中華中醫藥學會肛腸分會成立前身是在六十年代初，衛生部召集中國中醫研究院及全國20餘家中醫院校的中醫肛腸專家和一部分西醫肛腸專家在中醫研究院召開了中醫治療痔瘺成果座談會，通過評定，充分肯定了中醫治療痔瘺療法的臨床療效。會上成立了全國中西醫結合防治肛腸疾病協作組，本次會議上成立的全國中西醫結合防治肛腸疾病協作組就是全國肛腸分會的前身。
1975年，由中國中醫研究院廣安門醫院主持在河北省衡水地區召開了第一次全國中西醫結合防治肛腸疾病協作組會議。會議確定每三年召開一次全國中醫肛腸學術會議。專題研討會每年一次。迄今為止已召開12次全國中醫肛腸學術會議。每次會議代表均達400-500餘人，論文500-600餘篇。參會人員有中醫、中西醫結合和部分西醫肛腸專家，以及各地區肛腸醫師、科教人員和基礎醫學研究者。由於每次全國大會均集中了肛腸學科的學術精英，所以每次會議出版的論文彙編均顯示出了相當高的學術水平，會上學術研討的氣氛也非常活躍，對我國肛腸學研究起到了極大的促進作用。1977年，在南京召開了第二次全國中醫肛腸學術會議。出席會議的有來自全國各中醫單位的200餘名代表。
1980年全國中醫學會成立後，中醫肛腸協作組立即申請加入中醫學會並得到批准，且醞釀成立中醫肛腸學會(二級分會)。1980年7月在福建省福州市召開了第三次全國肛腸學術會議暨選第一屆理事會,出席會議的代表有300餘人，提交學術論文300餘篇)，衛生部副部長崔月犁出席了本次會議。在這次會議上，經過民主選舉產生第一屆肛腸理事會，會長丁澤民。副會長：史兆歧、聞茂康、王方林、張慶榮、陸琦、李雨濃、李潤廷、金虎、楊書興。並選出常務理事15人：尹伯約 葉松榮 盧克捷 任全保 陳之寒 陳永健 芮恆祥 李笑風 林之夏 周濟民 賀執茂 黃乃建 曹吉勛 彭顯光 喻德洪。理事58人：馬述仕 王天慶 王玉成 王文春 王承業 王秀珍 鄧正明 司永令 央 金 馮繼亮 刑玉美 衣先榮 劉愛華 劉傳章 朱秉宜 孫福慶 杜家謨 杜克禮 汪立強 陳濟民 陳民藩 陳慶燊 湯長風 何慶榮 宋光瑞 李 兢 李允哲 李浩春 李瑞吉 李瑞芝 沈健雄 楊乾亭 張 遠 張數義 張東嶽 張振仁 張東銘 張慶儒 鄭明印 鄭觀炳 鄭和昌 周醒華 周孝增 歐陽光 柏連松 胡階林 施啟生 范芙蓉 鍾傳華 鍾傳榮 程恩昌 董 平 董 德 蔣雲鵬 謝寶慈 廖蔭元 翟靜明 魯培智。
1983年在雲南省昆明市召開第四次全國中醫肛腸學術研討會。1986年在遼寧省瀋陽市第五次全國肛腸學術研討會。
1987年在湖北省洪湖市肛腸分會召開第二屆換屆會議及學術交流會, 會議選出會長：丁澤民。副會長：史兆岐 金 虎 李潤庭 尹伯約，秘書長：史兆岐(兼) 副秘書長：張樹義(兼) 秘書組成員：王秀珍 丁義江 柏連松 鄧正明。學術組組長：金虎 副組長：李潤庭 尹伯約 成員：黃乃健 吳菲 賀執茂 任全保 曹吉勛 彭顯光 宋光瑞 專家顧問組組長:陸琦 副組長：李雨濃 成員:聞茂康 王方林 張慶榮 王玉成 陳忠平。
理事名單：
丁澤民 丁義江 王秀珍 王利華 尹伯約 鄧正明 鄧鈞 史兆岐 司永令 白寶中 任全保 任學道 衣光榮 朱秉宜 朱治中 劉昌國 吳菲 張東銘 張有生 張慶儒 張東嶽 張樹義 李潤庭 李允哲 李浩春 宋光瑞 陳民藩 陳達恭 陳孟燊 芮恆祥 楊乾亭 杜克禮 汪立強 沈冶 金虎 鄭和昌 鄭觀炳 范芙蓉 歐陽光 賀執茂 柏連松 鍾傳華 胡階林 施漢章 姬興隆 凌朝坤 黃乃健 曹吉勛 梁林江 喻德洪 彭顯光 董德 程恩昌 蔣雲鵬 葛洪亮 廖蔭元。
