區別
從待遇上看，理論上說，兩者完全是不同的。工資標準/福利標準都執行不同的規定。這點在退休後的待遇就會更明顯。而在實際上，很多單位因為工作需要，特別是混合使用不同編制人員的單位，往往把待遇搞成一樣，以利於調動員工積極性，但這只是單位的搞法，換個領導也可以更改，或者有關領導機關要求改正也可以輕易地就改變了這種狀況。如果你想調動到另一個事業單位，你的企業編制肯定就不行了。當然，現在事業單位也搞聘用制，是簽契約的。但不管怎么說，人事局管的就是事業編制的人員及他們的待遇（包括退休）。
檔案
目前多數改革後的事業單位對新進的人員，包括事業編制的人員已經在審查檔案後，交給人才中心保管了。所以，檔案的保管不能說明什麼問題。關鍵是身份完全不同，待遇從道理上是不同的。
一項調查表明，“體制外”人才普遍壓抑感強、壓力大，渴望得到社會認可和尊重。放棄人事、戶籍檔案從某大學出走，到寧波一家國營企業任職的楊博士坦言，由於傳統體制觀念作怪，“體制外”員工的地位不高，相應地“體制外”人才就有壓抑感。機關事業單位中“不在編”的群體，在目睹本單位的“在編人員”一個個有了自己的房子，升職或被授予重任、外派學習，雖然自己能力與之不相伯仲甚至更強，但卻因為不在“體制內”而不能享受。不穩定感、漂泊感油然而生，也可能在面臨著巨大的壓力不乏幹勁的同時，卻也因缺乏可預期的上升通道而動力不足。
首先，必須承認的是，針對體制內、外的職工實行差別待遇、“內外有別”、對勞動者不能一視同仁的制度性歧視一直而且普遍存在。 基於原有的計畫經濟體制，勞動關係調整的對象主要是國有和集體企業的職工，也就是所謂的體制內的職工；而隨著市場經濟的不斷確立，大量的體制外職工出現了，如私營企業和外商投資企業的職工以及大量湧入城市的外來務工人員，企業為了降低這部分員工的用工成本，對其實行差別待遇。後來各地還制定了許多針對這些體制外職工的規定，從而鞏固了這種制度性歧視。根據我國《憲法》“法律面前人人平等”的原則，所有的勞動者都應當平等的適用勞動法的規定。但是在實踐中，許多勞動者不能得到平等保護，受到各種制度性歧視、非制度性歧視待遇。
