人物生平
早年生涯
位於朝鮮海州的仁祖誕降遺基碑舊照萬曆二十三年（1595年）十一月初七日，李倧出生於朝鮮黃海道海州，是定遠君李琈之長子。當時正值壬辰倭亂期間，各王子被安置於海州，所以他就出生在那裡。他深得祖父宣祖李昖的寵愛，從兩三歲開始就被撫養於宮中，宣祖給他取名為倧，小字天胤。所謂“天胤”指上天的子嗣，據說當時還是王世子的光海君對這個小字頗感不悅，這也被視為宣祖的深意所在。他受學於舅舅具宬，萬曆三十五年（1607年）被宣祖封為綾陽都正，不久後晉升為綾陽君。萬曆三十八年（1610年）同南人出身（光海君時變成西人）的大臣韓浚謙之女（後來的仁烈王后）完婚。
光海君繼位後，對王位威脅者不斷展開肅清，定遠君一家也不例外。李倧的弟弟、定遠君第三子綾昌君李佺就在萬曆四十三年（1615年）捲入謀逆事件而被迫害致死，甚至連定遠君在塞門洞的家也因為有“王氣”而被光海君奪去建造慶德宮（今慶熙宮）。 在這種狀況下，定遠君一家更加戰戰兢兢，只能忍辱負重以苟全性命，如李倧參加了萬曆四十五年（1617年）的“廢母庭請”（大北派組織的請求光海君廢黜仁穆大妃的請願運動） ；而失去了兒子和宅邸的定遠君也杜門不出，在萬曆四十七年（1619年）底憂懼而死，據說李倧等原本打算安葬定遠君於其母仁嬪金氏之側，但因有人說仁嬪墓有“王氣”而不得不臨時埋在別處。
政變即位
不僅李倧一家戰戰兢兢，光海君與大北派的政治肅清令各方勢力尤其是西人惴惴不安，而光海君的亂政及外交上拒絕援助明朝、秘密傳書後金的行為導致眾叛親離，在這種情況下，武人李曙及申景禛（李倧表舅）決定發動政變，推翻光海君，時為萬曆四十八年（1620年）。除了李倧及其舅舅具宏、表兄具仁垕外，他們還陸續拉攏了金瑬、崔鳴吉、張維、李貴父子等失意文臣及儒生沈器遠、金自點等，勢力在暗中不斷壯大。 在此期間，政變勢力內部曾產生推戴誰的爭論，有人主張擁立朝鮮成宗的次子桂城君李恂的曾孫懷恩君李德仁，但因為政變的主導勢力申景禛、具宏、具仁垕等都是李倧的近親，所以最後還是李倧被選定為政變成功後接替光海君的人選。
天啟三年（1623年）三月十二日夜二更，政變計畫正式啟動，金瑬、李曙等已率從長湍等地帶來的1000多名軍隊集合在漢城西郊弘濟院，李倧也率領親兵至延曙驛與其會師，接著在三更時攻入彰義門（漢城西北門），由於負責漢城衛戍的訓練大將李興立在政變前已被收買，按兵不動，因此政變軍順利攻入昌德宮，並在宮中縱火。李倧在仁政殿階上坐著胡床，指揮接下來的行動。他先命金自點、李時昉（李貴之子）去慶運宮（今德壽宮）向被幽禁在那裡的仁穆大妃啟稟“反正”之意，接著又派李貴、李德泂等具儀仗奉迎仁穆大妃，大妃不肯出來。此時出逃宮外的光海君父子被逮捕，李倧騎馬帶著被關在轎子裡的光海君去慶運宮謁見大妃，在大妃面前伏地痛哭，表示自己有罪，大妃予以安慰，並命令將御寶傳給李倧，李倧遂於三月十三日夜即位於慶運宮別堂。 次日先以仁穆大妃名義發表教書，廢黜光海君，立李倧為王，然後李倧在慶運宮接受百官朝賀，頒布即位教書，大赦境內 ，是為朝鮮仁祖，這場政變也就被稱為“仁祖反正”。
李适之變
仁祖繼位後，處決了李爾瞻、鄭仁弘等一大批大北派官僚及金介屎等光海君的寵姬寵臣，為臨海君、金悌男（仁穆大妃之父）等政治犧牲品恢復名譽，並起用在光海君時期失勢的李元翼、鄭經世、李睟光等南人及徐渻、吳允謙等西人。接著就是對反正功臣的論功行賞，在天啟三年（1623年）閏十月十八日策勛三等共53人，金瑬、李貴、金自點、沈器遠、申景禛、李曙、崔鳴吉、李興立、具宏、沈命世10人為一等，李适等15人為二等，朴惟明等28人為三等。對於這種結果，並非皆大歡喜，怨氣最大的是李适。他是反正軍的重要領導，但在“反正”後僅被任命為漢城府判尹，與其形成對照的訓練大將李興立，他只是被臨時收買為內應，在“反正”時按兵不動，卻被特授為工曹判書，等錄勛結果出來時，李興立名列一等功臣，李适屈居二等功臣，李适內心自然更加不平。 不久後，天啟四年（1624年）正月十七日，前教授文晦等告發李适等人心懷不軌，當時李适以副元帥的身份出鎮平安道寧邊，仁祖決定先不動他，而是派人逮捕他的兒子李栴和同黨韓明璉等人。當時李栴與其父李适都在寧邊，正月二十四日，李适殺死仁祖派人逮捕他兒子的使者，正式起兵叛亂。李适麾下有12000餘名精銳部隊，起初勢不可擋，直逼漢城，仁祖在二月初八日夜奉仁穆大妃並率宗親百官倉皇逃往公州避難。次日李适入京，擁立興安君李瑅（仁祖叔父）。然而李适鏇即被都元帥張晚率領的官軍擊潰，李适父子及韓明璉等在逃亡途中被部下所殺。二月十八日，仁祖從公州返回漢城。
李适之亂平息後不久，宗主國明朝方面也傳來了對仁祖的利好訊息。原來仁祖在“反正”之後立即派李慶全出使明朝，通報“反正”之事，並請明朝皇帝冊封他為朝鮮國王；而明朝卻認定其為篡位，延宕不予冊封，在朝鮮使臣的懇求和駐紮朝鮮境內椵島（皮島）的明將毛文龍的幫助下，明朝從“聯鮮制奴”的戰略考慮出發，決定批准仁祖的冊封。天啟四年（1624年）四月二十日，仁祖從歸國使臣那裡獲得了明熹宗的準封聖旨，翌年六月初三日由明朝使臣太監王敏政、胡良輔主持冊封典禮，仁祖在國內的合法性也得以確固。
不過，仁祖治下的形勢並不強於光海君，百姓生活並未明顯改善，失望情緒在朝鮮社會不斷蔓延。光海君時期權貴所掠奪的土地，仁祖不但不歸還原主，反而聽任反正功臣據為己有，人們嘆息：“只是變了下主人而已啊！” 諷刺仁祖及反正功臣的歌謠也開始出現，如“嗟爾勛臣，毋庸自誇，爰處其室，乃占其田，且乘其馬，又行其事，爾與其人，顧何異哉？” “孰謂清時？今亦昏時。昔在昏時，爵人以賄。今在清時，爵人以私”。 在這種情況下，朝鮮捲入了明金（清）戰爭的鏇渦中，對社會造成了巨大的衝擊和影響。