1989年在河南省安陽市召開第六次全國中醫肛腸學術研討會，此次會議規模之大到會580人，會議交流論文660篇，是當時會議之最。1992年在四川省成都市召開第七次全國中醫肛腸學術研討會。1995年在江蘇省南京市召開第八次全國中醫肛腸學術研討會。
1998年在湖南省張家界市召開第三屆換屆會議暨第九次學術會議，會議選出會長：丁義江。副會長：史兆岐、張樹義、鄧正明、柏連松、賀執茂、田振國、丁義山。秘書長：史兆岐(兼)、副秘書長：張樹義(兼)、鄧正明(兼)。常務理事18人陳平、韓寶、白寶忠、趙寶明、楊向東、熊臘根、程恩昌、李國棟、羅湛濱、張東嶽、鍾傳華、張慶儒、陳孟燊、梁林江、張作興、楊貴平、陳達恭、胡階林。
理事63人。
丁 敏、王 昱、王中禮、王雲水、王泉英、葉世堂、葉祚棟、龍德時、鄧高里、令狐慶、龍 江、朱勝剛、朱元廷、李 欣、李勝橋、李玉泉、李允哲、劉佃溫、劉錫銓、劉仍海、劉行穩、華福俊、湯永喜、沈 冶、陳基敏、陳惠華、陳金泉、周明生、柏幼安、柏幼松、宗長根、俞立民、俞永湘、俞寶典、張積書、張淑琴、張龍湛、張遺鶴、張正剛、陳洪全、陳思昶、聶廣軍、崔敦儒、呂建龍、唐 武、楊 巍、楊玉嵐、辛洪波、紀清順、徐凌波、信鐵柱、耿學斯、蘇興伯、高寶良、范亞明、喻敬東、董 德、韓 平、陶 孟、常 青、潘良富、寇玉明、戴 毓
2000年在遼寧省瀋陽市召開的第十次全國中醫肛腸學術會議，2001年中華中醫藥學會肛腸分會理事會議暨痔病專題研討會在湖北省武漢市召開。
2003年在北京召開了第十一次全國中醫肛腸學術會議，通過全體理事會民主選舉產生了第四屆肛腸學會領導機構。選出會長：丁義江 副會長：韓 寶、楊向東、田振國、李國棟、高 楓、賀向東、宋光瑞、楊東生、傅傳剛。常務理事21人：王業皇、周健華、熊臘根、羅湛濱、張燕生、湯 勇、姜春英、趙寶明、陳寶元、芮 冬、曹永清、李 師、劉佃溫、陳孟燊、陳中傑、杭海河、陳 平、石 榮、鍾傳華、聶廣軍、何永恆。
理事72人。
劉明學、席艷君、陶黎敏、彭作英、郭海峰、崔雅飛、唐德金、史仁傑、周玉祥、王秋霖、張曉明、葉 玲、姜 甦、於永鐸、李相陽、王民基、孫繼東、陳金泉、梁勁軍、陳思昶、劉 彤、易 明、彭洪雲、劉琴遠、蔡而瑋、趙 和、田素勤、楊玉嵐、奚晨義、李華山、劉玉石、李玉泉、肖振球、劉躍江、趙利軍、胡占嶺、康立強、周明生、董 平、龍得財、吳雲益、吳 斌、張衛剛、柏幼安、楊 巍、令狐慶、俞永湘、高葆良、陳惠華、俞立民、范亞明、郭純艷、耿學斯、劉福坤、張淑琴、常 青、王鴻林、石新起、周華君、白曉剛、胡麗萍、韋洪鈞、黃乃健、王曉林、彭衛紅、陳少明、寇玉明、韓 平、宮毅、 景湘川、榮新奇、葉祚棟
2004年在吉林市舉辦全國肛腸病診治新進展學習班暨第四屆二次常務理事會。2005年在廣東省珠海市召開肛腸疾病術後併發症專題研討會暨第四屆三次常務理事會。2006年在廣東省珠海市召開中醫肛腸分會、中華醫學會結直腸肛門外科學組、中西醫結合學會結直腸肛門病專業委員會共同制定痔、裂、瘺診治指南。2006年在吉林市召開第十二次全國肛腸學術交流會暨第十一次中日肛腸學術交流會。有來自全國24個省、市、自治區340餘名代表，日本學者18名，特邀肛腸屆老專家9位，會議共收到專業論文421篇，錄用373篇。推薦到國家一類雜誌發表72篇。
