設立背景
隨著時間的推移，侵華日軍南京大屠殺遇難同胞的叢葬地越來越多的被發現，截至2015年底，已經發現且被認定的叢葬地有23處，其中立碑21處。立碑者包含了官方、民間和社會組織。
分布地點
侵華日軍南京大屠殺中山碼頭遇難同胞紀念碑1、普德寺叢葬地紀念碑——乘26路到雨花新村，向前步行約30米，沿階而上可見（雨花廣播電視服務中心電視發射塔下）。
2、正覺寺遇難同胞紀念碑——長樂路武定門古城牆內，長樂花園小區門口石碑。
3、東郊叢葬地紀念碑——靈谷寺下車向前走，路口右拐穿過停車場，在圍牆內，可見。
4、北極閣附近遇難同胞紀念碑——到北極閣廣場後，沿假山走到盡頭後拾級而行200米。
5、五台山叢葬地紀念碑——五台山東南面四號門進入即可。
6、煤炭港遇難同胞紀念碑——至中山碼頭後乘307路抵煤炭港，走至一廢棄火車道，再直走30米，在方家營。
7、漢中門外遇難同胞紀念碑——漢中門橋橋頭西側路邊。
8、上新河遇難同胞紀念碑——乘車17或307抵達棉花堤渡口看見一面國旗，前行約200米，在一軍營處登記進入。
9、挹江門叢葬地紀念碑——繡球公園北門（挹江門旁）直走200米，進入岔路後左拐。
10，、金陵大學難民收容所及遇難同胞紀念碑——漢口路南京大學天文系門內。
11、中山碼頭遇難同胞紀念碑——中山碼頭客運站T字路口。
12、草鞋峽遇難同胞紀念碑——上元門的下燕路旁。
13、清涼山遇難同胞紀念碑——清涼山河海大學內的華水路。
14、燕子磯江灘遇難同胞紀念碑——燕子磯公園（門票15元），乾隆御碑亭下面的小徑通往。
15、花神廟地區叢葬地紀念碑——乘坐19路到望江磯，穿過交叉路口前行見功德園，在去功德園路邊用假山堆的就是紀念碑。
16、江東門遇難同胞紀念碑——侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館內，十字型的標誌建築。
17、魚雷營遇難同胞紀念碑——遺址在金陵造船廠內，有址無碑，但在侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館內，有復刻版的魚雷營遇難同胞紀念碑。
18、太平門遇難同胞紀念碑——紫金山下、玄武湖畔、太平門外，白馬公園馬路對面路邊。
一些民間組織，為了讓後人牢記這段歷史，自發的建立了紀念碑：
19、湯山湖山村遇難同胞紀念碑——在後宰門坐游5或123路，到孟北下，路邊有叉路，坐馬自達（大概10元，路相當難走，全是碎石，有幾公里遠，走路要經過孟北→排山→消防士官學校→白水泥廠→ 湖山村→湯山湖山村公墓旁。
20、西崗頭遇難同胞紀念碑——在湯山炮兵學院東北面的西梅村（或叫梅家邊），附近有個湯山工業集中區。 在西梅村的東面，村民公墓里。那附近全是農田，只能步行，汽車只能開到村口，較難開進去。碑是整塊黑色大理石。
碑文：侵華日軍南京大屠殺西崗頭紀念碑 西崗頭全體村民2005年12月立
一九三八年二月八日（農曆正月初九），本村被日軍集體槍殺，二十二人中，僅有陳萬有一人死裡逃生。
死亡二十一人，李小兒、李有華、李克儉、金懷生、趙小二、周正根、陳廣泉、陳萬松、陳萬夏、陳萬寬、陳朝良、莫慶文、莫慶武、裔景華、裔景富、曹有恆、寬老大，外地二人。
另外，還有被日軍槍殺及迫害致死十六人：李克本，李連才，劉賢春，吳寶才，陳治富，陳廣壽，陳廣聚，陳萬慧，陳道法，莫慶元，張在寅，裔建和，劉方氏，裔景妹，陳朱氏及女兒。
當時全村僅有四十二戶，被燒房屋九十一間又二十六間廂房，損失糧食，衣，被，禽，畜等不計其數，損失慘重，為了教育子孫後代，勿忘國恥，牢記悲慘歷史教訓，弘揚愛國主義，團結奮鬥，振興中華，值此抗日戰爭勝利六十周年之紀，本村全體村民，自發捐款，建立此碑，以慰問亡靈。
南京浦口區抗日蒙難將士紀念碑21、侵華日軍南京大屠殺仙鶴門遇難同胞紀念碑——在南京火車站對面 坐130路公交終點站下，在小區蘇果生活超市旁邊的大土堆上。
侵華日軍南京大屠殺仙鶴門遇難同胞紀念碑文：
1937年12月13日，侵華日軍攻占南京東郊馬群、仙鶴門村一帶，俘獲我抗戰官兵及民眾15000餘人，同年12月18日，日軍分散多處將4000多名手無寸鐵的平民和俘虜集體屠殺。翌年，仙鶴門村尚有大批屍體橫躺在村外的麥地里，據當地居民譚慶端，和允興，仇興中和仇洲，盛文金等共同回憶。1938年春村民們曾自發地將遇難同胞的屍骨，分別就近掩埋於一座“大墳”內，此座大墳內掩埋屍體約七百餘具。
特此立碑，以志紀念。
22、殷山磯紀念地。位於雨花區油坊一帶，在繞城公路與寧蕪鐵路交叉處（南京捷運一號線小行站沿公路向南走一公里左旁路邊，磯下有三個大魚塘）至今未設立紀念碑，為了紀念那些保衛南京而犧牲的抗日英雄，我們在此呼籲設立紀念碑，以慰亡靈。
