死海古卷
人類補完計畫第23話中Seele的台詞：“已經打倒了第16個使徒”“那么死海古卷中記載的使徒還剩最後一個”“也就是說約束之日已經臨近了。”
《死海古卷》確有其物，是在1947年在死海附近一個洞穴內發現的諸多古基督教經書的抄本文物，據考證其年代約於公元前三世紀到公元一世紀。
二次衝擊
為了消滅使徒的生命之源亞當之卵（白之月），必須使用隆基努斯之槍——擁有回歸原始之力的存在。但是，在2000年南極的實驗中，由於使徒的基因與人的遺傳基因的接觸，釋放出了超出預想值以外的反AT力場（智慧之果和生命之果結合時就會產生和神同等的力量）。結果引發了強烈的爆炸，破壞了白之月，從而讓最後一個使徒渚熏在第二次衝擊同日出生。
亞當計畫
這兩個計畫對於人類補完計畫都是必須的，原本亞當計畫和E計畫是一個概念，但是後來逐漸分開了。
亞當計畫：復原原始形態的亞當的計畫。雖然也可以說是為了製造EVA（E計畫）才復原的亞當，但Seele的贖罪儀式也有使用亞當來進行的計畫。而碇元渡為了自己的計畫，也曾利用過亞當。
E 計畫：為了消滅使徒並進行儀式，按照計畫需要至少12台EVA。在當夏娃計畫開始之前是使用莉莉絲來製造EVA，但是在亞當再生計畫開始後，二號機以後的EVA都是從亞當製造而來。（隨二號機來日本的，就是加持所帶來的亞當）
消滅使徒
消滅使徒是生命之樹出現的條件。通過EVA初號機等的努力，這個目標基本實現。對於Seele來說，生命之樹是不可缺少的重要道具；對於碇元渡來說，他需要的是生命之果（實際上初號機在此之前已經獲得了S2機關，也就是生命之果）——其實也都是要打倒使徒。就這樣，儘管在朗基努斯之槍、S2機關和Nerv的對人防禦系統（這點最後讓Nerv遭到進攻時吃了大虧）等問題上相互拆台，但是Seele和碇元渡雙方還算是勉強合作一直撐到了將最後使徒打倒……
新劇解釋
【衝擊】及【人類補完計畫】的本質
【衝擊】和【補完計畫】在某種程度上是近似的，正如渚熏所語：“這個世界上，生物大量滅絕並不少見。生命本來就是在不斷適應環境而進化。 而【Lilin】並不是在適應環境，而是在改造環境。人工促進的進化，以犧牲遠古生命為代價，以其生命果實，促進【Lilin】的進化。這一切都是從太古就被注定了的滅絕程式。而這，被NERV稱之為【人類補完計畫】
。”
這裡，【Lilin】是使徒對人類的稱呼，“遠古生命”包括了使徒。使徒是人類的阻礙，人類和使徒只有一方得以存在。存在者才有希望進化。
在《死海文書》的記載中，【第1次衝擊】是【神】為了淨化地球而降下，是為了使人類進化。這種舉措在《聖經{啟示錄}》也有記載，也就是通常所說的【世界末日】：這世間的最後，蒼穹之上，神袛宣判。那罪惡的人會上不得天國。原來的懲罰之處則轉為新世而輪迴。
EVA接近【神】，使用【神】的能力和工具（EVA、【尼布甲尼撒鑰匙】、【卡西烏斯槍】和【朗基努斯槍】、【莉莉絲】的粒子、【莉莉絲】的屍體讓【莉莉絲】復活，和“【亞當】的容器”結合創造新世。）讓世間再次輪迴，促成人類的進化。這，就是【衝擊】，也是【補完計畫】的實質。
【第2次衝擊】和【第3次衝擊】不是單純的意外，而是為了新的輪迴做準備。
計畫中的【第4次衝擊】，進而發動的【補完計畫】，才是【第1次衝擊】的延續。
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NERV的計畫
