內設機構
（一）綜合處。（二）政策法規處。
（三）計畫財務處。
（四）科技處。
（五）漁船漁港處。
（六）資源環保處。
（七）養殖處。
（八）市場與加工處。
（九）遠洋漁業處（捕撈處、執法處）。
（十）國際合作處。
主要職責
中華人民共和國農業部漁業局（二）擬訂漁業發展戰略、政策、規劃、計畫並指導實施；起草有關法律、法規、規章並監督實施。
（三）指導漁業產業結構和布局調整；指導漁業標準化生產，組織實施養殖證制度；擬訂漁業有關標準和技術規範並組織實施。
（四）提出漁業科研、技術推廣項目建議，承擔重大科研、推廣項目的遴選及組織實施工作；指導漁業技術推廣體系改革與建設。
（五）組織水生動植物病害防控工作，監督管理水產養殖用獸藥及其它投入品的使用，指導水產健康養殖、建立養殖檔案，參與水產品質檢體系建設和管理。
（六）擬訂養護和合理開發利用漁業資源的政策、措施、規劃並組織實施；組織實施漁業捕撈許可制度；負責漁船、漁機、漁具、漁港、漁業航標、漁業船員、漁業電信的監督管理。
（七）負責漁業資源、水生生物濕地、水生野生動植物和水產種質資源的保護；負責水產苗種管理，組織水產新品種審定；指導水生生物保護區的建設和管理。
（八）負責漁業水域生態環境保護；組織和監督重大漁業污染事故的調查處理工作；組織重要涉漁工程環境影響評價和生態補償工作；指導漁業節能減排工作。
（九）指導水產品加工流通，參與品牌培育和市場體系建設，提出水產品國際貿易政策建議。
（十）負責漁業統計工作；負責漁業生產、水生動植物疫情、漁業災情等信息的收集分析，參與水產品供求信息、價格信息的收集分析工作。
（十一）組織開展國際漁業合作；監督執行國際漁業條約、協定；負責遠洋漁業管理工作。
（十二）指導“中國漁政”隊伍建設；承擔維護國家海洋和淡水管轄水域漁業權益的工作，協調處理重大漁業突發事件和涉外漁事糾紛，代表國家行使漁政漁港和漁船檢驗監督管理權。
（十三）編制漁業行業基本建設規劃，提出項目安排建議並組織實施；編制本行業財政專項規劃，提出部門預算和專項轉移支付安排建議並組織或指導實施。
（十四）指導漁業安全生產，負責漁業防災減災工作，提出漁業救災計畫及資金安排建議，指導漁業緊急救災和災後生產恢復。
（十五）指導歸口管理的事業單位和社團組織的業務工作。
更名
2008年10月23日，經國務院批准：農業部漁業局（中華人民共和國漁政漁港監督管理局）更名為農業部漁業局（中華人民共和國漁政局）；農業部黃渤海區漁政漁港監督管理局（中華人民共和國黃渤海區漁政漁港監督管理局）更名為農業部黃渤海區漁政局（中華人民共和國黃渤海區漁政局）；農業部東海區漁政漁港監督管理局（中華人民共和國東海區漁政漁港監督管理局）更名為農業部東海區漁政局（中華人民共和國東海區漁政局）；農業部南海區漁政漁港監督管理局（中華人民共和國南海區漁政漁港監督管理局）更名為農業部南海區漁政局（中華人民共和國南海區漁政局）。
更名目的是為了樹立大漁政觀念，簡化機構名稱，進一步推動漁政隊伍規範化建設，強化漁政管理職能。農業部辦公廳隨後印發“農業部漁業局（中國人民共和國漁政局）主要職能等有關規定”的通知中，除保留原有職能外，還調整強化了部分新的職能，加強了水生生物資源和漁業水域生態環境保護、維護國家漁業權益的職責。三個海區漁政局的職能也相應得到加強。在原單位名稱中減去“漁港監督管理”幾個字，絕不意味著減去這方面的職能，而恰恰是要統一、強化大漁政的觀念和職能。中國漁政本來就包括漁港監督、漁船檢驗的內容，代表國家行使漁政漁港和漁船檢驗監督管理權。2000年5月17日，經中央機構編制委員會辦公室批准，中國漁政指揮中心正式成立，農業部漁政局局長兼任中國漁政指揮中心主任，順應新國際海洋管理制度建立和國內漁業統一執法工作需要，專門設立的國家級漁業執法指揮協調機構。指揮中心的成立標誌著：由中國漁政指揮中心統一指導、三個海區漁政局和三個流域委員會組織協調，縣級以上地方漁政管理機構具體實施的漁政執法體系，得到進一步健全和完善。2014年1月20日，農業部辦公廳印發《關於我部漁業局更名及啟用新印章的通知》。《通知》指出，根據《中央編辦關於農業部有關職責和機構編制調整的通知》（中央編辦發〔2013〕132號）和《農業部關於機關有關司局加掛牌子及更名的通知》（農人發〔2013〕9號）要求，中華人民共和國農業部漁業局（中華人民共和國漁政局）更名為中華人民共和國農業部漁業漁政管理局。自2014年1月20日起，正式啟用“農業部漁業漁政管理局”名稱和印章，原“農業部漁業局”和“中華人民共和國漁政局”名稱和印章不再使用。