兩次胡亂
仁祖即位之前，後金已經攻陷了明朝的遼東，並窺伺遼西；明將毛文龍轉進朝鮮境內的椵島（皮島），對後金後方構成威脅。仁祖反正之際，仁祖政權斥責光海君忘恩背德，私通後金，並標榜要同明朝“協力討虜”，但在實際上仍然採取對後金的不刺激政策，倒也相安無事數年。皇太極成為新任後金汗後，情況發生變化，首先皇太極一向就是後金內部的對朝強硬論者，再加上他繼位後內部不穩，又發生饑荒，需要發動一場對朝戰爭來轉移和緩解矛盾。於是在天啟七年（1627年）正月，皇太極派其堂兄二貝勒阿敏率軍進攻朝鮮，同時成為進攻對象的還有明鏡毛文龍，史稱“丁卯胡亂”。因為後金兵無法渡海，所以只攻陷了毛文龍在陸上的據點鐵山，對在島上的毛文龍無可奈何；而對朝鮮則勢如破竹，從義州、安州、平壤一直打到黃海道的平山，仁祖率仁穆大妃和群臣避難於江華島，同時命昭顯世子分朝於全州。不過後金並不是要占領朝鮮全境，而是急於迫使朝鮮屈服後撤軍，所以兩國在短暫交戰後展開了外交交涉，三月初三在江華島達成盟約，雙方結為兄弟之國，阿敏撤軍時又擅自在平壤與朝鮮人質原昌君李玖另立一約，規定朝鮮向後金輸歲幣。不久，後金又要求朝鮮開市中江，與之貿易，朝鮮對這些要求無法拒絕，被迫一一答應。不過·，朝鮮與明朝的宗藩關係尚未因此斷絕。
但是，朝鮮與後金之間仍存在許多棘手的懸案，如朝鮮給後金輸送的“歲幣”偷工減料，被皇太極退回；朝鮮答應會寧開市，卻遲遲不兌現；朝鮮放任越境采參和狩獵以及在後金逃人問題上的爭端，等等。當然最重要的問題是朝鮮在明金之間的曖昧關係，即一面稱臣明朝，一面與明的敵國後金修好，這種曖昧關係注定不能持久。崇禎八年（1635年），皇太極征服蒙古察哈爾部，以獲得傳國璽為藉口欲稱皇帝，朝鮮自然不肯就範。崇禎九年（1636年）二月，皇太極派龍骨大（英俄爾岱）、馬夫大（馬福塔）及數十名蒙古人來朝鮮，借春信、弔祭（仁烈王后之喪）為名，勸朝鮮請皇太極進帝號，仁祖君臣對此反應強烈，堅決拒絕，後金使團灰溜溜地離開朝鮮。三月初一，被斥和情緒裹挾的仁祖曉諭朝鮮八道，痛斥後金“僭號”企圖，命令官民做好抵抗後金的準備。 同年四月十一日，皇太極即皇帝位於盛京，改國號為大清，朝鮮春信使羅德憲、回答使李廓雖然被強迫參加賀禮，卻拒絕三跪九叩，被皇太極遣返回國，清朝與朝鮮的緊張關係驟然升級。在隨後的幾個月時間裡，朝鮮分化為金尚憲為首的斥和派與崔鳴吉為首的主和派，斥和派占朝鮮士大夫的絕大多數，但仁祖內心偏向主和派，所以在十月向清朝派遣譯官送去國書，委婉地向清朝表達懇求和談之意，卻遭到皇太極拒絕，戰爭遂不可避免。在金（清）、鮮交涉走向破裂的過程中，仁祖一面命令平安道等地修繕城堡，防備入侵；一面強化對明關係，將斥絕後金之舉轉咨皮島，得到明崇禎帝的“獎敕” ，並派金堉以冬至使出使明朝，請求明廷提供硝石、硫磺。
丙子胡亂時仁祖避難處——南漢山城此時，仁祖君臣已經後悔當初下諭斥和之舉，準備再派使節疏通清朝，但皇太極已經不再給朝鮮時間了。崇禎九年（1636年）十二月，皇太極統率由滿（7萬）、蒙（3萬）、漢（2萬）組成的12萬大軍親征朝鮮（一說實為34000人左右），“丙子胡亂”爆發。由於朝鮮同清朝實力懸殊加上金自點等將帥的無能，清軍不費吹灰之力就逼近漢城，十二月十四日，仁祖安排金慶征（領議政金瑬之子）等護送王世子嬪、兩名大君、宮中女眷、大臣家眷等先到江華島避難，自己在晚上出發。此時清兵先鋒已經在漢城近郊活動，而仁祖御駕到江華島需要兩天，仁祖擔心途中被清兵俘虜，所以選擇就近逃到南漢山城，同時派崔鳴吉去清營談判。此時仁祖還對戰事抱有一絲希望，不願無條件屈服，而是命八道勤王，然而在清軍圍城打援戰術之下，各路勤王軍無不敗北。十二月二十九日，領議政金瑬率軍千人出擊，慘敗，從此朝鮮軍龜縮南漢山城不出，次日漢城不戰而失守。皇太極所率主力已至，並以詔諭形式要求朝鮮投降。仁祖見在劫難逃，只好同清朝談判，圍繞出降問題，金尚憲為首的主和派和崔鳴吉為首的斥和派展開激烈爭論。崇禎十年（1637年）正月二十三日，清軍渡海攻陷江華島，世子嬪及兩名大君等都成了俘虜，這成為壓倒仁祖君臣的最後稻草。正月二十八日，朝鮮接受了清朝提出的斷絕對明關係、向清朝稱臣納貢的盟約。正月三十日，仁祖著青衣，出城投降，在三田渡向皇太極行三跪九叩之禮，然後改換穿皇太極所賜的貂裘謝恩。 從此，朝鮮成為清朝的屬國。
坎坷而薨
丙子胡亂後，清軍撤軍，帶走了作為人質的昭顯世子、鳳林大君（後來的朝鮮孝宗）與約50萬朝鮮俘虜回國。力主斥和的洪翼漢、吳達濟、尹集三學士也被帶到盛京處死。此後朝鮮不僅向清朝稱臣納貢，還被迫出兵幫助清朝攻打明朝（皮島海戰、松錦之戰）。仁祖在此後儘可能順從滿清之意，對恥於向滿清稱臣的大臣則深惡痛絕。他認為所受之辱都是斥和派造成的，直斥斥和派“誤國” ，又說：“此輩（斥和派）以國之存亡置之度外，謀占美名，黨同伐異，竟使宗國覆沒，甚可惡也！” 與之相應的是重用主和派和親清派，他在丙子胡亂後拜崔鳴吉為領議政，崔鳴吉因私通明朝被清朝抓走後又起用金自點。