2007年5月在瀋陽召開肛腸分會換屆暨便秘專題研討會，來自全國32個省、市、自治區及港、澳、台地區的400餘名專家學者，國家中醫藥管理局吳剛副局長，中華中醫藥學會李俊德秘書長、學術部孫永章主任、繼續教育部王奕主任、遼寧省人民政府藤衛平副省長等領導出席了會議。
本屆會議選舉產生了肛腸分會第五屆理事會，並評選出“全國中醫肛腸學科名專家”18名。 本次會議共收到參會論文320篇，經審核錄用230篇，正式發表於《中華中醫藥學刊》的第5期便秘專刊上。第五屆肛腸學會理事名單：選出終身名譽會長：丁澤民 。名譽會長：丁義江。顧 問:柏連松 鄧正明 賀執茂 丁義山 陸金根 張東銘 黃乃健 曹吉勛 喻德洪 高楓。名譽常務理事：李政育。
會 長:田振國。副會長13名:韓寶 李國棟 張燕生 趙寶明 宋光瑞 楊東生 王業皇 周建華 楊向東 賀向東 傅傳剛 曹永清 凌光烈。常務理事44名: 李華山 劉仍海 韓平 聶廣軍 陳寶元 唐德金 范興業 劉躍江 朱洪奎 趙和 劉琴遠 熊臘根 羅湛濱 湯勇 柳越冬 殷志韜 於永鐸 胡占嶺 張國勝 李師 劉岩松 芮冬 劉佃溫 華國平 劉明學 石榮 耿學斯 賀平 彭衛紅 陳中傑 姜春英 榮新奇 何永恆 俞立民 張建柏 凌遠志 劉彤 任東林 王烈 張連陽 胡捷 樊志敏 吳丹妮 崔志勇。
秘書長:韓寶 副秘書長: 柳越冬 孟強 劉佃溫 姜春英 何永恆 羅湛濱 湯勇 芮冬 耿學斯 9名。
理事228人。
蔡德光 王長順 譚靜范 秦澎湃 董 平 寇玉明 袁 亮 王振彪 許山鷹 張書信 趙秉會 彭作英 郭海峰
崔雅飛 郭純艷 朱元廷 侯緒春 葛 雷 鄒振培 鄒振明 郭耀輝 韓 喜 陶黎敏 蔡而瑋 葉 玲 許國城
方宗武 黃如華 陳金泉 梁勁軍 陳思昶 舒洪權 柯 瑋 范小華 李春生 吳錦昌 肖振球 吳雲益 韋洪鈞
譚 紅 王鴻森 付繼勇 李雲霞 吉 強 靳德生 張相安 宋紅旗 李天順 何耀普 宋太平 席作武 石新起
馬英生 張鴿朋 陳惠華 沈蘭英 黃喬和 劉行穩 王秀成 龍德時 葉祚棟 王愛華 劉冬保 李帥軍 李正興
顧城義 榮 春 劉少瓊 汪良會 鄒國軍 董先政 肖 堅 張尚華 馮金乾 陳國華 高貴雲 田素勤 楊玉嵐
奚晨義 劉玉石 李玉泉 劉學彥 崔倫順 陳紹珍 孫中偉 張孝東 王鉦珠 史仁傑 周玉祥 王秋霖 令狐慶
劉福坤 王敏英 金黑鷹 鄭 萍 華一敏 谷雲飛 李 峰 陳大莊 武雅坤 劉希家 王 榮 李國慶 趙利軍
白曉剛 康立強 李文銀 何 偉 李懷春 田澤香 趙 斌 孟 強 張虹璽 張 焱 張 錦 李忠卓 宋 鐸
劉鐵龍 劉 斌 張長凱 郭 旭 孫 昱 齊穎利 趙 溢 張國齊 李春雨 盧 敏 趙寧偉 高愛民 張勤良張麗英 王 竟 楊凌宏 彭洪雲 謝國星 余永歡 熊炳賢 張淑琴 印志友 於躍河 劉亞東 馬富明 白立峰
孫學軍 魯 兵 馮六泉 趙 克 李相陽 姜 甦 王民基 孫繼東 董洪新 王 萌 玄元傑 蔡 旺 朱慧卿
管仲安 尚 毅 鞠應東 鞠麗娟 趙 剛 姜培成 王同忠 毛寬榮 司 克 賴大年 黃驍洪 趙鵬程 吳作會
王文峰 李新倉 李毅忠 梁靖華 席艷君 張衛剛 柏幼安 楊 巍 陳少明 張雅明 吳 彬 何春梅 徐偉祥 張曉明 易 明 周明生 周華君 王曉林 張 琦 李 鑒 賈 莉 張 峰 黃德鈴 王順和 毛 紅 弋才劍