綾波麗留在初號機里的另一個目的就是可以捨棄【莉莉絲】，而改用初號機和“【亞當】的容器”進行發動【衝擊】和【補完】。這樣做既減低了風險，也保證了【補完計畫】的效率。這也是【使徒】的一再侵擾下所作出的符合碇源堂利益的計畫。並且，變相的使Seele同意，決定這一結果。但【第3次衝擊】是碇源堂的私下做法，雖然《死海文書》也預言到這一事態的端倪，不過，NERV的解釋卻是意外：由初號機導致。在Seele的計畫里不存在這一構想。
相關分析
首先是tv版第25、26話的心理分析課，可以說，EVA的前面全部24集都是為了這最終的人類補完計畫來做的鋪墊。在這裡，所謂的人類補完就是人內心的進化，其實就是心理進化、解決病態的心理問題。片中以生存的意義，存在的目的為核心話題，以人的孤獨為對象，進行了長篇的心理描述，意在使觀眾（也就是和Eva中人物有相同心理的觀眾）在了解了片中人物的心理解決過程中也解決了自己的心理問題。最終，碇真嗣也走出了自己陰晦的心理，完成了自己內心的補完，這時，所有的人都恭喜他走完了自己相當重要的心理歷程。然後，在片的最末尾，寫下了“然後祝福世界上所有的孩子……”就這樣，Eva就在這樣的話語中結束了。然後，又推出了電影版The end of Evangelion，以描寫故事的形式完結了新世紀福音戰士。然而，所謂的描寫故事不過就是在以故事為基礎進行心理分析而已，其實整個新世紀福音戰士故事中都是為了進行心理上的補完而設定的。是出現在Eva的tv版中較長時間的綾波麗，tv版也就是描述了她與碇真嗣之間的逐漸溝通，逐漸了解，也逐漸的補充對方的過程。在這個過程中，麗逐漸的了解到人之間感情的意義，從一個不知感情為何物的“機器娃娃”到逐漸的與真嗣產生感情，最終為了真嗣而犧牲了自己。零號機的自爆與綾波的消失宣告了綾波任務的完成，這應該不是碇源堂給她的任務，而是庵野秀明給她加上的悲情任務吧，之所以說是任務，是說她只是衝破了自己自我封閉的性格，擁有了人的感情。然而，她還是沒有走出自己受人指示，被人利用的命運，那個工作就留給“浴火重生”的明日香吧。就讓我們的綾波永恆的安息吧。
明日香在經歷了長期的畸形心理狀態時期之後，終於，在EVA二號機中由於與母親的靈魂交流終於走出了過去的自己。完成了與Eva二號機的同步，其同步率達到了400%，終於找到了媽媽的明日香也真正找到了自己。她說“絕對領域保護著我……”一切與其他外人沒有什麼關係，一切都是為了自己。絕對領域並不是隔斷心之間的牆壁，而是用來保護自己的。飛翔在天際的Eva二號機正是自由翱翔在自己意識中的明日香啊。選擇是痛苦的，然而不能選擇就連痛苦都沒有……
很簡單的，在電影版The end of Evangelion中綾波麗終於衝破了自己的宿命，作出了自己的選擇，離開了碇源堂，不再作他的玩偶，而堅決的作出了自己的選擇。
碇真嗣在整部EVA中都是生活在嚴重的心理壓力之下。這也正是他作為男主角的宿命吧。當綾波麗把一切都交給他時他的內心還是充滿了矛盾。怕傷害別人而自我封閉的意識還是深深的埋在他的內心深處。最終，還是由於他的這種思想引發了第三次衝擊。而在LCL生命之海中，他看到了自己本來所希望的世界——人們混合成了一個整體，然而他領悟到有矛盾的世界才是真實的，雖然可能殘酷，但也存在著幸福。這時碇真嗣真正明白了無論在什麼狀態，自己內心不改變的話世界是不會有任何改觀的。最終，他選擇了回到原來的世界，決定改變自己，決定接受一切。