仁祖政權的合法性也在兩次胡亂後面臨嚴重危機，由於仁祖反正本身的名義就是親明排金，因此仁祖向滿清屈膝自然使人們倍感失望。丙子胡亂後，朝中掀起了辭職和隱退的風潮 ，可見仁祖政權的形象在士林中一落千丈。另一方面的表現就是自丁卯胡亂後，叛亂陰謀層出不窮，天啟七年（1627年）李仁居起兵江原道、崇禎元年（1628年）柳孝立等欲立仁城君、崇禎五年（1632年）柳應泂謀逆、崇禎六年（1633年）李時說欲立錦原令李倬、崇禎八年（1635年）李基安謀逆、崇德四年（1639年）貞明公主及宮人的詛咒事件、崇德八年（1643年）李挺海叛國事件、順治元年（1644年）反正功臣沈器遠欲立懷恩君、順治三年（1646年）的姜嬪詛咒事件和安益信謀逆，等等，可以說是朝鮮王朝歷史上謀逆事件最頻繁的時期。這些謀逆事件基本在未然之時便被仁祖扼殺，其中仁祖可能毒死了他的兒子昭顯世子，並不顧大部分大臣的反對，一意孤行，親自下令賜死兒媳姜氏（愍懷嬪），並把他三個孫子（昭顯世子之子）通通流放濟州島，任其自生自滅。
正如仁祖自嘲為“傷弓之鳥” 那樣，他的最後幾年就是在內外交逼中努力保住自己王位的極度缺乏安全感的心理下度過。順治六年（1649年）五月初八日，李倧這位歷經坎坷的朝鮮國王去世於昌德宮之大造殿，享年五十五歲，死後廟號初為烈祖，鏇改仁祖，諡號憲文烈武明肅純孝大王，大韓帝國時期在諡號前追上“開天肇運正紀宣德”八字。清朝賜謚“莊穆”，但是朝鮮並不把清朝當作真正的上國，因此終朝鮮王朝之世，此諡號以及清朝賜予朝鮮各王的諡號，都不為朝鮮所用。仁祖初葬於坡州北雲川里的長陵，後在英祖年間移葬交河。
為政舉措
政治
仁祖即位時，西人黨因主導仁祖反正而成為當權的朋黨，但仁祖吸取光海君時代大北派壟斷朝政的弊端，故而在倚重西人功臣勢力的同時亦登用南人黨（李元翼、鄭經世、李聖求、李敏求等）、小北派（南以恭、金藎國等）乃至未參加“廢母庭請”的大北派（李慶全等），並徵召起用金長生、朴知誡為代表的“山林”儒士，維持著政局的平衡。
仁祖御筆仁祖朝的“黨爭”特色並不明顯，後人總結“當時朝議，如元宗追崇及講和斥和之議，雖有異同，不系西（人）、南（人）”。 因此當時政局的主要矛盾是功臣勢力和非功臣士人之間的矛盾。 即便在功臣內部也存在對立，如金瑬和李貴、李時白父子的對立、金自點和沈器遠的對立等。仁祖採取異論相攪之策，維持著自己的王權。
仁祖加強王權最具象徵意義的措施是追崇父親定遠君李琈。仁祖反正之後，光海君被廢黜而排出王統之外，仁祖是奉仁穆大妃而繼位，故直接繼承祖父宣祖的大統。仁祖雖然內心還是想追尊父親為王，但礙於金長生等儒生的反對意見，所以在繼位時只是追封其為大院君。天啟六年（1626年）正月，仁祖的生母啟運宮具氏去世，朝廷圍繞如何服喪的問題展開了爭論，仁祖和李貴、崔鳴吉等絕大多數功臣主張按照子為父母的標準來服喪，而非功臣的士大夫則主張按為人後者為本生父母的標準來服喪，其後仁祖想親自當喪主，又遭群臣反對。此時仁祖根基未穩，均作出妥協。崇禎元年（1628年），仁祖以表達孝心為由，將追崇定遠君的問題再次提出來，引起群臣強烈反對，理由是定遠君沒有功德，仁祖自己也還沒建立起功德，沒有資格進行追崇。但隨著仁祖王權的逐漸穩固，再加上得到了李貴、崔鳴吉等功臣的大力支持，所以到了崇禎五年（1632年）時就無需顧忌反對意見，斷然下令追封定遠大院君為元宗大王，啟運宮具氏為仁獻王后，崇禎六年（1633年）獲明朝承認，崇禎八年（1635年）祔廟，仁祖總算如願以償，通過追崇父母而強化了王權。
經濟
光海君時期曾將按戶頭徵收貢物的貢納法改為按土地徵收糧食的宣惠法，並在京畿道率先實行。仁祖反正後，這一新法改稱“大同法”，並計畫推行於全國，首先在江原道、忠清道、全羅道實行，設三道大同廳進行管理。然而由於兩班地主階級的強烈反對，仁祖不得不在天啟五年（1625年）中斷了在忠清道和全羅道推行的大同法。此後經歷孝、顯、肅三朝，大同法才被推廣於朝鮮全境。
仁祖時期處於壬辰倭亂留下的創傷尚未恢復、朝鮮又面臨新威脅的時期，國防費用、明朝勒索的銀子和後金（清）勒索的歲幣及糧餉都不是小數目，因此擴充財政成為仁祖政權的當務之急。崇禎七年（1634年），仁祖下令丈量和清查三南（忠清、全羅、慶尚三道）土地，以確保稅源。次年實行“永定法”，即廢止了世宗朝規定的“年分九等”徵收田稅的規定，無論豐年還是凶年都按“田分六等”的規定來徵收田稅。仁祖為了擴大財源，鬆動了庶孽禁錮法，頒布《許通事目》，允許庶孽通過納粟來換取科舉考試的參與資格。此外，仁祖還積極開採鹹鏡道端川銀礦，並允許民間私自採掘銀礦，由戶曹徵收稅銀。
當時，在朝鮮社會作為貨幣來流通的布匹數量嚴重不足，於是在崇禎六年（1633年），仁祖聽從戶曹判書金起宗的建議，命令常平廳鑄銅錢，以取代布匹的貨幣地位，是為常平通寶的濫觴，卻因“廷議多歧”，很快中止。
仁祖時期，全球進入小冰河期，朝鮮自然不例外。如崇德六年（1641年）四月備邊司在向仁祖報告時驚呼：“今夫八路大旱之災，出於三年凶歉之後，兩麥已枯，四野盡赤，此誠前古未有之大變也！” 除了不少人因饑荒而餓死外，死於隨饑荒而來的瘟疫的人也不在少數，一些地方已出現小規模騷動，有大臣擔憂此為“赤眉、黃巾之漸”。 但仁祖對此束手無策，頂多採取削減百官俸祿、中止武器製造之類的措施，並從崇德二年（1637年）後幾乎年年祈雨，所幸並未演變為全面的社會動盪。此外每逢災異，仁祖還下教求言，雖然都表示採納，卻幾乎無一付諸實施，引發朝臣不滿。
文化
仁祖在位時，刊行了《皇極經世書》、《東史補編》、《書筵備覽》等書籍。同時修復了因壬辰倭亂而毀損的祭器、樂器。
