主要研究方向
腎臟移植。代表性論著：骨髓輸注和 ALG誘導同種異體移植腎免疫無反應性的臨床研究。從事科研項目：供體脾細胞和 ALG誘導移植腎免疫耐受的臨床研究。
社會兼職
何小舟先後擔任中國醫院協會醫療技術套用管理專業委員會（MTA）委員、江蘇省醫院協會醫療技術套用管理專業委員會（MTA）副主任委員、江蘇省醫院協會常務理事、江蘇省醫學會常務理事、江蘇省泌尿學會副主任委員、江蘇省器官移植學會副主任委員、常州醫學會副會長、常州市泌尿學組主任委員、常州市醫學會醫療事故技術鑑定專家庫成員、《中華醫學科研管理雜誌》編委等職，並多次被國外專業雜誌，如：J Urol、Am J Transpl等特邀審稿。
常州市第十三屆、第十四屆人大代表，享受國務院特殊津貼專家。
研究方向
專業特長
在腎臟移植方面有較深的造詣，參加的腎移植手術達1400例，其中一、三、五年生存率分別達97%、75%、65%。
研究成果
省“333”工程對象。從醫二十多年來，勤奮好學，刻苦鑽研，致力於攻克泌尿外科關鍵性難題，積極開展腎移植排異反應、延長移植腎的生存率、降低免疫抑制劑用量等方面的研究，先後獲“省、市科技進步獎及新技術引進獎11項。泌尿外科被列為省135重點學科合作建設單位。2004年12月起擔任院長，他忠誠事業，敢於創新，注重基礎規範，狠抓內涵建設，醫院的各項醫療指標不斷創歷史新高。如今，作為常州最龐大醫療旗艦的舵手，正帶領常州一院向現代化醫院邁進。
何小舟自2004年擔任市第一人民醫院院長以來，提出以規範化建設和文化建設為醫院管理的兩大重點，從完善制度管理到更新服務理念，從創建人文氛圍到展開國際合作，數年間在醫療、科研、教學等方面都邁上了一個更高的台階。在他的帶領下，該院成為全市首批開展人體腎臟移植、非血緣造血幹細胞移植和採集的醫院，目前建有省級臨床重點專科9個、市級臨床重點專科16個、市級醫學重點學科建設單位6個、國家藥監局批准的“臨床藥物試驗基地”10個，年開展新技術達100多項。市一院還先後獲得江蘇省首批基本現代化醫院、全國衛生系統先進集體、省文明醫院、省精神文明建設先進單位、省衛生行風先進集體等光榮稱號。
論著
公開發表在國家級和省級專業雜誌上的學術論文13篇，參與編寫《介入性泌尿外科學》、《腹腔鏡手術學》、《泌尿生殖系統血管外科手術圖解》等多部專著，使全國一大批科研、教學和臨床醫療工作者受益匪淺。
獎勵
何小舟院長也先後被授予“市先進科技工作者”、“市傑出科技人員”、“江蘇省跨世紀青年學術技術帶頭人”、“省優秀科技標兵”、“省有突出貢獻優秀中青年專家”、“省勞動模範”、“全國衛生系統先進個人”、“全國五一勞動獎章”、“全國勞動模範”、“全國醫德標兵”等光榮稱號。
2008年11月14日，由中國醫院協會和《健康報》聯合主辦的“2008年度中國醫院突出貢獻、優秀院長”表彰大會在人民大會堂舉行，何小舟榮膺“中國醫院優秀院長”榮譽稱號。
