科學定位
為貫徹“科教興粵”戰略，提高重點學科動物學水平，不斷增強學科的科技持續創新能力和科學技術儲備後勁，本研究所在深入開展基礎研究的前提下，進一步強化套用基礎研究和套用研究，明確樹立為國民經濟建設服務和培養高級科技人才的指導思想，發揮地處華南熱帶和面向南海的區域優勢；在40多年的科學研究基礎上以及先後取得世界銀行貸款資助、作為中山大學“211”工程重點建設的學科領域、教育部長江學者計畫“特聘教授”崗位設定學科領域等有利條件支撐下，依託生命科學的發展，加強生理學、生物化學、分子生物學、生態學、免疫學、信息科學等多學科的滲透，充分運用現代生物工程技術，進一步發展原有研究方向，繼續開拓新的研究領域，建設成為能從基因、分子、細胞、個體、群體五個層次開展研究、創新能力強、人員結構合理、科技水平高的研究所，緊密結合水產養殖生產中急需解決的重大問題開展研究，創建高新技術，造就高技術人才，成為廣東省以及華南地區水生經濟動物產業化持續發展的人才和技術培育基地。
研究方向
水生經濟動物研究所的主要研究方向為：水生經濟動物繁殖和生長發育的高新技術；水生經濟動物的營養需求和餌料配方；水生經濟動物的病害控制技術。
主要成果
研究所四年來（2008-2011年）圍繞水生經濟動物繁殖和生長發育的高新科學技術、水生經濟動物的營養需求和飼料配方、水生經濟動物的病害控制科學技術三個研究方向開展研究，共承擔科研項目110項，獲得科研經費5375.9萬元。
四年（2008-2011年）取得的研究成果主要表現為：1、發表科學論文197篇，其中SCI收錄論文140篇；2、申請發明專利15項，其中已獲授權9項；3、獲得教育部科學技術進步一等獎2項，廣東省科學技術進步一等獎2項，廣東省科學技術突出貢獻獎1項；4、20多項科學研究成果已經推廣套用，取得顯著經濟效益、社會效益和生態效益。
團隊建設
研究所已形成一支學科結構合理，老中青結合，以中青年為主的富有創新意識的研究隊伍，總人數為25人，其中院士1名，教授（其中研究員1名）10名，平均年齡為46.6歲；副教授5名，平均年齡為42.2歲，講師6名，平均年齡為35.5歲；他們當中獲博士學位18人，占86%。研究人員的學科背景涵蓋動物學、生理學、水生物學、海洋生物學、生態學、生物化學、免疫學、發育生物學、分子生物學和現代生物工程技術等方面，研究水平處於國內領先和國際先進水平。
人才培養
研究所已成為高級人才培養基地，四年來培養研究生358名；其中，已畢業碩士研究生85人，已畢業博士研究生74人；目前在讀的碩士研究生93人，在讀博士研究生106人。另外還培養博士後7人。畢業的研究生已成為廣東省和全國水生經濟動物教學和研究的專門人才和技術骨幹。
開放交流
研究所積極開展國內外學術交流，四年來共有30多人次參加國際學術會議並做學術報告，有50多人次參加全國性學術會議進行學術交流；
建立了研究所的管理運作機制和相關制度。研究所的日常行政事務實行統一管理，由研究所的管理機構負責。研究所的研究方向由研究所學術委員會確定後，由相應的研究室組成研究團隊開展研究工作。研究團隊成員由學術帶頭人負責召集，並組織安排具體的科研任務和學術活動。
研究所的大型儀器設備實行統一管理和共享，但分別安置在相關的研究室，由研究所所長具體負責管理和安排使用。