仁祖時期的朝鮮也通過中國進一步接觸了西方文化。宣祖萬曆三十一年（1603年），朝鮮朝天使臣李光庭就已經認識了利瑪竇，但只是帶回來了《坤輿萬國全圖》而已。朝鮮真正意義上接觸西洋文化始於仁祖朝。崇禎三年（1630年），仁祖為慰問剛從己巳之變解脫出來的宗主國明朝而派遣陳慰使鄭斗源出使北京，鄭斗源在明登萊巡撫孫元化幕下接觸了葡萄牙傳教士陸若漢，翌年他帶回了《治歷緣起》、《天問略》、《利瑪竇天文書》、《千里鏡說》、《職方外紀》、《西洋國風俗記》、《西洋國貢獻神威大鏡疏》、《天文圖南北極》、《天文廣教》、《萬里全圖》、《紅夷炮題本》等著作及千里鏡、自鳴鐘、西炮、焰硝花、紫木花等新鮮事物。 此時仁祖正憂心忡忡於後金的威脅，所以只重視其中的西炮（紅夷炮），並為此嘉獎鄭斗源。 諫官們則認為這些不過是奇技淫巧，不值得嘉獎，但被仁祖駁斥。 丙子胡亂後，昭顯世子入清為質八年之久，也通過湯若望而接觸了西方科技與文化，不過由於回國後很快暴死而沒有發揮作用。
軍事
仁祖時內外變亂不斷，不得不在軍事上有所強化。在軍制方面，仁祖即位之時的中央軍只有訓練都監，仁祖揚言要親征後金，與明朝“協力討虜”，於是以李貴為御戎使，招募軍隊，後來形成了御營軍；李适之亂後，為了加強國王的宿衛，又增設總戎廳；在修築南漢山城的過程中，又增設守御廳。
在軍額方面，仁祖一度實行了號牌法，即清理男丁、發放號牌以便民眾為國家服役的政策。光海君時也曾實行此法，但因大北派的反對而作罷。西人黨通過仁祖反正推翻大北派後，屢次建議仁祖實行此法，以加強對基層的控制、防止人民的流失，進而確保軍額（軍隊數量），以應對迫在眉睫的危機，如李貴在天啟四年（1624年）指出：“當今之時，莫如先行號牌。若不行此法，民皆逃役，無以為國。” 但仁祖擔心這樣會擾亂民心，便猶豫數年而未能實行，並打算實行軍籍法（將兩班列入軍役），卻遭到大臣的反對。直到天啟六年（1626年）七月，備邊司向仁祖呼籲了“目今綱紀日益解弛，民心日益渙散，豪猾奸巧之徒，視朝廷如兒戲，政令之下，必先訾議；在上之人，不加深察，遽自疑惑，任長其驕頑無上之習，終至於委靡畏縮，拱手待亡，有識之士，莫不解體，誠可痛心” 的現狀，使仁祖下定決心實行號牌法，於是設立號牌廳，交給主張號牌法最力的李曙、崔鳴吉負責，並採取嚴格的措施來落實，如規定丟失號牌將杖一百，在不到一年內有40餘人因違反號牌法而死 ，甚至還嚴懲了一名對號牌法公開不滿的地方兩班安由慎。 號牌法實行僅過了一年半就發生了丁卯胡亂，仁祖在戰爭期間所下的罪己教書中不得不承認冒進推行號牌法為失誤 ，於是再未實行此法。
仁祖時期的軍事成果——《火炮式（諺解）》在武器方面，仁祖延續發展火器的方針，大力製造鳥槍，在天啟七年（1627年）朝鮮每年生產1000柄鳥槍，到崇禎九年（1636年）每年生產2000柄，不僅如此，仁祖還多次從日本購入鳥槍。丙子胡亂後的崇德六年（1641年），朝鮮擁有的鳥槍數量已達50000柄。 同時由於明朝限制輸出硫磺、硝石，仁祖委派反正功臣完豐府院君李曙負責研製、自力更生，並於崇禎四年（1631年）設別造廳于軍器寺，專門負責製造火器並突破火藥的技術難關。一個叫成根的軍官從遼東難民那裡習得焰硝製造之法，為李曙所採納。崇禎八年（1635年），李曙編成《火炮式》，收錄各種火器的製作和使用方法，並附以諺解（朝鮮文譯本），附錄“新傳煮取焰硝方”。然而翌年即爆發丙子胡亂，此書未能派上太大用場。
崇禎四年（1631年），仁祖從陳慰使鄭斗源那裡得到紅夷炮，喜出望外，但在研製方面未有進展。崇禎元年（1628年），荷蘭水手朴淵（Weltevree,J.J.）等三人漂流至朝鮮，仁祖將他們用於製造包括大炮在內的各種武器，丙子胡亂時效力於訓練大將具仁垕麾下，除朴淵外的兩人都戰死了。
朝鮮在鳥槍方面的運用更勝一籌，曾在丙子胡亂時擊斃清朝額駙揚古利，此點亦為清人所重視，經常徵調朝鮮鳥槍手作戰。
在戰略方面，丁卯胡亂之後仁祖採取的主要戰略是讓出大路、修築山城、配以火器的防守戰略，如移義州於白馬山城、移平壤於慈母山城、移黃州於正方山城、移平山於長壽山城，同時強化江華島和南漢山城兩大要塞的防禦工事，但在強大的清軍面前無濟於事。仁祖早就擔心清軍會直搗漢城 ，丙子胡亂時清兵果然採取此種戰略，導致朝鮮土崩瓦解。
外交
•對明朝
仁祖年間，隨著後金（清）的興起，延續兩百多年之久的明朝與朝鮮的宗藩關係也進入尾聲。仁祖反正時的一個大義名分就是光海君忘恩背德、欺瞞明朝，因此仁祖繼位後表現出更加親明的姿態。然而，明朝卻認為仁祖篡奪了明朝冊封的合法國王光海君的位置，不願承認仁祖王位，甚至有“聲罪致討”的主張。仁祖繼位後，以仁穆大妃（昭敬王妃）的名義上奏明朝，通報仁祖反正的情況，並派李慶全赴明請封。明朝決定先派人調查，由於得到駐紮朝鮮境內椵島（皮島）的明將毛文龍的協助，朝鮮的請封得到明朝批准，但明朝並未立刻派出冊封使。於是仁祖又派李德泂出使明朝，請求派遣冊封使並下賜誥命、冕服，明朝終於答應，以太監王敏政、胡良輔為冊封使赴朝鮮，在天啟五年（1625年）六月初三日舉行了冊封仁祖為朝鮮國王的儀式，總算解決了拖了兩年的懸案。為了打點這兩位貪婪的太監，朝鮮湊夠了13萬兩白銀贈送給他們，這對朝鮮而言無疑是巨大的負擔。 天啟六年（1626年），明朝使臣姜曰廣、王夢尹以慶祝皇子誕生宣詔於朝鮮，並協調強化朝鮮與明朝共同抗金的同盟關係，此次是明末罕見的沒有勒索朝鮮銀子的使團。
天啟七年（1627年）發生了後金入侵朝鮮的丁卯胡亂，朝鮮被迫與後金結為兄弟之國，但是並未斷絕與明朝的宗藩關係，而且將丁卯胡亂的經過上奏明廷，新繼位的崇禎帝也諒解了朝鮮的權宜之計，並命朝鮮協助明朝抵禦後金。 此後明朝與朝鮮依舊保持宗藩往來，明朝在崇禎七年（1634年）派遣太監盧維寧去朝鮮冊封昭顯世子，又勒索了朝鮮幾萬兩銀子。崇禎九年（1636年）九月，攜帶崇禎帝“獎敕”（嘉獎朝鮮斥絕後金之舉的敕書）的登萊監軍道黃孫茂來朝鮮宣敕，此為最後一次派往朝鮮的明朝正式使節。朝鮮亦依前例不斷遣使朝貢明朝，崇禎九年（1636年）以金堉為冬至使赴明，是年冬發生丙子胡亂，使團無法立刻回國，直到崇禎十年（1637年）五月才在明朝水師的護送下回國。此為最後一次派往明朝的朝鮮貢使。
