注意問題
1.關於財政撥款。
（1）鑒於不同納稅主體性質的差異，需要區別不同納稅主體，如一般企業與非企業單位，進行分別管理。由於《新企業所得稅法》是以法人為標準確定納稅主體，因此其適用範圍除了一般法人企業外，還包括可能取得應稅收入的事業單位、社會團體、民辦非企業單位等法人單位。在上述納稅主體中，以事業單位為例，其主要職能是政府相關職能的一種延伸，它參與社會事務管理，履行管理和服務職能，宗旨是為社會提供服務，主要從事教育、科技、文化、衛生等活動，因此國家一般都會對事業單位予以經常性的財政補助，以保障事業單位履行相關職能。而作為以營利為目的的一般法人企業，所取得財政補助往往是個別的、短期的，取得財政補助的動機往往並非局限於公益性或非營利性，可能還具有一定的營利性，這樣一般法人企業更易出現騙取財政補助、不按規定用途使用財政補助及虛列財政補助的情形，因此有必要區分上述兩類納稅主體，特別應加強對一般法人企業不徵稅收入的確認管理。
（2）為防止地方不當減少中央收入，需要區分中央和地方不同級別的財政撥款。按目前分稅制改革要求，我國中央和地方政府按照事權劃分確定各自財政支出的範圍。而目前一方面由於我國預算管理不完善，地方事權和財權分配比例不合理；另一方面，地方政府出於當地經濟發展的需要，盲目、隨意甚至與企業方通謀進行財政撥款，或者將一般採購支出以財政撥款形式支付給企業，極易造成中央稅收收入的流失。因此必須加強對企業取得地方政府財政撥款不徵稅收入的管理。
針對上述問題，我國現行已有一些相關規定，比如，財政部、國家稅務總局1995年8月發布的《關於企業補貼收入徵稅等問題的通知》第一條規定：“企業取得國家財政性補貼和其他補貼收入，除國務院、財政部和國家稅務總局規定不計入損益者外，應一律併入實際收到該補貼收入年度的應納稅所得額。”此外，還有其他關於企業取得補貼收入征免稅政策的規定，主要針對特殊企業及特殊補貼收入。
國家稅務總局1999年4月發布的關於印發《事業單位、社會團體、民辦非企業單位企業所得稅徵收管理辦法》的通知第三條，對包括財政撥款在內的免徵企業所得稅的收入項目作了詳細規定。在第四條又詳細規定了徵稅機關確認財政撥款的條件，即須提供財政部門或上級撥款部門出具的撥款證明。
這些規定所規範的內容都是合理的，但不夠全面。筆者認為，在新《企業所得稅法》實施條例中對財政撥款應作如下規定：區分一般法人企業和事業單位、社會團體、民辦非企業單位企業，對前者取得財政撥款確認為不徵稅收入，應當較後者要求更嚴格的條件。比如必須經國家財稅主管部門批准，以加強對財政撥款課稅的控制，防止地方政府不當減少中央收入。而後者只須向徵稅機關提供財政部門或上級撥款部門出具的撥款證明即可。當然，有關地方政府財政撥款問題，尚需完善預算管理體制才能從根源上加以解決，《企業所得稅法》只能輔助性地解決相關問題。
2.關於行政事業性收費、政府性基金。
按照新《企業所得稅法》規定，“依法收取並納入財政管理”的行政事業性收費，就可以作為不徵稅收入的限定條件，這是不夠的。
我國現行規範行政事業性收費、政府性基金的法規包括：財政部、國家發改委發布的《行政事業性收費項目審批管理暫行辦法》、財政部發布的《關於加強政府性基金管理問題的通知》、《國務院關於加強預算外資金管理的決定》、《中共中央、國務院關於治理向企業亂收費、亂罰款和各種攤派等問題的決定》等。其中，關於行政事業性收費項目的審批管理許可權實行中央和省兩級審批制度，即中央單位申請的收費項目設立，由國務院財政部門會同計畫（物價）部門批准，重要的收費項目報請國務院批准。省級或省以下單位申請的收費項目設立，由省級政府財政部門會同計畫（物價）部門批准，重要收費項目報請省級政府批准。設立政府性基金項目應當報財政部審批，重要的政府性基金項目，由財政部報請國務院審批。
