控訴，於是政府工作隊將批判矛頭指向地方教會的屬靈信仰，稱之為“落後思想”。由於信徒的內心抗拒，在大部分地方地方教會進行的控訴運動，總體而言無法達到政府預想的效果。
在上海南陽路聚會所內舉行的控訴會上，信徒吳維尊在政府指導員的推動下，起來“站到人民立場上”控訴姊妹蒙頭、詩歌、傳福音等四個問題，激起信徒強烈的反控訴情緒，會場陷於一片混亂。
政府組織的控訴運動，僅在南京等少數地方的地方教會中有所進展。
在1951年6月舉行的全市控訴大會中，地方教會被指控為"一貫散布反動謠言”，長老丁榮施上台檢討，但仍被認為不夠深刻。
8月14日，南京《新華日報》刊登文章《揭開屬靈的外衣—祠堂巷聚會處的反動活動》，將地方教會定性為“帝國主義、國民黨反動派利用來進行反蘇、反共、反人民的工具”。
8月，南京地方教會的裴宏恩、任定一、傅保羅、張西吉等信徒，控訴雷志伯、季永同、丁榮施、馬宗符等長老把持教會，女信徒在教會中說話要蒙頭，不許男女信徒一起談天等，並刊登在《新華日報》上。
1951年底，北方一處較大的地方教會——青島地方教會的張子潔長老以“反革命罪”被捕。
倪柝聲向政府控告三自革新委員會在進行控訴運動時，出現以現代派打擊“屬靈派”的問題。
三反五反運動
1950年，中華人民共和國政府下令將倪柝聲經營的中國生化製藥廠併入瀋陽東北製藥總廠，倪柝聲擔任工廠管理委員會主任。
1952年2月，針對私營業主的三反五反運動在上海宗教界展開，政府及三自委員會大力推動信徒揭發犯有行賄、偷稅漏稅、偷工減料、盜竊國家經濟情報等五毒罪名的“基督教敗類”。
三自運動領袖之一劉良模亦配合運動，發表文章，要求揭穿隱藏在教會內的“大老虎”的虔誠面貌。
上海地方教會所辦以琳印刷所的工人，張貼許多控訴標語，事後參與的工人遭到教會處理，被停止擘餅。
事件經過
抓捕倪氏
1952年4月10日，倪柝聲被東北公安部秘密逮捕，關押在東北。
其審理時間長達四年。起初被控以偷稅漏稅罪名。
政府、三自和地方教會都封鎖倪柝聲已經被捕的訊息，絕大部分信徒都是在數年後才了解這一訊息。
退出三自
倪柝聲被捕以後，上海地方教會的同工、長老對三自的態度趨於強硬。
1952年10月20日，張愚之在北京，由當地教會長老閻迦勒陪同，前往拜會激烈反對三自運動的史家胡同基督徒會堂負責人王明道。
“1954年底，上海聚會處正式表示，要改變倪柝聲參加三自的決定，退出三自。”
1953年-1955年，各地地方教會陸續宣布退出“三自”。
1955年4月，北京地方教會正式宣布退出“三自”。
擴大抓捕
1956年1月29日（地方教會主日擘餅聚會）
上海市公安機關經過充分準備和周密部署，對倪柝聲反革命集團採取統一行動。依法逮捕骨幹分子30人。
30人為：
汪佩真、李淵如、張愚之、藍志一、陳本微、
唐守臨、任鍾祥、俞成華、左弗如、
均被關押隔離審查：
左弗如、唐守臨、任鍾祥宣布站到人民立場上。
俞成華始終拒絕控訴任何人（4月13日在上海宏仁醫院病故）。
1月29日，上海市宗教事務處召集全國三自全體常委集中在文化俱樂部召開座談會。
宗教事務處處長羅竹風宣布汪佩真、李淵如、張愚之、藍志一已經被捕，全體三自常委熱烈鼓掌，表示感謝政府為基督教界除害。
1月30日，上海市宗教事務處召開2000餘人（均為地方教會信徒）參加的大會。
公安局副局長盧伯明通報倪柝聲反革命集團的罪行。
副市長許建國闡明中國共產黨的宗教政策，號召廣大基督徒走愛國愛教道路。
1月31日，上海市政協召開各界人士座談會，會上控訴“倪柝聲反革命集團”。
2月8日起，上海市公安局舉辦倪柝聲反革命集團罪證展覽會，組織1.3萬多人參觀。
