路線
鹿兒島線
有時會被稱為“鹿兒島新幹線”的九州新幹線鹿兒島線（鹿児島ルート）連結位於九州北部的福岡（博多車站）與位於九州最南端的鹿兒島（鹿兒島中央車站）兩大都會區，是一條全線皆采新幹線規格（1435mm標準軌）路線的高速鐵路。2004年3月13日南段新八代到鹿兒島中央間開始營運，而北段博多到新八代間的未通車路段，則以行駛於原本鹿兒島本線上之列車（L特急“接力燕號”）接駁，並以新八代車站作為接駁點。目前通車的南段沿線多山，百餘公里的路線上隧道就占了七成的里程，除此之外縱坡度大對於行駛車輛的加速度要求高也是一項特色，為此，JR九州捨棄了新幹線系統原本既有的各種車型，而以JR西日本的700系電聯車為基礎改良，開發出九州新幹線專用的800系電聯車。
鹿兒島線全線共設有12個車站，目前通車的是南邊5個車站間的路段，基本資訊如下：
路線距離：新八代～鹿兒島中央間137.6公里（營運里程126.8公里）
軌距：1435mm
複線區間：全線複線
電氣化區間：全線電氣化（25,000伏特/60赫茲交流電）
運行最高速度：260公里/小時
安全裝置：數位自動列車控制裝置（KS-ATC）。與東北新幹線採用的DS-ATC系統不大相同，九州新幹線所採用的系統與東海道新幹線的ATC-NS規格相同。
機車調度場：川內新幹線車輛中心（川內新幹線車両センター）
路線維修基地：出水
行控中心：博多綜合指令中心（博多総合指令センター ）
西九州線（長崎線）
在國土交通省原本的整被計畫中原稱“九州新幹線長崎線”（長崎ルート）的這條新幹線路線，在2005年10月時被路線通過地區的地方政府（佐賀縣與長崎縣）自行改稱為“西九州線”（西九州ルート），而JR九州為了因應配合也以括弧附註的方式改稱為“西九州線（長崎線）”。相對於全線皆采新幹線規格新建的鹿兒島線，連結福岡與九州西部大城長崎的西九州線，在規劃上顯得比較複雜些。西九州線是條以原本在來線部分區間路段（包括長崎本線與佐世保線）配合上新建設的新幹線路段（武雄溫泉～諫早）混和而成的新路線，因此可能是第一條鎖定以軌距可變列車（Free Gauge Train）作為運行主軸的新幹線。總長約147公里的西九州線分配的方式如下：
博多 ～ 新鳥栖：與鹿兒島線共享路線（新幹線），區間裡程約26公里。 新鳥栖：進行軌距變換由新幹線的標準軌轉換成在來線的窄軌模式。
新鳥栖 ～ 武雄溫泉：使用在來線軌道，區間裡程約51公里。包括：
新鳥栖 ～ 佐賀 ～ 肥前山口：沿用稍事改善過線型的長崎本線軌道。
肥前山口 ～ 武雄溫泉：沿用稍事改善過線型的佐世保線軌道。
武雄溫泉：進行軌距變換，由在來線轉換為新幹線。
武雄溫泉 ～ 嬉野溫泉 ～ 新大村 ～ 諫早：行駛於新修築的新幹線路線上，區間裡程約45公里。
諫早：進行軌距轉換由新幹線轉換為在來線。
諫早 ～ 長崎：沿用稍事改善過線型的原長崎本線路線（但也可能規劃修築新的新幹線路線），區間裡程約25公里。
根據日本的法律，新幹線新線的開發必須先獲得平行的在來線沿線各個自治體（地方政府）的同意，才可以開始建設。但是，由於新路線通過的地區與原本的長崎本線並不相同，因此當西九州線通車時，勢必會將原本往來於長崎本線的人潮導引至其他地區，或甚至改為第三部門鐵道（第三セクター鉄道）的方式營運，有減弱沿線市鎮競爭力的疑慮，因此，佐賀縣的江北町與鹿島市兩個自治體迄今（2006年4月）尚未同意新幹線的開發，導致縱使第一期工程（武雄溫泉～諫早）的預算早已撥下，但卻遲遲尚未開工的情況。