不過，話又說回來。在劇場版最後唯的話中曾說過：“不用擔心，任何靈魂都會有復原的能力，只要有活下去的信念。”從這句話本人理解來看，那些化為LCL液體的人也是很有可能再次變回人形的。只是在於自己的靈魂是否願意接受這一切了。
經過了這樣一段辛苦了歷程，evangelion的少年們終於走出了自己的心理怪圈，走出了自己的心理陰影，可以說Evangelion給他們的心靈進行了補完。同時也就給全世界的少年帶來了福音。
相關評論
《EVA》的故事正是根據這些我們以前從未聽過的古怪傳說展開的，一切的一切都是由於它而起：EVA和綾波麗的製造、真治的出現、神秘的幕後組織......人類補完計畫大概是想把人類的靈魂都收集到一個單體“神”中，大家都拋棄了人與人之間的障礙和隔閡，都活在幻想中罷！為此而建立的組織“SEELE”、碇元度和那些不想死的人都有自己的小算盤，圍繞著這個計畫各自開始了自己的活動。
本來想先說SEELE的計畫，但是考慮到比較難寫，所以還是先看看該死的碇元度是怎么進行這個計畫的吧。看來碇元度真的很愛碇真嗣，他進行的人類補完計畫的最終目的就是想在補完後的世界中和亡妻在一起。至於冬月，他可以算在碇元度那一夥，不過我想他也是愛著碇唯的，但是既然她被碇元度泡去了，自己只能把思念留在心底了。為了見到碇唯他加入了碇元度的nerv。碇元度為了實現自己的計畫，處處在下面搞小動作，挖seele的牆腳，不但控制了亞當和lilith、讓初號機搭載了s2機關，還把隆基奴斯之槍扔到了月球軌道上。最後由於lilith的背叛，他未能如願。
至於seele，他們的計畫就是讓人類回歸LCL的形態（近似液體形態），完成心靈上的補完。
葛城美里、加持良治、那“三條友”（日向庚、青葉茂和伊吹真夜）、明日香、以及一些國家的政府可以說是不想死的人。美里一開始就被蒙在鼓裡，到最後偷偷知道了第二次衝擊的真相和人類補完計畫的目的後就開始阻撓這個計畫的實施。至於日本政府則是被seele騙了，以為nerv要發動第三次衝擊，結果成了seele排除異己的工具。後來美里破壞初號機和五號機的計畫失敗，第三次衝擊才得以發生。
網上有的說法是seele和nerv各自有自己的第三次衝擊計畫。
從零開始
《從零開始》雖然說有模仿EVA的一部分 比如龍緣和NERV
但是《從零開始》中的人類補完計畫是為了逃出三百七十年後終結者逃逸星的撞擊而帶來的大災難
而完成的 改變人類的身體 形成新的品種
眾神之子
即龍族。神林是由眾神之子計畫的B13計畫繁殖出的改造人類胚胎，也可以說是超人胚胎。
其他人也是有病毒來改造 所以 眾神之子計畫是改造基因
最初是由歐洲和中國合作開發的人造天神計畫，後來因為歐洲人覺得這種投資巨大又無法產生短期效益的研究不太值得，所以將計畫整體移交給中國的研究方，也就是現在的龍緣集團。龍緣集團使用很低廉的價格就拿到了歐洲方面的資料，然後開始了獨立開發這個計畫。
超級士兵
最新幾章出現的美女機器人就是美利堅的女神兵器完成品自由女神三千型
身體組織依然還是人類的結構，但是也做了一點程度的強化，這個看起來很像機器人的東西，其實是一種單兵盔甲，其自身裝有動力裝置和計算機輔助系統，高度大約在兩米六左右，由一名士兵駕駛，外部裝有大量武器。