另外有關檔案還規定，經國務院及財政部批准設立和收取並納入財政預算管理或財政預算外資金專戶管理的政府性基金、資金、附加收入等，經國務院、省級政府（不包括計畫單列市）批准並納入財政預算管理或財政預算外資金專戶管理的行政事業性收費，為免企業所得稅項目。對這些免稅項目，納稅人必須提供行政事業性收費、政府性基金設立和收取的批准檔案、納入財政預算管理或財政預算外資金專戶管理的證明檔案、入庫憑證或繳款證明等。
這些規定有效地規範了行政事業性收費、政府性基金運行，但由於我國目前行政事業性收費管理，特別是地方行政事業性收費管理還不十分規範，比如各種收費項目設立的隨意性比較大，如果行政事業性收費僅符合“依法收取並納入財政管理”的條件，就可以作為不徵稅收入，一些不合規的行政事業性收費可能就會混水摸魚，逃掉稅收。因此，在新《企業所得稅法》實施條例中，應當將“依法收取並納入財政管理”中的“依法”這一限定條件具體化，明確規定：行政事業性收費，中央單位申請的項目依據重要性的不同，必須分別由國務院或財政部會同國家發展改革委審批；省級單位或省以下單位申請的項目依據重要性的不同，必須分別由省級人民政府或其財政、價格主管部門批准。政府性基金，依據重要性的不同，必須分別由國務院或財政部批准。同時規定，只有在納稅人提供相關項目設立和收取的批准檔案、證明檔案、入庫憑證或繳款證明等資料後，徵稅機關方可確認相關不徵稅收入。
3.關於國務院規定的其他不徵稅收入。
國務院規定的其他不徵稅收入，是一個授權性的規定，即授權國務院根據我國的實際情況，制定出除符合條件的財政撥款、行政事業性收費及政府性基金之外的其他不徵稅收入。
至於應該規定哪些是其他不徵稅收入，筆者認為，這些收入首先必須具備與上述財政撥款、行政事業性收費及政府性基金相同或類似的特性。其次，這些收入必須能為企業或其他企業所得稅納稅主體所取得。因此，可依據財政部《關於加強政府非稅收入管理的通知》的規定，根據具體特性，補充規定國有資源有償使用收入、國有資產有償使用收入、國有資本經營收益、彩票公益金、罰沒收入、以政府名義接受的捐贈收入、主管部門集中收入以及政府財政資金產生的利息收入等，全部或其中若干項為不徵稅收入。因為這些政府非稅收入，同樣可為事業單位、代行政府職能的社會團體及其他組織依法取得，同時也可以依據可稅性原理及相關財政理論而確定為不徵稅收入。
4.不徵稅收入用於支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除。用於支出所形成的資產，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。
與免稅收入區別
不徵稅收入與免稅收入區別:
不徵稅收入與 免稅收入屬於不同的概念，不徵稅收入不屬於 稅收優惠，而免稅收入屬於稅收優惠。不徵稅收入是由於從根源和性質上，不屬於營利性活動帶來的經濟利益，是專門從事特定目的的收入，這些收入從 企業所得稅原理上講應永久不列為徵稅範圍的收入範疇。如 政府預算撥款，依法收取並納入 財政管理的行政事業性收費、 政府性基金等。而免稅收入是納稅人 應稅收入的重要組成部分，只是國家為了實現某些經濟和社會目標，在特定時期或對特定項目取得的經濟利益給予的稅收優惠照顧，而在一定時期又有可能恢復徵稅的收入範圍。如 國債 利息收入，符合條件的 居民企業之間的 股息、 紅利收入，在中國境內設立機構、場所的 非居民企業從居民企業取得與該機構、場所有實際聯繫的股息、紅利收入，符合條件的非營利公益組織的收入等。
