任鍾旗2001年5月到2002年9月，受清華大學委派，在德國Kaiserslautern大學化學工程系進行合作研究。2004年7月進入北京化工大學化學工程學院工作。2008年入選北京市科技新星計畫。2010年獲霍英東教育基金會青年教師獎。
主要從事傳質與分離、膜分離及其“耦合”過程、過程強化和新型分離技術等在廢水處理、大氣除塵、固廢資源化利用方面的套用研究工作。主持了國家自然科學基金、國家科技支撐計畫子課題、北京市科技新星計畫、企業橫向合作等多項科研項目，作為主要完成人參與科技部“863”專項、國家自然科學基金等縱向科研項目多項，共發表學術論文40餘篇(其中SCI&EI收錄26篇)，申請國家發明專利6項，授權2項，參編教材1部（副主編）。獲中國石油和化學工業協會科技進步一等獎2項（2007年，排名第3；2006年，排名第6）。
積極投身於本科生及研究生的教學與教改工作，是2008年度北京化工大學“化學工程”國際級教學團隊成員，主講化工本科專業課程《現代分離技術》和《環境流體力學》。以副主編出版教材一部《化工過程最佳化》。獲北京市教學成果一等獎1項（2009，第3），中國石油和化學工藝優秀教材二等獎1項（2007年，第2），北京化工大學優秀教學成果二等獎1項。作為第一指導教師指導學生參加挑戰杯競賽獲國家三等獎1項，北京市一等獎2項，北京市二等獎1項。指導本科生論文23篇（其中3篇獲校級優秀，12篇獲院級優秀），協助指導碩士研究生論文6篇、博士論文2篇。