不過明朝與朝鮮的關係並未因後金的威脅而成為同仇敵愾的聯盟，相反在暗中互相猜疑、防備。原本自壬辰倭亂以來，明朝允許朝鮮使臣購買硫磺、硝石，朝鮮依賴明朝輸入的硫磺、硝石來製造火器。崇禎四年（1631年），被後金俘虜又逃回明朝的將領黑雲龍報告了朝鮮與後金貿易往來的情況，促成了明朝對朝鮮的貿易封鎖。崇禎五年（1632年）冬至使金蓍國來華時，明朝反覆於允與不允之間，最終派太監沒收了朝鮮使臣已經得到的焰硝。 朝鮮上表向明朝喊冤，請求解禁。 到了崇禎七年（1634年），崇禎帝明確拒絕批准向朝鮮輸出硝黃，使朝鮮終未能如願。 此外，崇禎二年（1629年）袁崇煥斬毛文龍後，將朝鮮的海上貢路的中轉站由登州改為自己轄下的覺華島，以強化對朝鮮的控制，防止朝鮮、東江（皮島）、登萊三方串通一氣。直到崇禎九年（1636年）金堉出使明朝時，仍在呼籲明朝改貢路、輸硝黃，由於丙子胡亂的爆發，無果而終。
仁祖前期明、後金（清）、朝鮮對峙形勢圖仁祖時期，朝鮮的明朝之間最棘手的問題還是東江問題。明朝用來牽制後金、聯絡朝鮮的東江鎮開府於朝鮮椵島（皮島），一直被朝鮮視為禍根。然而仁祖繼位時，需要得到明朝冊封而依賴東江平遼總兵毛文龍的協助，所以表面上的關係還算融洽，毛文龍也先後三次上奏明廷，為仁祖請封做出很大貢獻，仁祖則在冊封前夕的天啟五年（1625年）四月為毛文龍立頌德碑於安州。 不過，仁祖政權從一開始就判斷毛文龍沒有牽制後金的實力，只能給朝鮮帶來麻煩，加上毛文龍部下本身也有強買強賣、劫掠朝鮮等不法行為，兩者關係因而很快轉入緊張，丁卯胡亂時，朝鮮抱怨毛文龍不及時來救，毛文龍則認為朝鮮引導後金來攻擊他，雙方的矛盾陡然升級。仁祖囑咐都元帥鄭忠信說：“西路（平安道）之事，非但胡也，毛將終必貽禍我國，其地將領不可不預備以待之。” 也就是將後金和毛文龍共同作為朝鮮的防備對象。
毛文龍死後，東江鎮雖仍然存在，但內亂不斷，實力銳減，因此朝鮮和東江鎮的關係相對緩和。劉興治叛亂時，仁祖以報皇恩為由企圖出兵討伐 ，卻因劉興治被明朝招撫而中止出兵計畫；後來孔有德、耿仲明叛逃後金，仁祖協助東江鎮進行圍追堵截，為此遭到皇太極的責難。 不過仁祖始終對東江鎮乃至明朝的援助不抱希望，所以儘管表面上朝鮮和明朝互通音訊、往來密切，實際上兩國間不存在真正意義上的同盟行動，甚至在丙子胡亂後朝鮮還在清朝的裹挾下參與皮島海戰、攻滅東江鎮。丙子胡亂後的崇德二、三年，明將陳洪範兩次秘密聯絡朝鮮，要求朝鮮和他一起抗清，第一次仁祖雖然冒著清朝的問罪的風險而予以回復，但還是委婉拒絕其要求，第二次只派林慶業去請求明朝人不要再來朝鮮，拒絕回信與答禮。崇德六年（1641年）後，明將王武緯兩次秘密出使朝鮮，要求朝鮮與明朝共同抗清，仁祖亦不敢答應。
當然，仁祖並非對明朝恩斷義絕。仁祖反正後，每月助餉於東江鎮，此後儘管對東江鎮極其不滿，也從未中斷過對東江鎮的支援接濟，僅在毛文龍生前就為其提供米谷268700餘石。 丙子胡亂後，由於清朝強制徵兵於朝鮮，仁祖與崔鳴吉合謀派僧侶獨步秘密赴明，轉達朝鮮的苦衷，懇求明朝的諒解。崇德三年（1638年）正月初一，仁祖還在宮中設牌位，西向中原哭拜 ，可見仁祖在感情上無疑是傾向於明朝的，只是在制定對明政策時不得不基於實力對比和本國利益出發。
•對後金（清）
仁祖繼位後，標榜親明排金，故中止了光海君時期對後金的國書往來，表示要和明朝“協力討虜”，以後金為假想敵來強化軍備，甚至仁祖表示要“親征”後金。 不過，這只是一種姿態而已，仁祖政權沒有勇氣與實力去招惹後金，所以實際上採取的是儘量避免刺激後金的政策。一個代表性事例是天啟四年（1624年）四月，毛文龍要派人去鹹鏡道巡邊，朝鮮君臣生怕其挑釁後金而惹禍，不僅仁祖親自勸阻，備邊司也擬定了迴避策略，以備毛文龍征朝鮮兵的情況。 然而朝鮮與後金關係的主動權並不掌握在朝鮮手上。後金新君皇太極繼位後，於天啟七年（1627年）派阿敏等討伐朝鮮及毛文龍，史稱丁卯胡亂。雖然毛文龍未被其消滅，可是朝鮮卻連戰連敗，仁祖被迫逃亡江華島，並向後金屈服，與其使者劉興祚（劉海）締結兩國結為兄弟的盟約，其後更不得不向後金納歲幣。
朝鮮的後金的兄弟關係只是同床異夢而已，兩國外交摩擦不斷。丁卯胡亂後，儘管後金釋放了大部分朝鮮被擄人口，但仍有上萬人被後金扣作人質，要求朝鮮或以後金逃人交換、或以米糧贖回，朝鮮被迫選擇後者，至於後金逃人問題，朝鮮雖表示允諾交出，卻又以難以找回散落各地的逃人為由搪塞，交出極少，令後金不滿。在開市問題方面，朝鮮自崇禎元年（1628年）同後金開市於義州，但在時間、價格、場所上多有爭端，如原約為春秋開市，然而後金後來又要求夏季也開市，兩國為此一直僵持；價格方面兩國也按各自有利價格而爭論；場所上後金要求鹹鏡道會寧也開市，朝鮮堅持拖延不開。在給後金的“歲幣”上，皇太極嫌棄朝鮮的禮物偷工減料，崇禎四年（1631年）朝鮮在春秋兩次納歲幣時，皇太極都乾脆拒絕接受，引發兩國關係緊張。