唐學貴 常 青 范亞明 宮 毅 保 勇 鄧高里 屠世良 周東平 高葆良 歐 春 乾安建 王紹臣 張小元
孫玉伙 陸慶革 王英蓮 石煥芝 白國民 劉秉正 丁法全 張丙貴 王書奇 李靜君 王忠生 勾振堂 俞永湘 王建民 夏美義 任建國 孫化中 劉傳連 趙德美 任元滿
備註：紅色第一次老理事晉升常務，藍色為第二次老理事晉升常務
2007年10月13日至14日，在江陰市召開肛腸分會會長會議，會議研究決定增補常務理事4人:
宋太平 肖振球 孫化中 陳惠華。增補理事28人：舒 強 鄭力國 楊小毛 張子儀 李五九 馬爾保墩
肖 慶 舒洪權 朱曉軍 凡 平 陳 亮 馬龍海 劉 飛 施懷傑 蘇翠紅 李 磊 秦兵芬 肖君成 趙海
鄭錦忠 林先強 張蘇閩 黎海龍 郭修田 鄭玉金 楊中權 陳小嵐 李玉英
2008年9月在瀋陽召開肛腸分會學術交流會。中華中醫藥學會秘書長李俊德教授，中華中醫藥學會繼續教育部主任王奕教授，以及遼寧省衛生廳等部門的領導也應邀出席了會議。來自全國的四百餘名代表聚會瀋陽，此次學術會議收錄論文316篇，有六家肛腸病攻關協作組單位。此次會議上還根據國內肛腸專業發展的需要，增補了副會長3名，副秘書長2名，常務理事38名，理事134名。此次會議還評選出了省級優秀肛腸專業委員會12家，第二批全國肛腸專業知名專家37名，有突出貢獻的專家8名。優秀省級肛腸專業委員會：1.雲南省中醫藥學會肛腸專業委員會。2.湖南省中醫藥學會肛腸專業委員會。3.山西省中醫藥學會肛腸專業委員會。4.廣西省中醫藥學會肛腸專業委員會。5.遼寧省中醫藥學會肛腸專業委員會6.河北省中醫藥學會肛腸專業委員會。7.黑龍江省中醫藥學會肛腸專業委員會。8.四川省中醫藥學會肛腸專業委員會。9.河南省中醫藥學會肛腸專業委員會。10.北京市中醫藥學會肛腸專業委員會。11.陝西省中醫藥學會肛腸專業委員會。12.吉林省中醫藥學會肛腸專業委員會。
第二批全國肛腸專業知名專家37名名單:
張燕生 榮文舟 韓平 聶廣軍 陳寶元 鄒振培 范興業 唐德金 崔雅飛 趙 和 劉學彥 張積書 劉岩松 胡占嶺 李師 張國勝 王吉侯 范亞明 吳丹妮 劉傳連 趙德美 任建國 勾振堂 宋太平 席作武 張東嶽 任東林 肖振球 王敏英 史仁傑 樊志敏 俞立民 榮新奇 彭衛紅 賀平 耿學斯 陳孟燊
有突出貢獻的專家8名名單:宋光瑞 丁義江 柏連松 鄧正明 曹吉勛 張東銘 賀執茂 丁義山
增補38名常務理事：
谷雲飛 趙 剛 羅 偉 曾憲東 鄒振培 史仁傑 段少江 劉傳連 崔倫順 王 竟 張書信 侯緒春
席作武 黃忠誠 徐占民 鄒振明 李鐵男 王 刃 榮文舟 譚 紅 劉學彥 李懷春 張雅明 董洪新
唐學貴 黃德鈴 金黑鷹 陳朝文 張虹璽 柯 瑋 華一敏 劉 斌 李天順 毛寬榮 李正興 王愛華
汪草原 秦兵芬
增補133名理事。
丁健華 尹淑慧 高 傑 楊金祿 黃鴻翔 應光耀 林 暉 王喜棟 馬 靜 關 靖 李會晨 肖洪華
鄒敏生 喬永法 李貴鑫 劉克生 楊 雲 楊柏霖 邵萬金 師丙帥 李又耕 丁建華 劉國軍 馬天星
張宇翔 閆國和 張志明 馬佩凱 安書卷 曹連中 楚延春 石獻民 李聲頌 程衛東 齊穎利 趙萬超
李純良 國新民 徐連生 時愛華 張鐵輝 張 揚 張會秋 劉哲樞 唐景國 李俊岩 王貴友 張 麗
