個人簡歷
男，32歲，博士，中山大學生命科學學院教授，博導。
中山大學生物信息學中心主任，廣東省首批自然科學傑出青年基金獲得者。
1998至2002年就讀於上海交通大學動力與能源工程學院，獲核工程與核技術專業學士學位。2002至2007年在中國科學技術大學近代物理系攻讀博士期間參與國家大科學工程項目"大天區面積多目標光纖光譜望遠鏡"（lamost），並承擔其中的巡天戰略系統的研發工作，在計算機算法和大型工程軟體設計開發方面具有豐富的經驗。2007年7月獲得物理電子學工學博士學位之後進入中國科學技術大學生命科學學院溫龍平研究組進行博士後研究工作,將計算機和天文學算法以及工程學思想成功運用到生物信息學領域，在蛋白質組生物信息學方面取得了顯著的成果。主要包括設計出高效的GPS（Group-based Prediction System）預測算法，並基於該算法開發出十多種蛋白質翻譯後修飾位點預測工具，此外還構建多個蛋白質相關資料庫及輔助工具。2010 年3月獲中山大學生命科學學院“百人計畫”引進，2011年12月晉升教授。進入生物領域的四年時間內在包括Molecular & Cellular Proteomics, Nucleic Acids Research, Cell Research, Briefings in Bioinformatics等國際著名雜誌上發表SCI 論文21 篇，其中通訊或一作16篇（7篇IF>8.0），累計影響因子110。所發布的GPS系列工具在蛋白質翻譯後修飾領域受到廣泛關注，推動了該領域發展，相關文章已被包括Nature、Science及Cell系列雜誌在內的文章引用300餘次，單篇最高他引超100次。同時擔任國際雜誌Dataset Papers in Biology，Frontiers in Bioinformatics and Computational Biology編委，以及Proteomics，Plos One，Plant Methods等國際雜誌審稿人。主持國家自然科學基金2項，廣州市珠江科技新星專項，中央高校基本科研業務費專項等。同時參加科技部重大研究計畫3項（骨幹2項，外協1項）和國家自然科學基金重點項目1項。發布生物信息學工具及資料庫20多個，獲頒軟體著作權登記證書5項。
教育及工作經歷
1998.09 � 2002.07 學士 上海交通大學動力與能源工程學院核工程與自動化專業
2002.09 � 2007.06 博士 中國科學技術大學近代物理系物理電子學專業
2007.07 � 2010.03 博士後 中國科學技術大學生命科學學院
2010.03 � 2011.12 副教授 中山大學生命科學學院
2011.12 � 今 教授 中山大學生命科學學院
2012.11 � 今 主任 中山大學生命科學學院生物信息學中心
承擔及參與科研項目
1. 廣東省自然科學傑出青年基金：蛋白質翻譯後修飾相關算法及工具設計，2013.01-2015.12，100萬，項目負責人
2. 國家自然科學基金面上項目(31071154)：蛋白質翻譯後修飾受可變剪下影響的系統生物學研究，2011.1 - 2013.12，40萬，項目負責人
3. 國家自然科學基金青年基金(30900835)：蛋白質共價修飾相關序列模體的計算發現，2010.1 - 2012.12，20萬，項目負責人
4. 科技部重大研究計畫(2012CB911200)：端粒相關蛋白對人類重大疾病作用機制的研究，2012.01 - 2016.08，100萬，學術骨幹
5. 科技部重大研究計畫(2006CB933300)：納米藥物載體增強藥物導向性及效應的研究，2006.7 - 2010.8，30萬，學術骨幹
6. 廣州市首批珠江科技新星（2011J2200042）：蛋白質翻譯後修飾計算分析平台構建，2011.11-2014.10，30萬，項目負責人
7. 中央高校基礎科研業務費(11lgzd11)：中山大學青年教師重點培養，2011.1 - 2012.12，30萬，項目負責人
8. 科技部重大研究計畫(2013)：納米材料調控自噬的機制、安全性及在腫瘤診療中的套用研究，2013.1 - 2017.8，52萬，外協
論文與獲獎情況
發表論文
1. xue Y, Ren J, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB. GPS 2.0, a tool to predict kinase-specific phosphorylation sites in hierarchy. Molecular & Cellular Proteomics. 2008;7(9):1598-1608. ( IF:8.834, cited by 111)
2. Ren J, Jiang CH, Gao XJ, Liu ZX, Yuan ZN, Jin CJ, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB. PhosSNP for Systematic Analysis of Genetic Polymorphisms That Influence Protein Phosphorylation. Molecular & Cellular Proteomics. 2010;9(4):623-634. (IF:8.354, cited by8)
3. Ren J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. DOG 1.0: illustrator of protein domain structures. Cell Research. 2009;19(2):271-273. (IF:9.417, cited by36)
4. Ren J, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Ye ML, Zou HF, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB. MiCroKit 3.0: an integrated database of midbody, centrosome and kinetochore. Nucleic Acids Research. 2010;38:D155-D160. (IF:8.026, cited by 4)
5. Liu Z, Cao J, Gao X, Zhou Y, Wen L, Yang X, Yao X, Ren J*, Xue Y. CPLA 1.0: an integrated database of protein lysine acetylation. Nucleic Acids Res. 2011;39:D1029-1034. (IF:8.026, cited by 2)
