科學定位
立足生物多樣性、全球變化、可持續發展等草地生態學研究的前沿和熱點，涵蓋三江源區主要草地生態類型（高寒草甸、高寒草原、高寒濕地）。服務國家巨觀決策（生態安全、食物安全）、促進區域和諧發展（可持續發展）、提高區域農牧民科學生產理念（示範）。充分考慮青藏高原草原生態學研究的現狀和存在的問題、青藏高原對氣候變化和人類活動的敏感性和系統的脆弱性，同時考慮到國家關於生態文明建設的新時期需求及區域發展的要求。制定具有前瞻性、可操作性和可考核性的學科布局，重點在三江源生態環境治理草地的演化過程監測、自然草地可持續利用技術、草地退化過程與發生機理、退化草地恢復措施技術，生態移民社區建設技術等方面開展研究。經過5年-10年的努力，建成集長期監測、基礎與套用研究為一體的綜合性高原生態學研究站，使青藏高原草地生態學的整體研究水平明顯提高，為三江源區乃至整個青藏高原的生態安全和食物安全及區域發展決策提供科學支撐，使得三江源綜合研究站成為我國高寒生態學研究的創新基地、草原生態學研究和草原生態系統管理的重要人才培養基地，新型高寒畜牧業技術孵化基地，國際合作與公眾教育的培訓基地。
研究目標
近期目標：
1，在平台建設上，通過系統的建設和發展，爭取5年內使三江源站進入國家級野外生態監測網路；
2，在生態系統對人類活動干擾和全球變化的回響研究方面，通過研究青藏高原主要草地生態系統對全球變化的影響及其反饋的過程和調控機理，尤其是水、碳通量和循環過程的研究。
3，在生物多樣性保護的原理和實踐方面，為了揭示三江源區瀕危動植物的致瀕機理和存活條件；分析系統壓力和隨機干擾對種群存活的影響；探討異質種群結構和動態及其與景觀結構和生境需求間的關係；建立異質種群模型，並進行種群生存力分析；闡明遺傳結構、社群結構、婚配製度或繁殖系統、種群空間結構和時空動態對種群存活的意義；進一步發展三江源區生物多樣性保護原理，提出保護對策；
中期目標：
1，在平台建設上，努力將三江源站建成國際上研究青藏高原的核心平台，成為高原生物學和生態系統生態學的人才培養基地，研究成果將成為青藏高原相關研究的主體，從而引領該學科的發展；同時，成為區域性產業結構調整的試驗、示範和推廣基地。
2，通過10－20年的長期監測和系統研究，將闡明三江源主要生態系統對全球變化和人類活動的回響和反饋機制，並對未來50－100年的可能變化情景進行預測；在此基礎上，為青藏高原生物多樣性的保護和資源綜合利用、社會經濟的中長期發展規劃提供理論依據。
長期目標：
在平台建設上，努力使三江源站成為國際上高原生物學和生態系統生態學的首選研究基地。為全球變化、生物多樣性保護和可持續發展等相關公約等方面的國家立場提供理論依據，特別是為國家水資源等生態安全提供理論依據。