張雲生 辛 革 鹿曉理 劉 偉 李明峰 郭曉原 關世春 韋 東 楊亞君 羅宏運 戴文戈 李曉東
李國華 劉紅英 李治焱 黃佳和 孟凡良 由鳳鳴 張 平 胥 劍 姚惠瓊 李靜君 高證華 王梅青
王延峰 劉美亞 賈慧玲 劉振江 曾 莉 張學明 李靈曉 楊海春 李佐松 李方奎 趙紅利 宗 鋒
王軍省 王和平 吳家娣 張 霓 王吉侯 聶 朔 林世瓊 楊 偉 黃 艷 史建鋼 許文山 朱曉軍
鄭偉琴 何 琳 李京向 孫繼偉 張國峰 王香琢 於曉軍 金立娟 肖遵福 張龍江 陳玉芝 劉鳳芝
楊圭岩 趙殿兵 栗 偉 孫建華 王振宜 王京義 周 勇 劉江濤 魏峰明 張 平 姜國丹 蘇 雲
彭德功 張微微 李國永 彭 程 董子啟 楊勇軍 肖 梅 代建華 廖治先 謝敏江 石訓義 陳貢明
馬額爾敦
2009 年10月在西安全國第十三次中醫肛腸大會上確定：
增補副秘書長5人：鄒振培 曾憲東 黃忠誠 屠世良 柯 瑋
增補常務理事37人：
安少雄 白克運 白曉剛 蔡而瑋 崔 龍 鄧高里 張 燚 丁建華 馮六泉 高貴雲 顧成義 郭修田 賈 莉
景建中 鞠應東 劉建平 劉行穩 魯明良 陸慶革 肖遵福 馬富明 毛 紅 榮 春 石訓義 屠世良 王紹臣
楊 巍 葉 玲 張蘇閩 張鐵輝 肖 梅 安書卷 勾振堂 宋紅旗 張志明 姚 建 馬額爾敦
新增補理事143人：
曹 斌 曹 波 曹 雷 曹志新 常 超 陳 波 陳繼貴 陳 雷 陳 偉 陳 瑤 戴春紅 鄧大鵬 鄧德昌
丁 峰 丁曙晴 董曉明 杜韋靜 馮群虎 付啟龍 高 原 耿桂飛 鞏躍生 顧 宇 郭茂華 郭守治 郭淑英
韓 傑 何美文 侯 廣 侯再義 胡世傑 黃國棟 黃 艷 黃 熠 黃媛華 黃志堅 賈小強 焦東林 李從榮
李 剛 李積良 李建國 李 民 李 敏 李曉東 李學勇 李召兵 廖治先 林會城 劉 晨 劉成偉 劉 丹
劉曉峰 劉玉峰 柳紅盼 盧立忠 魯明良 呂 軍 馬志康 茅慧慧 倪士昌 牛春安 裴立志 祁正勇 邱 克
邱勝民 任建平 任繡稼 任 毅 沙靜濤 沈文龍 孫建華 孫秀娟 孫余挺 譚 斌 唐斯文 唐迎春 汪 明
王 琛 王國安 王繼寧 王建平 王 麗 王世鵬 王天賦 王天嬙 王穎川 王 勇 王振誼 魏淑娥 吳乃桐
吳瑞芬 吳志勇 肖 梅 辛朝光 徐慧岩 徐欣強 閆曉鋒 陽 勇 楊樹濤 楊 偉 楊勇軍 姚瑜潔 要利強應曉江 於 鼎 於顯光 喻敬東 貟 健 原曉梅 張德彬 張 磊 張平生 張 威 張 偉 張穩存 張曉麗張毅傑 張永安 張永斌 張 有 張玉強 張振東 張振遠 趙 虹 趙 輝 趙文周 鄭 德 鍾繼發 周秀扣
周亞洲 李永奇 楊昌謀 楊 平 柳 玲 鄒振才 朱寶山 龐 晶 王志民 楊 平 趙興明 李金順 張金華
第三批全國肛腸專業知名專家31名:
陳惠華 陳金泉 程衛東 鄧高里 鞠應東 柯 瑋 李華山 李天順 李正興 梁勁軍 劉建平 劉仍海 劉行穩
陸慶革 彭作英 秦兵芬 任全保 孫化中 孫 昱 譚 紅 唐學貴 王愛華 王梅青 王紹臣 吳志勇 楊關根
俞寶典 張慶儒 張書信 趙 剛 鄒振明
肛腸分會在中華中醫藥學會領導下，學科發展迅速，在國內國際頗有知名度和影響力，國際交流頻繁，分會創辦的肛腸雜誌是國核心心期刊，分會理事由當初83人發展到今天620人。分會被中華中醫學會評為先進分會。
