辦學歷史
學院前身是新四軍游擊支隊隨營學校，1938年11月26日創建於河南省杞縣傅集，新四軍游擊支隊司令員兼政治委員彭雪楓將軍兼任校長。
1940年3月18日隨營學校擴建為抗日軍政大學第四分校， 彭雪楓繼續兼任校長。
1944年9月11日，彭雪楓在戰鬥中不幸犧牲。1945年3月24日，將抗日軍政大學第四分校命名為雪楓軍政大學，由新四軍第四師師長張愛萍兼任校長。
1946年4月，雪楓軍政大學、蘇中公學和華中野戰軍隨營幹部學校合併組成華中雪楓大學，由粟裕兼任校長。11月25日，由華中雪楓大學、山東軍區軍政學校、東江縱隊以及淮南隨營學校和山東軍區通信學校等5個單位統一改編為華東軍事政治大學，並在山東省莒南縣大店舉行了學校成立大會暨第一期開學典禮，中央軍委任命華東軍區副司令張雲逸兼任校長，余立金、曾生任副校長。
1949年7月，我軍勝利結束渡江戰役，寧、滬、杭等大城市迅速解放，為了加速我軍的幹部隊伍建設，中央軍委決定，將前華東軍事政治大學與三野軍政幹校合併，正式成立新的華東軍事政治大學，並任命陳毅元帥兼校長和政治委員，陳士榘任副校長，鍾期光任副政治委員。同年10月18日，在南京孝陵衛舉行第一期開學典禮，全校教職員工達3萬7千餘人。
1950年6月20日，毛主席為華東軍大題詞：“華東軍政大學日進有功，培養大批國防建設人才。”朱總司令員題詞：“努力學習軍事科學和革命理論，為建設近代化的強大國防軍而奮鬥。”
1951年1月15日，中央軍委決定以華東軍大主要部分改建為中國人民解放軍第三高級步兵學校，由余立金任校長兼政治委員，劉清明、高銳任副校長。5月2日，“三高”升格組建總高級步兵學校，主要擔負全軍步兵營、團職軍政指揮員培訓任務。
1953年1月7日，毛主席親自為“總高”題寫訓詞，為學院的發展指明了方向。
1959年2月18日，軍事學院留下的3個系與“總高”步兵學校合併，成立南京軍事學院，“總高”成為該院的辦學主體，主要擔負中級指揮軍官、參謀軍官和外軍留學生的培訓任務，廖漢生、王新亭、劉浩天、張震先後擔任學院院長，王平任政治委員。
1969年2月，學院撤銷。
1978年1月12日，在南京軍區軍政幹校基礎上，恢復組建成立南京高級步兵學校，直屬於中央軍委，主要培訓營、團職軍政幹部，中央軍委任命張榮森為校長，丁秋生為政委。
1981年1月1日，學院改稱南京高級陸軍學校，學院的收訓任務和編制體制也作了較大調整。
1986年6月9日，改稱為陸軍指揮學院，直屬於總參謀部，成為全軍唯一的一所陸軍中級指揮院校。
1992年1月30日，江澤民同志為學院親筆題詞，勉勵全院官兵：“學習運用毛澤東軍事思想，研究解決新時期軍隊建設和未來作戰問題。”。
1995年起，學院被總部確定為全軍重點建設院校。
1999年6月，更名為南京陸軍指揮學院。
2005年，學院被評為全軍學員思想政治教育先進院校。
2006年，學院被評為全軍教學優秀單位，被軍委批准為“2110工程”二期建設的整體條件重點建設院校。
中國人民解放軍南京陸軍指揮學院學院規模
學院位於江蘇省南京市，占地160萬平方米。院區教學設施、體育場館、文化娛樂中心和生活服務設施布局合理、配在齊全。院外還有戰術訓練場、野外駐訓和綜合訓練場。專業教學樓集戰術訓練模擬系統、契約戰術專修室、外軍研究專修室、作戰指揮專修室、人武指揮專修室、語音實驗室、研究生專修室、電化教學中心、室內模擬野戰指揮所為一體，與野外戰術駐訓點、綜合戰術訓練場、教學管理中心等現代化設施相配套、為教學與科研提供了良好的環境。學院主辦的《指揮學報》，面向全軍發行。圖書館設備先進，藏書30餘萬冊。1979年以來，共完成國家級和軍隊級科研規劃課題20多項；編寫全軍通用教材50多本；出版著作80多本；發表學術論文6000餘篇，有150多篇在國際、全國和全軍學術討論會上獲獎。多項教學科研成果獲國家級獎勵，其中，“合成軍隊指揮員戰術訓練模擬系統”獲全軍科技進步一等獎和全國科技進步二等獎。