6. Song CX, Ye ML, Jiang XN, Han GH, Songyang Z, Tan YX, Wang HY, Ren J*, Xue Y & Zou HF. Systematic analysis of protein phosphorylation networks from phosphoproteomic data. Molecular & Cellular Proteomics. 2012;11(10):1070-1083. (IF:8.354)
7. Liu Z, Ren J, Cao J, He J, Yang Q, Ma Q, Gao X, Yao X, Jin C, Xue Y.Systematic analysis of the Plk-mediated phosphoregulation in eukaryotes.Briefings in Bioinformatics. 2012 (In press, IF:9.283)
8. Ren J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. CSS-Palm 2.0: an updated software for palmitoylation sites prediction. Protein Eng Des Sel. 2008;21(11):639-644. (IF:3.023, cited by72)
9. Ren J, Gao XJ, Jin CJ, Zhu M, Wang XW, Shaw A, Wen LP, Yao XB, Xue Y. Systematic study of protein sumoylation: Development of a site-specific predictor of SUMOsp 2.0. Proteomics. 2009;9(12):3409-3412. (IF:4.815, cited by46)
10. Xue Y, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB, Ren J*. GPS-SNO: Computational Prediction of Protein S-Nitrosylation Sites with a Modified GPS Algorithm. Plos One. 2010;5(6): e11290. (IF:4.411, cited by16)
11. Xue Y, Liu Z, Cao J, Ma Q, Gao X, Wang Q, Jin C, Zhou Y, Wen L, Ren J*. GPS 2.1: enhanced prediction of kinase-specific phosphorylation sites with an algorithm of motif length selection. Protein Eng Des Sel. 2011;24(3):255-260. (IF:3.023, cited by 8)
12. Liu Z, Gao X, Ma Q, Cao J, Ren J*, Xue Y. GPS-CCD: A novel computational program for prediction of calpain cleavage sites. Plos One.2011;6(4):e19001. (IF:4.411, cited by 4)
13. Liu Z, Cao J, Ma Q, Gao X, Ren J*, Xue Y. GPS-YNO2: computational prediction of tyrosine nitration sites in proteins. Mol Biosyst. 2011; 7(4):1197-1204. (IF:3.825, cited by 4)
14. Liu Z, Ma Q, Cao J, Gao X, Ren J*, Xue Y. GPS-PUP: computational prediction of pupylation sites in prokaryotic proteins. Mol Biosyst. 2011;7(10):2737-2740. (IF:3.825, cited by 2)
15. Xue Y, Gao XJ, Cao J, Liu ZX, Jin CJ, Wen LP, Yao XB, Ren J*. A Summary of Computational Resources for Protein Phosphorylation. Current Protein & Peptide Science. 2010;11(6):485-496. (IF:3.83, cited by 8)
16. Ren J, Gao XJ, Liu ZX, Cao J, Ma Q, Xue Y. Computational Analysis of Phosphoproteomics: Progresses and Perspectives. Current Protein & Peptide Science. 2011;7(12)(IF:3.83)
17. Xue Y, Liu Z, Cao J,Ren J.(2011) Systems and Computational Biology - Molecular and Cellular Experimental Systems. InTech. ISBN 978-953-307-280-7(Book Chapter)
18. Han GH, Ye ML, Jiang XN, Chen R, Ren J, Xue Y, Wang FJ, Song CX, Yao XB, Zou HF. Comprehensive and Reliable Phosphorylation Site Mapping of Individual Phosphoproteins by Combination of Multiple Stage Mass Spectrometric Analysis with a Target-Decoy Database Search. Analytical Chemistry. 2009;81(14):5794-5805. (IF:5.712, cited by 10).
