到目前為止，尚無治療乙型腦炎的特效藥物，因此該病仍嚴重地威脅著孩子的生命。在我國多以中西醫兩法治療乙腦，並且由於醫務人員的盡心盡責，密切觀察患兒的病情變化，及時地控制病情的發展，乙腦的死殘率已較過去明顯降低。在患兒度過急性期後留有的後遺症，應採取中西醫結合方法(包括針灸、推拿)進行治療，並應加強其功能訓練，如對有智力障礙的孩子，要反覆啟發誘導，從患兒所熟悉的人或物，簡單的文字或詞句開始，鍛鍊其記憶力，從而達到恢復智力的目的，對留有肢體功能障礙的孩子，要每天為患兒按摩數次，以改善肢體的血液循環，增加肌肉彈性，以減輕肢體的萎縮，並教育患兒進行主動鍛鍊，逐漸促進中樞神經系統功能的恢復；對有吞咽障礙的患兒，則應哺餵流汁飲食，由一點一滴地喂，到一口一口地喂，逐步過渡到半流汁飲食，以逐漸訓練患兒的吞咽功能。乙型腦炎恢復期的治療對減少後遺症十分重要，家長應有耐心和愛心，才能使孩子得到最大的康復。
由於本病的死殘率高，因此預防本病的發生就顯得特別重要。首先，對生後6個月的孩子就應接種乙腦疫苗，直到15歲前的孩子每隔4年都應加強接種—次。其次是養成孩子的良好生活習慣，既要有合理的營養，又要有足夠的睡眠，以提高身體的抵抗力。值得注意的是，滅蚊、防蚊是預防乙腦流行的發生的最根本措施，積極開展愛國衛生運動，清除污水和排除積水消滅蚊子的孳生地是預防本病發生的關鍵。