專業設定：學院設有契約戰術、作戰指揮、軍隊政工、人武指揮、軍事訓練與作戰仿真、參謀業務等專業，形成了以軍事學學科門類為主體，軍事學科與政治學科、基礎理論與套用理論、指揮與技術套用理論相配套的具有我軍中級合成指揮院校特色的學科體系。 全院已有13個學科具有碩士學位授予權，4個學科具有博士學位授予權，其中契約戰術學、作戰指揮學、國防動員學被列為全軍重點建設學科。
1992年以來，學院共完成了國家和軍隊重點課題30餘項，出版專著近300本，編寫全軍通用教材百餘本，發表學術文章3000多篇，先後有100多項教學科研成果獲國家級、軍隊級和省部級獎。《偉大的軍事家周恩來》一書，由江主席題寫書名並作序，獲國家“五個一工程獎”；“分布互動式作戰指揮訓練模擬系統”獲國家科技進步二等獎、軍隊科技進步一等獎。該院1995年被確定為“九五”期間全軍重點建設院校。
辦校目的
學院是一所合成軍隊中級指揮院校，是全軍重點建設的院校之一。2006年，學院被軍委批准為“2110工程”二期建設的整體條件重點建設院校。主要擔負培訓陸軍合成軍隊師團職軍政指揮官，預備役部隊現役團職軍官，人武指揮軍官，大專及本科函授教育，軍事學碩士，博士研究生和外軍旅以下軍官。
師資力量
學院師資力量雄厚。學院有一支結構合理，水平較高的教學，科研隊伍。有一大批專業理論厚實、實踐經驗豐富，教學科研成果，顯著享譽全軍的老專家，老教授，有一批理論功底厚實，勇於開拓創新，年富力強的中年教官和一批思想敏銳，朝氣蓬勃的青年教官，其中享受政府特殊津貼者與優秀中青年專家近30人。
辦學規模
數十年來，學院的辦學條件有了明顯改善，環境優雅，設施齊全。學院占地面積156萬平方米，各類實驗室總面積7000多平方米，校舍總面積20多萬平方米。院外還有戰術場、靶場和開放教學基地，建有標準化的作戰實驗樓，專業教學樓，多功能標準化教室，語言實驗室，建成了集訓練模擬、電化教學中心、教學管理、文獻管理、辦公自動化為一體的“園區網”，開發研製了處於領先水平的訓練模擬系統等。還有圖書館，學術廳，體育館，大禮堂，游泳池，田徑場等教學，生活設施。近年來逐步加大投入，教學實驗設備和訓練場地建設呈現了嶄新的面貌。學院圖書館藏書50多萬冊，全館實行計算機流通管理。具有先進的視聽、縮微、雷射照排和電子閱覽等設備。1996年建成的校園網，目前已具有節點近3000個，有200多個節點可與長城網聯接，學院幹部人均一台微機。電化教學中心內設演播室、導控室、錄音室、編輯室、衛星播控室、視聽室，投影片製作室等，可以同時播出幾十套國內外電視節目。學院生活設施完善。國小、醫院、菜市、浴池等近在咫尺，燈光球場、健身室、足球場及卡拉OK室等健身娛樂設施隨時恭侯您的光臨。
校園建設
自誕生以來，學院產生了一大批傑出人才和享譽全軍的教學科研成果，引領了不同時期部隊的作戰訓練改革。學院師資力量雄厚，教學生活設施完備，教育信息資源豐富，已形成了設施配套齊全、功能先進完善、技術含量高的教學科研服務保障體系。
南京陸軍指揮學院從建校時，就堅持把環保作為校園建設的一個重要方面，下大力美化、淨化、綠化營院。他們研究制訂了《營院環境建設規劃》，對營院建設進行了整體設計。學院按照這個規劃建樓修路，使各種建築搭配恰當，整齊有序。他們在房前屋後路旁大力開展植樹栽花種草活動，5條主要幹道兩旁分別栽植了雪松、玉蘭、香樟、龍柏、櫻花等特色樹，還在路的兩側增架路燈，布設花壇，進行美化，實現了路路綠化有特色。近3年來，學院共栽特色樹12000多棵，植優質草坪3萬平方米，使營區的綠化覆蓋率達到了64%。學院還經常舉行“愛鳥周”、“與野生動物交朋友”等活動，使愛護野生動植物成了人人的自覺行動。
現任領導
中國人民解放軍陸軍指揮學院黨委常委、副政治委員兼學院紀委書記：曾勤少將
