個人簡歷
1992年畢業於華中師範大學生物系；1995年於中國科學院華南植物研究所獲植物生理學碩士學位；1995-1997年在中國科學院華南植物研究所工作，任助理研究員；1997年9月赴新加坡國立大學(National University of Singapore, NUS) 留學，1999年9月獲植物學碩士學位；1999年12月加入新加坡分子農業生物學院 (Institute of Molecular Agrobiology)， 任Assistant Research Officer； 2002年併入新加坡分子與細胞生物研究院 (Institute of Molecular and Cell Biology, IMCB)，任Junior Research Fellow，主要研究野油菜黃單胞菌和水稻白葉枯菌(Xanthomonas)群體感應 (quorum sensing) 機理；2006年獲NUS-IMCB聯合培養理學博士學位（研究型）；2007年任分子與細胞生物研究院Research Fellow，主持黃單胞菌群體感應和低氧感應分子機理研究。2010年始任上海交通大學生命科學院特別研究員。研究方向
1. 病原微生物菌群感應、基因表達調控網路及代謝工程；
2. 微生物源綠色農藥研製與套用；
3. 水稻--黃單胞菌相互作用系統生物學。
發表論文
Wu DQ, Ye J, Ou HY, Wei X, Huang X, He YW* and Xu Y* (2011) Genomic analysis and temperature-dependent transcriptome profiles of the rhizosphere originating strain Pseudomonas aeruginosa M18. BMC Genomics (*corresponding authors) (in press).
Zhou L, Vorholter FJ, He YQ, Jiang BL, Tang JL, Xu Y, Puhler A, He YW* (2011) Gene discovery by genome-wide CDS re-prediction and microarray-based transcriptional analysis in phytopathogen Xanthomonas campestris. BMC Genomics,12(1):359（* corresponding authors).
He YW*, Wu J, Zhou L, Yang F, Jiang BL, Tang JL, Bai L, Xu Y, Deng Z, Zhang LH* (2011) Xanthomonas campestris diffusible factor is 3-hydroxybenzoic acid and associated with xanthomonadin biosynthesis, cell viability, antioxidant activity and systemic invasion. Mol Plant microbe Interact. 24(8):948-57（*corresponding authors).
He YW*, Wu JE, Cha JS, Zhang LH* (2010) Rice bacterial blight pathogen Xanthomonas oryzae pv. oryzae produces multiple DSF-family signals in regulation of virulence factor production. BMC Microbiology,10:187 (* corresponding authors).
Cheng Z&, He YW&, Lim SC&, Qamra R&, Walsh MA, Zhang LH, Song H (2010) Structural Basis of the Sensor-Synthase Interaction in Autoinduction of the Quorum Sensing Signal DSF Biosynthesis. Structure,18(9):1199-1209 (& equal contributors).
Tao F, He YW, Wu DH, Swarup S, Zhang LH (2010) The cyclic nucleotide monophosphate domain of Xanthomonas campestris global regulator Clp defines a new class of cyclic di-GMP effectors. The Journal of bacteriology, 192(4):1020-9.
HE YW, Boon C, Zhou L, Zhang LH (2009) Co-regulation of Xanthomonas campestris virulence by quorum sensing and a novel two-component regulatory system RavS/RavR. Molecular Microbiology, 71(6):1464-1476.
He YW, Zhang LH (2008) Quorum Sensing and Virulence Regulation in Xanthomonas campestris. FEMS Microbiology Reviews, 32: 842-857.
Boon C, Deng Y, Wang LH, He YW, Xu JL, Fan Y, Pan SQ, Zhang LH (2008) A novel DSF-like signal from Burkholderia cenocepacia interferes with Candida albicans morphological transition. International Society of Microbial Ecology Journal (ISMEJ), 2(1):27-36.
He YW, Ng YJ, Xu M, Lin K and Zhang LH (2007) Xanthomonas campestris cell-cell communication involves a nucleotide receptor protein Clp and a hierarchical signaling network. Molecular Microbiology, 64(2):281-292.