19. Gao XJ, Jin CJ, Ren J, Yao XB, Xue Y. Proteome-wide prediction of PKA phosphorylation sites in eukaryotic kingdom. Genomics. 2008;92(6):457-463. (IF:3.613, cited by 6).
20. Liu ZX, Yuan F, Ren J, Cao J, Zhou YH, Yang Q, Xue Y. GPS-ARM: Computational Analysis of the APC/C Recognition Motif by Predicting D-Boxes and KEN-Boxes. Plos One. 2012; 7(3):e34370
21. Cai R, Liu Z, Ren J, Ma C, Gao T, Zhou Y, Yang Q, Xue Y. GPS-MBA: computational analysis of MHC class II epitopes in type 1 diabetes. PloS one. 2012; 7(3):e33884.
(*通訊一作)
獲獎情況：
1. 廣東自然科學傑出青年基金（首批16人）
2. 廣州珠江科技新星專項（首批）
3. 2012年獲國際遺傳工程機器設計競賽（IGEM）軟體組亞洲區金獎
4. 2012年於MIT的iGEM世界總決賽上獲得Best Clotho App與Best Genome Compiler Based Design兩個單項大獎。
5. 2012年獲國際遺傳工程機器設計競賽（iGEM）亞洲區銀獎
6. 2011年獲國際遺傳工程機器設計競賽（iGEM）亞洲區銅獎
科研成果
已發布生物信息學工具：
1. 蛋白質磷酸化位點預測工具： GPS 2.1
2. 蛋白質磷酸化相關SNP資料庫： PhosSNP 1.0
3. 中體、中心體及動粒蛋白質資料庫： MiCroKit 3.0
4. 蛋白質乙醯化資料庫： CPLA 1.0
5. 蛋白質功能結構域示意圖繪製軟體： DOG 1.0
6. 蛋白質SUMO化位點預測工具： SUMOsp 2.0
7. 蛋白質棕櫚醯化位點預測工具： CSS-Palm 2.0
8. 鈣蛋白酶切位點預測工具： GPS-CCD 1.0
9. 蛋白質巰基亞硝基化位點預測工具： GPS-SNO 1.0
10. 蛋白質翻譯後修飾肽段掃描工具： PPS 1.0
11. 蛋白質酪氨酸硝化位點預測工具： GPS-YNO2 1.0
12. 蛋白質SUMO化結合模體預測工具： GPS-SBM 1.0
13. 磷酸化網路構建工具： iGPS 1.0
14. 細胞死亡相關蛋白質資料庫： THANATOS
其中GPS、CSS-Palm和SUMOsp已被著名蛋白質組學入口網站ExPASy收錄
訪問量超過5000人/月。
包括美國BMS（百時美施貴寶）、法國Hybrigenics和日本Eisai在內的多家國際著名製藥公司已購買GPS系列軟體的商業版授權。
獲頒計算機軟體著作權登記證書
1. 蛋白質翻譯後修飾棕櫚醯化位點預測工具(登記號：2009SR022423)
2. 蛋白質翻譯後修飾磷酸化位點預測工具(登記號：2009SR023467)
3. 蛋白質翻譯後修飾SUMO化位點預測工具(登記號：2009SR022424)
4. LAMOST巡天觀測戰略系統(登記號：2009SR027003)
5. 蛋白質功能結構域示意圖繪製工具(登記號：2009SR054172)