丁卯胡亂後，朝鮮對後金的敵視有增無減，仁祖和大部分反正功臣雖然不想和後金失和，但非功臣士人則大力標榜“斥和”，形成了主和派和斥和派。崇禎九年（1636年）皇太極自稱皇帝、建號大清，脅迫朝鮮“勸進”並將兄弟之國變成君臣之國，導致朝鮮內部的斥和情緒達到頂峰，仁祖也被這種情緒所感染，拒絕接見來要求朝鮮勸進的金使龍骨大（英俄爾岱）、馬夫大（馬福塔）等，並在三月初一下達以“絕和備御”為要旨的諭書。四月十一日皇太極登極大典上，朝鮮春信兼回答使羅德憲、李廓拒絕跪拜，六月十七日，仁祖更向清朝發出斥責其敗盟的“檄文”，兩國關係瀕臨破裂。就在斥和派呼聲高漲、主和派大多緘默的情況下，崔鳴吉疾呼不可刺激清朝，仁祖在其影響下也冷靜下來，逐漸偏向“守和”，並依崔鳴吉建議派遣譯官於清朝，溝通緩和兩國關係，並罷免了反對者弘文館修撰吳達濟。十月入清的譯使朴仁范等所攜國書被皇太極拒絕接受，仁祖仍不放棄溝通努力，又派朴蘭英出使清朝。此時大掠明朝的清軍已經凱鏇，皇太極決定親自出兵征討朝鮮，故在朴蘭英前往清朝的途中，丙子胡亂就爆發了。
皇太極詔諭仁祖原件（內載《南漢山城條約》之內容）自清軍先遣部隊渡過鴨綠江不到五日就兵臨漢城，仁祖先將自己和大臣的家眷安置於江華島，等他自己要去江華島時，則因擔心被清軍俘獲而轉向南漢山城避難。崔鳴吉前往清營，與清將勞薩、馬福塔等周鏇，使仁祖得以順利轉進南漢山城。仁祖於十二月十四日躲入南漢山城後，仍主張“宜一番決戰” ，不肯輕易就範，十二月二十九日，領議政金瑬領兵千餘人自北門出擊，此時皇太極率領的清軍主力已經趕到，朝鮮大敗，次日漢城也幾乎不戰而下，南漢山城徹底成為被清軍圍困的孤城。各地援兵也陸續被清軍打敗。皇太極三次下諭勸降朝鮮，四面楚歌的仁祖只有選擇投降一途，但主和派崔鳴吉和斥和派金尚憲還在圍繞講和條件而爭論不休。崇禎十年（1637年）正月二十二日，隨著江華島陷落、仁祖與大臣家眷被一網打盡，仁祖不得不無條件投降，在接受了清朝提出的條件（即《南漢山城條約》）後，於正月三十日在漢江南岸的三田渡向皇太極行三跪九叩之禮，標誌著朝鮮成為了清朝的屬國，戰後50萬朝鮮人被清軍擄走。崇德二年（1637年）十一月二十日，仁祖正式接受清朝冊封為朝鮮國王。
此後仁祖儘量順從清朝要求，如交出斥和派三學士（洪翼漢、吳達濟、尹集）由清朝處死、送昭顯世子和鳳林大君為人質、樹立大清皇帝功德碑、強制要求大臣使用崇德年號並將不使用者罷職、後更要求公家祝祭也使用清朝年號（但後來朝鮮的祭祀、墓葬等陰事普遍遵用“崇禎後紀元”）。 跟朝鮮與明朝徒有其名的同盟關係恰恰相反，儘管朝鮮極不情願地臣服清朝，卻多次實實在在地為清朝賣命。丙子胡亂結束後，清朝就命朝鮮出兵配合清軍剿滅皮島的明軍（皮島海戰），崇德三年（1638年）發生庫爾喀部酋長加哈禪（朝鮮稱慶河昌）等叛逃熊島（今俄羅斯符拉迪沃斯托克俄羅斯島），清朝命朝鮮由慶興府出動舟師一千予以剿滅。此後清軍圍困明朝在遼西的松山、錦州等據點，要求朝鮮出動舟師運餉，仁祖消極抵制無效後被迫順從，出兵5000人助清攻明。皇太極留其中1500人（其中1000人為炮手），由朝鮮平安兵使柳琳統率參與松錦大戰，朝鮮還在極端困難的情況下籌措糧食和馬匹以轉運至錦州前線。清軍入關後，由於北京所儲糧食大部分被李自成軍掠走，江南漕運又不通，導致清朝糧食短缺，為此清朝向朝鮮征糧20萬石，後經討價還價，折半為10萬石，朝鮮迅速海運至北京，緩解了清朝的燃眉之急。
由於仁祖小心翼翼地處理對清關係，所以丙子胡亂後的兩國關係儘管也有波折（如清朝數落朝鮮十二罪狀、抓走崔鳴吉等通明大臣與金尚憲等斥和派等），不過總體而言還是平穩過渡了明亡清興的關頭，因此清軍入關後多爾袞就下令削減朝鮮的貢品、放回朝鮮的人質、減輕對朝鮮的控制。某種程度上可以說拜仁祖後期的對清事大政策所賜，朝鮮王朝的社稷的固有習俗得以保全，但同時也導致仁祖政權的合法性面臨危機、在反清氣氛濃厚的朝鮮國內聲望大跌，這也是後來孝宗即位後大力標榜北伐論以凝結人心的一個背景原因所在。
•對日本
仁祖朝延續並深化了光海君時代的對日和解政策，但因丙子胡亂的爆發而產生波折。就在仁祖反正那一年，德川幕府第三代征夷大將軍（朝鮮稱“關白”）德川家光襲職，負責日朝外交的對馬島於同年冬派源智次出使釜山，祝賀仁祖即位，並將德川家光襲職之事通報朝鮮，希望派遣通信使以維護德川家光的地位。 不久朝鮮爆發李适之亂，李适軍中的“降倭”發揮了很大的威力，因此在仁祖逃亡途中，朝臣李廷龜和吳允謙主張借兵日本，仁祖病急亂投醫，竟一度同意，特赦有罪之臣李景稷並派其去東萊倭館借兵，後因有所顧慮及叛亂被迅速鎮壓而未付諸實施。 但“降倭”的威力還是給仁祖政權很大的衝擊，所以在亂後不僅赦免“降倭”，還將本來推遲派遣的通信使定為立刻派遣，以鄭笠、姜弘重、辛啟榮為三使臣赴日祝賀德川家光襲職，名目依然跟之前兩次一樣是“回答兼刷還使”，任務還有刷還壬辰倭亂時期的朝鮮俘虜。此舉開啟了朝鮮祝賀將軍襲職的先河。另外仁祖還需要從日本購入鳥銃等武器。仁祖繼位後採取的對日親善政策雖然是為了穩定政權起見，但客觀上促進了日朝關係進一步正常化，同時由於朝鮮國內仇日情緒甚重，仁祖的對日親善政策也遭到一些士大夫的批評。
當時，後金對明和朝鮮的侵略已為日本所知。丁卯胡亂後，對馬島提出出兵援助朝鮮，被仁祖拒絕。此時日本德川幕府一直致力於恢復同明朝的關係，所以對馬島方面又提出了“平遼通貢”的主張，即日本幫助明朝擊退後金以使明日邦交正常化，並於崇禎二年（1629年）派僧侶規伯玄方等出使朝鮮，請為其“平遼通貢”開路，仁祖允許其來漢城（這是壬辰倭亂後到高宗時唯一一次進入漢城的日本使節），但是不接受其要求。