2月22日，政府在南陽路聚會所召開2400餘人（均為地方教會信徒）的控訴大會，還有南京、無錫、揚州、蘇州等地基督教各教派的代表180餘人，有8人在會上揭發倪柝聲反革命集團罪行。
同時，在中國大陸各地，尤其是地方教會信徒眾多的浙江省、福建省，也展開針對地方教會的逮捕行動。
至4月底，上海市地方教會教徒中，參加同倪柝聲反革命集團鬥爭的，占教徒總數的75%。
5月，上海市對85名地方教會執事，採取集中學習的辦法，在耐心教育，提高認識，談清問題的基礎上，按照不同情況，分別進行處理。對倪柝聲反革命集團的主要成員，公安機關經審理後移送檢察機關。
起訴
檢察院的起訴書指控倪柝聲多項遠遠足以判處極刑的聳人聽聞的罪名，儘量上綱上線，“批判從嚴”，“穩、狠、準地給予嚴重打擊”：
政治反動: 在1940年代不贊成學生信徒上街進行反對國民政府的遊行示威（因為堅持順服政府權柄）；
誘騙青年學生去台灣；欺騙政府，雖然是中國人自辦教會，卻與外國傳教士有過來往，對他們還有過同情，因此沒有站在堅決反帝的人民立場上；發動反共祈禱；向國民黨政府提供情報；經濟罪名：偷漏巨額稅款172億元（舊幣）；生活罪名：荒淫無恥，甚至有與女同工沒有頭部的電影膠片公開展覽。
質疑的聲音：
倪柝聲以其一貫的作風，在法庭上沒有否認對他的指控。但是一些人指出，許多證據明顯失實。例如當年的攝影機極為笨重，拍攝影片需要多人協助，因此姦淫罪的指控顯然是捏造的謊言；又如偷漏巨額稅款172億元，數目超過生化藥廠總價值，太過浮誇，也屬當年流行的一種剝奪資本家財產的手段，令人無法相信。法院在量刑時似乎只是採納起訴書的一小部分指控，其中沒有提及姦淫罪名，顯示其證據不足，未能採信。
指控爭議
許多基督徒不相信這些指控屬實，並同情倪的遭遇。但倪的家人和1980年代出獄的藍志一，由於地方教會的信仰特點，沒有要求政府平反。
不過，有一些反對倪柝聲神學立場和地方教會觀點的人士，如香港建道神學院的梁家麟，最近出版了《倪柝聲的榮辱升黜》，堅持相信中共1950年代對倪的指控並非捏造，梁家麟因出版此書，受到地方教會內外一些基督徒的多次批評和抗議。
信徒許梅驪的指控倪柝聲：
1956年發表討倪檄文《我控訴》
Accusation -- China.
（天風 20 Feb 1956, no.499, p.11）
『許梅驪是一位以控訴倪柝聲而著稱的女士。中學時代加入上海地方教會。
1956年，當時她為上海第二醫學院學生，配合中共政府，控訴地方教會和倪柝聲，不久放棄信仰。
畢業後留在上海醫院工作。此後要求加入共產黨未獲批准。
1980年代移居美國。
2011年出版《難泯歲月— 我和上海地方教會及倪柝聲》，為自己當年的出賣行為辯護，並且繼續控訴倪柝聲，引發頗多爭議。』
判刑
6月21日，上海市高級人民法院依法判處骨幹分子。
判處倪柝聲有期徒刑15年，關進上海提籃橋監獄。後於1972年於上海市白茅嶺監獄去世
判處汪佩真有期徒刑15年；關進上海提籃橋監獄。後於1969年於青浦青東勞改農場去世。
判處李淵如有期徒刑15年；關進上海提籃橋監獄。後於1969年於青浦青東勞改農場去世。
判處張愚之有期徒刑12年；後於青浦勞改；
釋放後因幫助基督徒逃離上海、傳福音等罪名再次被捕，1970年4月25日在上海人民廣場公審後被槍決。
判處藍志一有期徒刑10年；後於青浦青勞改；
釋放後，返回家人居住地武漢，於1989年3月9日凌晨傳福音回來去世
判處陳本微有期徒刑10年。
事件後續
1956年，上海聚會處經過改組，由唐守臨、任鍾祥以及左弗如負責。他們和北京地方教會的負責人閻迦勒宣布再次革除倪柝聲。
1958年，中國大陸基督教實行聯合禮拜。上海教會使用不到10年的南陽路聚會所也被迫“獻給”國家，後來改為靜安體育館。
