推行原因
1998年香港新機場啟用發生大混亂，其後香港政府委任之調查委員會認為身兼機場發展策劃委員會主席之時任政務司司長陳方安生負有責任，但陳堅持公務員傳統不願道歉，只表示“非常遺憾”，引起市民不滿。連續多次揭發多宗“居屋短樁事件”，引發民眾向官員究問責任（問責）、要求犯錯官員承當責任（當責）的呼聲。
亦有人認為由於董建華跟當時的政務司司長陳方安生不睦，使政策決定及執行上受阻，故當局認為需把統領公務員，包括政策局局長的權力完全置於行政長官之下。陳其後以私人理由提早退休，後來透露是因無法說服董不實行問責制。
主要內容
將所有司長和局長職級由公務員職位改為以契約方式聘任，並須為過失負政治責任。將局長向司長負責的制度改變為直接向行政長官負責；政務司司長只負責行政長官直接委派的工作（曾蔭權上任後改回舊制）。
原有公務員局長改稱“常任秘書長”，職責是帶領屬下公務員執行問責局長決策。但為平息公務員疑慮，規定公務員事務局局長須由公務員轉任；而且委任期滿後可返回公務員崗位（即俗稱“鏇轉門”）。
將局的數目由十六個合併至十一個（2007年曾蔭權連任後再調整為十二個），並不再分為“決策局”和“資源局”，統稱“決策局”。
影響
為額外支付十二名問責局長每年數千萬港元薪酬及其他開支而不增加政府支出，削減大量公務員職位。香港公務員最高職位由政務司司長降為各政策局的常任秘書長。
政務司司長的權力被削減，統領眾局長的權力被削去，被揶揄為“無兵司令”。
成效
問責推出後受到不少批評；但是，自從實施後已有三位高級官員因被指犯錯而自動辭職。三位下台的官員分別是財政司司長梁錦松、保全局局長葉劉淑儀和衛生福利及食物局局長楊永強。仙股事件
香港交易及結算所（港交所）發出諮詢檔案，建議調高股份除牌的價格下限，投資者憂慮所持有的細價股份（俗稱仙股）會遭除牌而觸發大規模拋售，該日香港股市總市值下跌一百一十三億港元。其後港交所撤回檔案。事情牽涉到時任財經事務及庫務局局長馬時亨及財政司司長梁錦松，但兩人並沒有受到處分。港交所行政總裁鄺其志則辭職。泰國包機事件
泰國於2008年11月發生了泰國人民民主聯盟在首都曼谷素萬那普國際機場舉行反政府集會，素萬那普國際機場被迫關閉。近千香港遊客滯留當地，香港政府遲遲沒有派遣包機接走民眾。由於鄰近的中國大陸、台灣及澳門等已早早派遣包機接走人民，令香港人感到十分無助。由於當時保全局局長李少光正在外訪，一直未有該局代表出席由唐英年主持的每日政府高層會議，發現原來整過決策過程，全由保全局副秘書長魏永捷在港主持大局。負責署任局長職務的林瑞麟，以至政務司司長唐英年、特首曾蔭權未有親自指揮。事後香港民眾要求向負責的政府官員問責，但最終決定包機的唐英年重申今次是“集體決定，團隊負責”而沒有問責官員受處分。間接令民眾有高官問責制名存實亡的感覺。發展
當初董建華的構想中，高官問責製成立以後，由問責局長思考制定所屬政策局的政策，而由常任秘書長前往立法會代局長回應立法會議員質詢。由於政策局申請開設職位等需要經立法會的事務委員會通過，有新政策需要通知這些委員會，而且立法會會議中，議員亦提出不少質詢。局中官員需要前往各立法會解答質詢。但結果仍然是由問責局長親自帶領局內官員出席會議回應質詢。高官問責制原意是各問責局長改向行政長官負責，行政長官因應社會情況而任免。但財政司司長梁錦松的偷步買車風波，董建華存保梁氏，正反映了問責局長只向行政長官負責，而不是接受市民問責（究問責任）、向市民當責（承當責任）。其實，即使立法會通過針對局長的不信任議案，行政長官也只會考慮是否罷免該局長。
2003年七一遊行後，財政司司長梁錦松及保全局局長葉劉淑儀相繼辭職，加上衛生福利及食物局局長楊永強在一年後才請辭。顯示了高官問責制某些局限。
2005年，曾蔭權當選行政長官後，宣布各問責局長可以選擇不出席行政會議的會議，使非官守成員參與制定政策的空間增大。
2007年7月1日，第三屆特區行政長官曾蔭權把問責局增加至十二個，並把部份問責局改組。