He YW, Wang C, Zhou L, Song H, Dow JM, Zhang LH (2006) Dual signaling functions of the hybrid sensor kinase RpfC of Xanthomonas campestris involve either phosphorelay or receiver domain-protein interaction. The Journal of Biological Chemistry, 281:33414 – 33421.
Ryan RP, Fouhy Y, Lucey JF, Crossman LC, Spiro S, He YW, Zhang LH, Heeb S, Camara M, Williams P, Dow JM (2006) Cell-cell signaling in Xanthomonas campestris involves an HD-GYP domain protein that functions in cyclic di-GMP turnover. Proceedings of National Academy of Science of USA, 103(17):6712-6717.
He YW, Xu M, Lin K, Ng YJ, Wen CM, Wang LH, Liu ZD, Zhang HB, Dong YH, Dow JM and Zhang LH (2006) Genome scale analysis of diffusible signal factor regulon in Xanthomonas campestris pv. campestris: identification of novel cell-cell communication-dependent genes and functions. Molecular Microbiology, 59(2):610-622.
Wang LH, He YW, Gao YF, Wu JE, Dong YH, Wang RB, He CZ, Wang SX, Weng LX, Xu JL, Tay L, Fang RX, Zhang LH (2004) A bacterial cell-cell communication signal with cross-kingdom structural analogs. Molecular Microbiology, 51(3):903-12.
Lo J&, Lee S&, Xu M&, Liu F&, Ruan H&, Eun A&, He YW&, Ma W&, Wang W, Wen Z, Peng J (2003) 15,000 unique zebrafish est clusters and their future use in microarray for profiling gene expression patterns during embryogenesis. Genome Research,13:455-466. (&equal contributors).
Lee S, Cheng H, King KE, Wang W, He YW, Hussain A, Lo J, Harberd NP, Peng J (2002) Gibberellin regulates Arabidopsis seed germination via RGL2, a GAI/RGA-like gene whose expression is up-regulated following imbibition. Genes and Development, 16:646-658.
He YW and Loh CS (2002) Induction of early bolting in Arabidopsis thaliana by triacontanol, cerium and lanthanum is correlated with increased endogenous concentration of isopentenyl adenosine (iPAdos). Journal of Experimental Botany, 53 (368):505-512.
He YW and Loh CS (2000) Cerium and lanthanum promote floral initiation and reproductive growth of Arabidopsis thaliana. Plant Science, 159:117-1