※關於九州新幹線西九州線的路線規劃，請參考長崎縣官方網站上的路線圖。
列車、車輛與運行狀態
鹿兒島線
行駛於九州新幹線鹿兒島線上的燕號列車。由於鹿兒島線沿線多山縱坡度變化大（尤其是已通車的南段），JR九州揚棄了直接採用其他地區原有車種，而以隸屬於JR西日本的700系7000番台，也就是光號鐵道之星（ひかりレールスター，Hikari Railstar）所使用的車輛為基礎，進一步開發出專用的800系電聯車，以六輛一列的編成（編組）方式行駛，但在博多～鹿兒島全線通車後，會視需求檢討是否增加為八輛編成或維持原樣。
新登場列車採用了公開徵選的方式來決定命名，原本投票排行第一的“隼人”（はやと，Hayato，九州男子的代稱）因為發音與已經實際在運行的JR東日本行駛於東北新幹線上的列車“疾風”（はやて，Hayate）過於接近，因此被放棄而改用了排行第三的“燕”（つばめ，Tsubame，燕子是九州的象征鳥類）。自戰前（1930年）東海道本線上的超特級列車開始，這是日本鐵路系統第五輛使用了相同命名的列車，其中第四代的燕號特急列車與第五代同樣都是屬於JR九州管轄，是1992年到2004年間行駛於鹿兒島本線上的特快車。2004年3月時第五代燕號登場，但第四代並沒有真正功成身退，而是化身為L特急列車“接力燕號”（リレーつばめ，Relay Tsubame），負責九州新幹線鹿兒島線北段（博多～新八代）尚未完工前，作為燕號新幹線列車的接駁車，行駛於兩地間的鹿兒島本線上。兩列列車采同時停靠於新八代車站內同一月台的方式，方便往返的旅客快速接駁。
目前在新八代與鹿兒島中央之間每小時有兩班列燕號車往返，而快速列車（不停靠川內）與每站皆停的慢車則為每小時發車各一班（早上與傍晚時段每站皆停列車會增發為每小時兩班），並存在有幾列全線皆不停車的超級快速列車。全線通車後，則預計會將班次表改為博多～熊本間每小時四班，熊本～鹿兒島間每小時兩班。為了配合到時列車班次的增發，博多車站內也在進行擴建新幹線路線與月台的工程。
JR九州原本預估九州新幹線開業後的第一年會有約250萬人次來搭乘，但實際上的統計數字卻高達322萬8884人，尤其是居住在薩摩地區（鹿兒島市周邊）的使用者占大多數。相比之下，包括熊本市在內的一些沿線市鎮由於搭乘里程較短，無法明確看出新幹線相對於路面運輸的優勢，而比較不受重視。
西九州線（長崎線）
與鹿兒島線不同，計畫中的西九州線將采標準軌的新幹線與窄軌的在來線交錯使用的軌道配置，因此將會使用還在開發中的軌距可變列車，目前JR西日本、JR九州與JR四國正以新幹線下關保守基地（車輛保養維修廠）與九州東北部的小倉工廠為中心，以山陽新幹線、日豐本線（九州）與予贊線（四國）的部分路段進行軌距可變列車的實際行駛測試。而鹿兒島本線也在新八代車站設有軌距變換裝置，預計在2006年（平成18年）末購入新型車輛實際進行測試。
根據2005年12月時公布的營運計畫，行駛於新幹線西九州線與長崎本線上的列車班次的規劃如下：
博多車站 ～ 新鳥栖車站 ～ 武雄溫泉車站 ～（經新幹線西九州線）～ 長崎車站：每日32班往返，使用軌距可變列車行駛。
博多車站 ～ 新鳥栖車站 ～ 武雄溫泉車站 ～（經佐世保線）～ 佐世保車站：每日16班，使用在來線特急列車行駛。
原本由長崎車站與佐世保車站分別發車、並且在肥前山口車站會合後串連行駛的特急列車“鷗”與“綠”，將會在新幹線西九州線通車後不再串連運行。
為了取代取消了的串連行駛，博多車站與肥前鹿島車站間將會加發每天五個往返的在來線區間特急列車。