崇禎五年（1632年）發生柳川一件，對馬島私交朝鮮之事被其家老柳川調興告發，德川幕府中斷了向朝鮮的歲遣船，此種非常事態引發了朝鮮對日本入侵的恐慌，仁祖甚至下令在南部三道築城以防備日本入侵。崇禎八年（1635年）柳川一件解決後，仁祖於十一月初六、初七日召集大臣討論日本侵略朝鮮的可能性，仁祖顯得很樂觀，判斷日本“無可憂之端”。 翌年正月停止南部三道的築城工程。 崇禎九年（1636年），仁祖還應日本邀請，以任絖、金世濂、黃戾為通信使，赴日祝賀日本國“泰平”，這是壬辰倭亂結束後首次以“通信使”為名的使團。
保存於中國國家博物館的仁祖呈給清朝的倭情咨文隨著丙子胡亂爆發，朝日關係又發生微妙變化。對馬島得知丙子胡亂的訊息後，再度提出派遣援兵的建議，朝鮮方面撒謊說清軍大敗，被迫乞和。 日本人不相信，崇德二年（1637年）十二月對馬島使節平成連提出包含七款條目的書契，涉及朝鮮與明、清的關係以及交涉禮儀的對等化。 仁祖拒絕向日本透露朝鮮臣服清朝的事實。 此後朝鮮在與日本的交往過程中一直使用崇禎年號，直到明亡為止，目的就是不讓日本人知道朝鮮在丙子胡亂中戰敗。 順治三年（1646年），朝鮮應清朝要求將漂流到清朝的日本商人國田兵右衛門等送回日本，仁祖才發覺事情難以隱瞞下去，遂在翌年指示官員許積將其臣服清朝的事實向對馬島和盤托出。 另一方面，朝鮮也對清朝要求其引導日本與清朝交往的要求虛與委蛇，儘量不讓日本捲入朝鮮半島事務中。
以丙子胡亂為界，仁祖對日本的態度也由樂觀轉為警惕，並採取拒絕對馬島提出的七款條目的強硬政策，甚至企圖依靠清朝來防備日本。 反之，許多大臣主張聯合日本對抗清朝，如趙絅即認為日本是可以用來“復仇雪恥”（指向清朝復仇）的“鄰援”。 仁祖不顧大臣們的反對，執意貫徹自己親清防日的政策，主動地向清朝匯報日本國情，先後十次呈上“倭情咨文”，渲染“日本威脅論”。崇德八年（1643年），仁祖雖應邀派遣通信使尹順之、趙絅、申濡東渡日本，祝賀德川家光得子，卻趁機蒐集日本情報並匯報給清朝。仁祖實行上述舉措的目的就是構築清朝和朝鮮共同防備日本入侵的合作機制。其時日本德川幕府在聽說清軍入關後，也存在假道甚至直接攻打朝鮮的構想，這類風聞通過對馬島傳入朝鮮，無疑會進一步引起仁祖對日本的警惕 ，但日本最終對大陸局勢採取旁觀政策，故朝日關係亦未因這些波折而惡化。
軼事典故
腳入羹中
仁祖年幼時，受學於舅舅具宬。具宬家貧，雇不了人煮羹湯，於是就讓學生們輪流煮羹湯。有一次仁祖煮羹湯，差不多快煮好時，看見有客人進來了，手忙腳亂之中不小心把穿著襪子的腳伸進羹里，客人們都不想喝他做的羹湯，仁祖卻說：“這是我辛辛苦苦做的，不應該扔了，況且我的腳是穿著襪子的，怎么會髒呢？”於是怡然喝下他所煮的羹湯，在座者無不驚嘆。
因畫識人
仁祖年少時，祖父宣祖讓諸王子王孫作畫，仁祖畫了一匹在柳樹下的馬。其後宣祖將沒有署名的王子王孫的書畫作品出示給重臣李恆福觀看。李恆福挑了仁祖的畫作並帶回家，後來又出示給其下屬金瑬，問他畫得如何，金瑬覺得畫筆很稚嫩，對該畫評價不高，可李恆福卻說：“我不這么認為，希望你拿回去，必須要找到畫主再給他。”金瑬就把這幅畫拿回家並掛在客廳，每逢來客就問，但過了很久都沒人認領。
有一次雷雨天，還是綾陽君的仁祖臨時到金瑬家中避雨，之前他與金瑬並沒有交情。仁祖看到掛在客廳上的畫，就說：“這畫我看見過呀！”金瑬問他是誰畫的，仁祖不明說，只請求取走畫，金瑬不給。其後仁祖又來拜訪並索取畫作，金瑬還是不給，但念在他身為宗室王孫，出於情面還是回訪了仁祖，就這樣一來一往之中，仁祖和金瑬的情誼就逐漸確立並穩固了，以至於共謀政變，推翻光海君，金瑬居功第一，被封為昇平府院君。有一次仁祖在酒宴中對金瑬說那畫是他畫的，金瑬大驚，然後找李恆福（當時已故）的兒子詢問情況，才得知了李恆福讓他追隨仁祖成就大事的用意，並佩服李恆福能看出畫中王者氣象的慧眼。
恩怨分明
光海君時期，還是綾陽君的仁祖處境不妙，百計求生。仁祖的弟弟綾昌君李佺出事後，光海君的妻舅柳希奮的寵妾趁機來索取賄賂，仁祖為此傾家蕩產去巴結，仍於事無補。有一次柳希奮赴其姐夫趙國弼在江亭所設宴會，仁祖聽說後，為了營救綾昌君，趕緊跑去離家十里的江亭求見柳希奮，柳希奮藉口喝醉而不見，趙國弼勸柳希奮好歹見綾陽君一面，柳希奮不聽，於是趙國弼出門見了仁祖，並給他送上酒菜。仁祖反正後，有人說柳希奮沒有參加廢母之議，為其求情，仁祖堅決要求處死他；趙國弼則被流放慶尚道迎日，仁祖曾一度下令赦免他，但因台諫反對而收回成命。
代筆賜字
據說仁祖“文章甚高”，但跟其他朝鮮國王熱衷賦詩作文不同，仁祖“未嘗作一句詩”，也不願留下筆跡，哪怕是給臣下的批旨也是讓內侍謄寫，然後把自己寫的草稿撕毀後丟進水裡。在匯集歷代朝鮮國王詩文的《列聖御製》中，仁祖僅留下7篇文章，大多是書信，留下的御筆也很少。崇德七年（1642年），日本邀請仁祖為供奉德川家康的日光山東照神宮題字。仁祖讓其叔父義昌君李珖捉刀代筆，寫“日光淨界彰孝道場”八字冒充“御筆”送給日本人。
撫慰金瑬
丙子胡亂時，時任領議政金瑬之子金慶征負責守衛江華島，結果江華島被清軍攻破，仁祖和大臣的家眷當時都在江華島，因而蒙受被清軍俘虜之恥。戰事結束後，大臣們紛紛要求處死金慶征，仁祖看在金慶征是金瑬獨子的份上，不忍處死，但終究拗不過反對之聲，將金慶征賜死，金瑬也被迫引咎辭職。仁祖多次秘密召見表兄具仁垕並詢問：“金公無不平意耶？”讓他注意觀察金瑬的動向，對金瑬的賞賜也比以前多出數倍。金瑬也閉門謝客，處事低調，故能善終。
歷史評價
總評
