困境
由於新加坡的高度發展，這條鐵路對新加坡也帶來了許多困擾和威脅。
遷移經過
1990年時，新加坡和馬來西亞已經就解決主權問題達成了共識，並由當時的新加坡總理李光耀和馬來西亞財政部長敦達因於1990年11月27日分別代表兩國政府簽訂了《馬來亞鐵道公司在新加坡土地發展協定要點》（PointsofAgreement，簡稱POA）。根據這項協定，馬來亞鐵道應在2001年2月將丹戎巴葛火車終站遷移至兀蘭火車關卡，但馬來西亞遲遲沒有執行有關的協定要點，直到2010年馬來西亞首相納吉和新加坡總理李顯龍同意從2011年7月1日起，將丹戎巴葛火車站遷移至兀蘭火車關卡（包括鐵道關稅局、移民局及檢疫站）。
公司組成
由一家馬來西亞的國庫控股及新加坡的投資臂膀淡馬錫控股將聯合成立馬新私人有限公司（M-SPteLtd），並分別掌控60%及40%股權，發展由馬來亞鐵道讓出的土地。而馬來亞鐵道讓出的土地，將由新加坡政府以相等價值的土地，即以在濱海南（MarinaSouth）與奧菲亞—梧槽（OphirRochor）土地作為交換。馬來亞鐵道位於新加坡丹戎巴葛、克蘭芝及在武吉知馬的3塊土地，總數達217公頃的土地將由成立的聯合公司負責發展。2011年6月30日，丹戎巴葛火車總站最後一班列車由馬來西亞柔佛州蘇丹伊布拉欣伊斯邁殿下開出丹戎巴葛火車站，服務79年的丹戎巴葛火車站正式走入歷史。2011年7月1日凌晨12時，丹戎巴葛火車站正式由新加坡土地局接管。
