成立經過
人文科學研究所從其前身東方文化研究所成立的1929年算起，至今已有五十多年的歷史。東方文化研究所創辦的初期稱為東方文化學院京都研究所，是以庚子賠款為基礎，在外務省的援助下，以研究中國文化為目的，配合東京的研究機構而成立的。由此可知在昭和初期，以京都大學文學部為中心的所謂“京都中國學”的研究，便頗受到當時學術界重視，而該所自始所創刊的《東方學》雜誌連續至今，有其悠久的歷史，深厚的基礎。1930年研究所新屋落成時，專任的研究員不過八名而已，不久就擴大到連特約研究員在內約有三十名之多。
中日戰爭爆發後，東方文化學院京都研究所於1938年更名為東方文化研究所。又在1939年8月，改成京都大學附設人文科學研究所，其宗旨是從事有關東亞人文科的綜合研究。當時的編制是教授三名，副教授六名，事實上有很長的一段時期只有教授一名，副教授四名。戰爭結束後，人文科學研究所邁進了新的方向，研究對象，由局限於亞洲而推廣到整個世界，並且合併東方文化研究所及接管西洋文化研究所，而在1948年重建成名符其實的人文科學研究所。戰後的研究所設十一個講座，分為日本、東方及西洋三個部門，同時進行個別研究與共同研究，變成大規模的研究機構。戰後初期，主要的研究成果仍是繼續原來東方文化研究所的中國古典研究及考古學調查。因之，被稱為是日本“中國學的發源地”。1965年以附屬機構的形態成立“東洋學文獻中心”。這箇中心除了以研究所收藏的豐富的漢學資料編成各種目錄之外，還將各種書籍提供給國內外的研究者使用，專任的職員有八名。1975年該所改建原在東一條的房舍，擴充成比原來大四倍的建築，使研究活動更為方便。
戰後日本的非軍事化、社會改革及大眾傳播的發達等，給予人文及社會科學的發展很大幫助。人文科學研究所亦視此發展為己任。不管是共同研究或所員的個別研究，均有其卓越的成就。共同研究的成果如桑原武夫編《廬梭研究》（1951），井上清、渡邊徹同編《美國騷動的研究》（1952），貝冢茂樹編著《京都大學人文科學研究所藏甲骨文字》（1959-1968）等。其他期刊的發行、目錄及資料集的編制，以及個人研究的成果等等不勝枚舉。
人文科學研究所，為了共同研究的需要，往往也向其他的研究機構要求研究的協助者，通常都有比專任研究員二倍以的訪問研究者，並參加研究會，在1978年又新設立了以“比較文化”為主題的客座研究部門。加上東洋學文獻中心的成立，使國內外到訪的學者不斷地增加，有的以客座教授、或受聘教授、或外國人進修者的身份參與共同研究。因此，人文科學研究所不只在日本，在世界上也有很高的評價，成為世界性的研究中心之一。
研究狀況
自1979年至1980年間，該所的研究狀況如下：
共同研究
1.先秦時代文物之研究 負責者：林已奈夫
這項研究計畫預計在1980年完成。曾舉辦《周禮》的討論會及研究發表會。
討論會從春官大宗伯到瑞典，由上山春平、林已奈夫、富谷至、池田秀三及江村治樹等人擔任。已發表的研究成果如下：
林已奈夫：殷周時代祭祀用酒器的用法。
橋本敬造：先秦時代之星名與星象。
秋山進午：近年發現之銅鼓與墓葬。
江林治樹：戰國秦漢簡牘文字的變遷。
杉本憲司：俞偉超、高明《周代用鼎制度研究》介紹
飯島武次：二里頭文化與夏朝問題。
池田秀三：周禮疏序譯註
2.大陸出土戰國時代文物之研究 負責者： 林已奈夫
上述的《先秦時代文物之研究》，雖已取得預期的成果，但最近因為出土了很多有關戰國時代文物，因此特別進行研究。預定三年期間完成。以“睡虎地秦墓竹簡”中秦律部分做為討論會的底本，另外加上與此有密切關係的《周禮》秋官司寇部分。研究的方式仍是討論與研究發表互動進行。參與本組的研究者，所內部分有上山春平，江村治樹，桑山正進，田中淡，富谷至，宮崎法子及吉田光邦等人。所外部分有相川佳予子，秋山進午，飯島武次，伊藤道治，稻葉一朗，大庭修，川又正智，北村良和，衣川強，小南一郎，佐藤武敏，杉本憲司，曾布川寬，永田英正，橋本敬造，桶口隆康，町田章及米田賢次郎等人。
研究期間，“睡虎地秦墓竹簡”內秦律十八種中之田律、廄苑律、倉律及金布律由林已奈夫、杉本憲司及稻葉一郎等擔任。《周禮》是從秋官大司寇到鄉士，由富谷至、江村治樹及桑山正進擔任。已發表的論文有：
小南一郎：顧頡剛《〈周公制禮〉傳說和〈周官〉一書的出現》介紹。
3、中國近世的都市與文化 負責者：梅原郁
選擇幾個宋朝以來中國的大都市，就其歷史變遷、都市內的政治、社會及文化等等作詳細的研究。以吳自牧的《夢梁錄》作討論的底本，除了作譯註之外，以大縮尺的地形圖做基礎，充分利用資料，企圖將開封、杭州及蘇州等地回復到各該時代的地形。
4、新發現科學史資料之研究 負責者：山田慶兒
主要研究自1977年以來的五年之間，在大陸重新發現或發掘出來有關科學技術史的資料。