朝鮮王朝時期，出於為尊者諱的因素，加上後世的朝鮮君主皆出自仁祖一系，所以當時對仁祖只能採取正面評價，其廟號為“祖”本身就是一種高度評價的蓋棺論定。而在現代的朝鮮半島，對仁祖則普遍傾向負面評價。採取階級史觀的北韓自不待言，韓國也是普遍否定仁祖。仁祖的三田渡之降不僅依然被視為國恥，仁祖本人更被認為要對此負最大責任，光憑這一點就為以民族主義為政治正確的當代韓國所不容。對仁祖的否定評價還與對另外兩個人的評價上升直接掛鈎，那就是光海君和昭顯世子。韓國的主流觀點是：光海君採取靈活卓越的外交政策，可以使朝鮮免受後金（清）入侵，而仁祖則囿於仁祖反正的大義名分而陷入對明義理的局限中，故無法像光海君那樣發揮靈活卓越的外交政策，導致朝鮮蒙受後金（清）入侵的劫難 ；此後昭顯世子在清朝接觸了西方先進文物並對其產生濃厚興趣，使朝鮮出現了提前近代化的可能性，仁祖則被考證出是害死昭顯世子的幕後真兇，進而扼殺朝鮮近代化的萌芽的賬也被算在仁祖頭上。 仁祖在兩次胡亂時逃跑、降服及害死昭顯世子夫婦使他在當代韓國被視為執著權力、刻薄無情、罔顧百姓的昏君。如此一來，仁祖成為朝鮮王朝27代君主乃至朝鮮半島歷史的君主中形象最差的一位。只有極少數學者（如吳恆寧）對仁祖以肯定評價為主，認為他只是遭遇了一些不幸的歷史條件而失敗了。
歷代評價
•鄭載侖（朝鮮孝宗駙馬即仁祖孫女婿）：仁祖慎賞罰，惜名器，顰笑不苟。
•李成茂（當代韓國學者）：在守護與確保正統性這點上，像仁祖這種程度的敏感和處心積慮即使在歷代國王中也是很罕見的。
•金萬重（當代韓國學者）：仁祖被評價為朝鮮君主中最無能的君主。他雖然通過西人發起的政變推翻光海君、掌握政權，但卻遭到了被當做夷狄而無視的後金的兩次侵略，更是害死自己兒子、兒媳和孫子的殘忍無情的君主。雖然仁祖反正的一大理由是光海君廢母殺弟、毀滅人倫，仁祖卻連自己的親骨肉都殺害，成為比光海君更狠毒的君主。
•金容欽（當代韓國學者）：國王仁祖雖然是當時不亞於任何人的義理論者與保守主義者，但他坐在國王寶座上，需要不斷做出與現實問題相關聯的政治決定，由於這個政治屬性，所以不能僅局限於朱子學的名分義理論上。他反而堅決抵制當時支配多數臣僚大腦的朱子學政治論的臣權中心思想，是一位苦心孤詣於確立專制君主權的人物。
•韓明基（當代韓國學者）：仁祖在反正之時，充斥著“光海君政權問題很多，所以要實行與光海君完全不同的政治”的意志。仁祖政權在丁卯胡亂、丙子胡亂時對清朝的降服，其錯誤的起步在李适之亂時就已經清楚顯露出苗頭了……在經歷了李适之亂後，仁祖政權所構想的展現出與光海君完全不同的改革案化為泡影。
家庭成員
| 關係 | 封號 | 姓名 | 備註 | |
| 父母 | 父親 | 定遠君 | 李琈 | 1623年追贈定遠大院君，1619年卒，1632年追封元宗大王 |
| 母親 | 連珠郡夫人 | 具氏 | 具思孟之女，1623年加封啟運宮，1626年卒，1632年追封仁獻王后 | |
| 胞弟 | 綾原君 | 李俌 | 1632年加封綾原大君，1656年卒 | |
| 綾昌君 | 李佺 | 1615年死於冤獄，1632年追贈綾昌大君 | ||
| 妻妾 | 王妃 | 仁烈王后 | 韓氏 | 韓浚謙之女，仁祖反正前為清城縣夫人，1635年卒 |
| 莊烈王后 | 趙氏 | 趙昌遠之女，1638年被揀擇為王妃，1688年卒 | ||
| 後宮 | 貴人 | 趙氏 | 趙琦之女，在仁祖後期恃寵弄權，仁祖去世兩年後被賜死並廢為庶人 | |
| 貴人 | 張氏 | 張留之女，1671年卒 | ||
| 淑儀 | 羅氏 | 生平不詳 | ||
| 淑儀 | 朴氏 | 生平不詳 | ||
| 淑媛 | 張氏 | 生平不詳 | ||
| 子女 | 兒子 | 昭顯世子 | 李 | 仁烈王后出，1625年被封為王世子，1645年卒 |
| 鳳林大君 | 李淏 | 仁烈王后出，昭顯世子死後被封為王世子，後繼位為朝鮮孝宗 | ||
| 麟坪大君 | 李㴭 | 仁烈王后出，過繼於綾昌大君，1658年卒，為朝鮮高宗的血親8世祖 | ||
| 龍城大君 | 李滾 | 仁烈王后出，1629年六歲夭折，追贈龍城大君 | ||
| 崇善君 | 李澂 | 廢貴人趙氏出，1651年削爵，1663年復爵，1690年卒 | ||
| 樂善君 | 李潚 | 廢貴人趙氏出，1651年削爵，1663年復爵，1695年卒 | ||
| 女兒 | 孝明翁主 | 李氏 | 廢貴人趙氏出，嫁金世龍，1651年削爵，1700年卒 | |
影視形象
| 類型 | 名稱 | 年代 | 地區 | 飾演者 |
| 電影 | 仁穆大妃 | 1962 | 韓國 | 申榮均 |
| 仁祖反正 | 1967 | 申榮均 | ||
| 南漢山城 | 2017 | 朴海日 | ||
電視劇 | 大明 | 1981 | 金東勛 | |
| 朝鮮王朝500年-回天門 | 1986 | 柳仁村 | ||
| 朝鮮王朝500年-南漢山城 | 1987 | 柳仁村 | ||
| 一代皇后大玉兒 | 1992 | 中國台灣 | 余偵祥 | |
| 西宮 | 1995 | 韓國 | 朴鎮亨 | |
| 王的女子 | 2003 | 安鴻鎮 | ||
| 一枝梅 | 2008 | 金昌完 | ||
| 最強七迂 | 2008 | 崔政宇 | ||
| 垂涎之島 | 2009 | 李炳俊 | ||
| 推奴 | 2010 | 金甲洙 | ||
| 馬醫 | 2012 | 鮮于在德 | ||
| 宮中殘酷史：花兒的戰爭 | 2013 | 李德華 | ||
| 三劍客 | 2014 | 金明洙 | ||
| 華政 | 2016 | 金載沅 |