研究成果
1.黃單胞菌（Xanthomonas）群體感應（Quorum sensing）和低氧感應機理
黃單胞菌屬細菌能侵染400多種植物品種，包括許多有重大經濟價值的農作物，如水稻、棉花、大豆、油菜、香蕉、柑橘、木薯和所有十字花科蔬菜等。黃單胞菌的一個重要特徵是在生長後期產生大量的致病因子，包括胞外酶(cellulase,pectinase, protease,amylase and lipase)和胞外多糖(EPS)。研究表明這些致病因子的表達受一個小分子信號DSF（Diffusible Signaling Factor）控制。黃單胞菌產生和釋放DSF到胞外， DSF信號在胞外的濃度隨著細菌群體密度的增加而升高，當DSF 濃度達到某一閾值時，可以被RpfC/RpfG雙組分系統感應，影響細胞內二級信號c-di-GMP的濃度和分布，進而通過全局性轉錄因子Clp直接或間接啟動一系列致病基因的表達。此外，通過基因敲除、點突變、CO-IP和蛋白複合體的三維結構分析我們揭示了一種新型DSF生物合成自我誘導機制。目前，我們正進一步研究DSF生物合成途徑、RpfC怎樣感受DSF信號以及Clp怎樣調控致病基因的表達。
黃單胞菌是一種好氧性病原菌。當它侵入植物體內，並在維管束內大量繁殖時， 氧氣供應非常有限。 黃單胞菌可以通過RavS/RavR雙組分系統感受低氧狀態，並通過c-di-GMP 和Clp信號系統促進致病因子表達，降解植物細胞壁，轉移動有氧環境。RavS怎樣感受低氧信號以及群體感應和低氧感應信號途徑之間的關係是我們下一步的研究重點。
2.黃單胞菌色素Xanthomonadin生物合成的信號調控機理
黃單胞菌的另一個重要特徵是產生一種附著在細胞膜上的黃色色素Xanthomonadin。 Xanthomonadin的一個重要功能是保護細菌免受光氧化引起的傷害，協助細菌在環境中生存。 美國Poplawsky教授實驗室發現黃單胞菌色素的生物合成是受一個信號分子DF (Diffusible Factor)調控。最近，我們實驗室從野油菜黃單胞菌的提取物中分離和純化了DF，鑑定了它的化學結構，並發現DF調控許多新的功能。目前正在研究DF生物合成途徑、DF怎樣調控色素合成、色素合成的機制和不同黃單胞菌之間色素化學結構的差異性。
3.水稻-黃單胞菌相互作用的系統生物學
黃單胞菌與其寄主之間的相互作用是一場複雜的“攻防戰”。 我們的研究重點是闡明化學信號和次生代謝物在農作物和黃單胞菌相互“攻防”過程中的作用。一方面，研究細菌產生的信號分子和次生代謝物怎樣影響植物的生長和發育；另一方面，研究植物源的信號小分子和次生代謝物怎樣影響黃單胞菌致病因子的表達。 在此基礎上，通過轉基因技術實施農作物定向遺傳改造，干擾黃單胞菌間的通訊聯絡或與農作物的相互作用，培育抗病新品種。
4. 綠色農藥申嗪黴素生物合成調控機理和新型產品研發
在現代農業生產中，為防治病蟲害大量使用化學農藥，農藥殘留對環境和人類健康造成嚴重威脅。開發安全、高效、對環境友好的新一代“綠色”農藥已成為全球範圍的研究熱點。許煜泉教授課題組從上海市郊甜瓜根際分離到一個生防菌株假單胞菌M18，其次生代謝產物吩嗪-1-羧酸（PCA）能有效抑制一系列農作物病原菌的生長,具有安全、高效、對環境友好等特點，是一種新型微生物源綠色農藥,定名為申嗪黴素。經過15年潛心研究，已經完成了申嗪黴素生物合成基因簇分析和鑑定，初步查明了其生物合成調控網路，對M18菌株進行了4代遺傳改造，申嗪黴素產量提高了25倍，達到每升5克以上水平，生產成本接近目前的主導農藥。申嗪黴素製劑已廣泛用於甜椒疫病和西瓜枯萎病防治，並獲頒2007年度上海市科技進步一等獎。2008～2009兩年內，由農業部全國農技推廣中心牽頭,在全國10省市植保站先後完成了申嗪黴素防治水稻紋枯病示範點試驗，結果表明申嗪黴素能有效防治水稻紋枯病。2011年3月申嗪黴素原藥和製劑分別獲得我國新農藥登記證（PD20110314, PD20110315）。申嗪黴素並被全國農業技術推廣服務中心列為2011-2015年推廣產品。目前正在全國主要水稻種植區開展集成示範試驗。我們將從以下幾個方面繼續深入研究：一、通過全基因組測序、轉錄組學分析和全基因組隨機突變等方法進一步查明申嗪黴素生物合成全局性調控網路； 二、深入研究申嗪黴素合成基因簇表達調控機理。在此基礎上，進一步遺傳改造工程菌株，提高申嗪黴素產量至8克/升，降低生產成本。三、研究申嗪黴素防病機理，改造劑型，提高防病效率，降低使用成本。四、繼續研究申嗪黴素防治其他重要農作物病原菌的方案，力爭申嗪黴素成為新一代廣譜、高效、安全的綠色農藥。