最近大陸有很多的文獻及遺物不斷的出土。這些文物當中除了在馬王堆或武威的漢墓中發掘的醫書之外，還發現很多或能推翻前人學說的科學技術史方面的寶貴資料。這些發現並不一定是屬考古學及古代史之範圍內，例如在這些發掘物中，有《天工開物》的作者——明代宋應星的其他四種著作。本組研究的對象，不問其屬於何種文獻及遺物、時代及範圍，只要是新發現的資料都包括在內。
討論中先介紹武威的醫簡，後又介紹馬王堆出土的醫書及天文書。研究的成果都預定一一在《東方學報》登載。
5.李商隱研究 負責者：荒井健
從1978年開始，預定以三年時間將晚唐詩人李商隱的最難而最重要的七律詩進行研究。根據晚唐文學組的研究成果，以唐詩百名家全集本為底本，再參考已收藏的各種資料，用討論的形式，儘可能作詳細的注釋校訂。七律中《少年》以下十八篇及七律以外《無題》八篇，計二十篇均已讀過。
6、關於明清社會變遷之研究 負責者：小野和子
完成《雍正朱批諭旨》之索引編制後，組員研究報告的題目如下：
松浦章：清代長崎貿易之研究
谷口規矩雄：漢口鎮發展之研究
小野和子：書評《明代文化史研究》（間野潛龍著）
竺沙雅章：元代浙西的豪民與佛教
間野潛龍：明代監察考
夫馬進：明代南京市民之社會移動
森正夫：中國史中之風俗
岩見?：明代徭役制度之變遷——雜役為中心
森田明：清代畿輔地域之水利營田政策研究
山根幸夫：明末農民反亂與紳士層——李岩問題為中心
阪倉篤秀：宸豪之亂
傅衣凌：中國之明清史研究
岩井茂樹：清朝中央與地方之財政關係
全漢升：明清時代中菲美洲貿易之研究
濱田正美：論近代中國對新疆史之研究狀況
谷口規矩雄：明末華北之役法改革與農民叛亂之研究
張豈之：明末清初之諸子百家
竺沙雅章：明代福建之寺租研究
野間潛龍：宦官張永之研究——特別是與劉瑾之關係
7、國小研究 負責人：尾崎雄二郎
《日知錄》的討論已結束第二卷，甲骨文字的學習在饒宗頤會中大致已經結束。繼續討論《四庫全書總目》（經部、國小），有關國小研究成果發表。仍請京都產業大學的橋本高勝氏擔任。
8、民國初年的文化與社會 負責人：狄間直樹
本組是繼五四運動研究組之後，在1978年組成。以聽取組員及訪問研究者報告為主：
片岡一忠：中國共產黨與回族
北山康夫：近代中國勞動者之勞動與生活
北村稔：論第一次國共合作
堀川哲男：參加太平天國史學術討論會之報告
小野信爾：論新到五四文獻
河田悌一：中國五四運動之研究——思想史之動向
江田憲治：五·三0時期之上海勞動運動
岩井茂樹：洋務運動與清末財政
小林善文：黃炎培與職業教育運動
守川正道：華盛頓會議
大野三德：國民革命時期江浙地區之軍閥支配
章開沅：當今中國對辛亥革命研究之現狀
小關信行：近代中國新聞事業之發達與某記者
松本英紀：宋教仁與“間島”問題
劉大年：論民眾與領袖的關係
竹內實：日本人之中國觀與袁世凱評價
高橋良和：孫文建國三程式之研究
小野和子：五四運動與女子教育
清水稔：在辛亥革命時期之湖南研究
狄間直樹：五四運動與南北講和會議
川井悟：全國經濟委員會之經濟建設活動及其歷史意義
藤本博生：五四運動在日本的報導
竹內宏行：清末民初之紀年問題
片岡一忠：日本之中國回教徒工作——日本回教研究之一側面
9、禪之文化 負責者：柳田聖山
研究為何禪在唐代盛行，到宋代才又重新被認識的原因，以宋朝所撰禪宗史書之一的《禪林僧寶傳》為研究底本，已讀完第二卷。以比較宗教思想的觀點來進行研究發表。如：
緒方香州：《續高僧傳》的教科書問題。
10、隋唐時代之道教與佛教 負責者：福永光司
隋唐時代的佛教學與道教學，與印度、中國及日本的宗教思想有很密切的關係，宋明時代的理學也多少受到影響。本組由1980年開始，詳細的研討唐法琳的辨正論《十喻九箴篇》。
11、中國中世之文化與社會 負責者：川勝義雄
本研究已在1979年完成，現正積極整理研究報導中。
個人研究
福永光司：唐代道教思想史
川勝義雄：貴族制社會及其文化
柳田聖山：禪宗文獻之研究
竹內實：1930年代之中國文學
尾崎雄二郎：中國音韻史之研究
林已奈夫：殷周文物之考古學的研究
荒井健：中國之詩學
山田慶兒：中國古代之醫學與思想
梅原郁：宋代之官僚制度
礪波讓：隋唐社會史研究
勝村哲也：中國中世土地所有制之研究
狄間直樹：五四時代之中國社會主義之研究
小野和子：明末政治史
今井清：白氏文集語彙索引之編集
田中淡：中國建築之樣式、技法、空間
森時彥：初期民主主義革命史之研究
江村治樹：中國古代官僚制之研究
御牧克己：印度、西藏佛教學
富谷至：中國古代中世之政治與學術
杉山正明：蒙古帝國與中國社會
矢淵孝良：六朝文學研究
宮崎法子：五代宋代繪畫史研究
田中裕子：東北作家之文學
出版刊物
《東方學報》、《人文學報》及西文的“Zinbun”三種。另外每年均有研究員們的研究成果刊行，1980年刊行的有《東洋文獻類目一九七七》、《京都大學人文科學研究所漢籍目錄 下冊》及《祖堂集索引 上卷》等等。
