歷史
清乾隆十年（1745年）至嘉慶十三年（1808年）規模乃具，並再置田地40餘畝，僧道修法師立碑記之。後因幾次興衰，至1949年僅存寺舍20餘間，直至1958年僧“慧圓法師”主持寺務工作，時有僧眾二十餘人。
1980年國家落實宗教政策，1993年正式對外開放。1995年建造多寶佛塔一座（塔高33M），由原中國佛教協會副會長“真禪大和尚”為塔題額。2000年慧圓法師發興重建大雄寶殿、天王殿、五佛殿、三洲感應殿等並及未完工的觀音寶殿。
2003年2月慧圓法師圓寂，為弘揚佛法，2004年10月上虞市宗教局、市佛教協會邀請“印瑞法師”主持藥師寺寺務工作，以完成慧圓法師重建、擴建藥師寺之心愿。
簡介
藥師寺原稱藥師庵，位於祝英台故里祝家莊的鳳停山麓。全寺占地19600平方米，有地藏殿、藥師殿、大壇、客房等60餘間屋宇和一座多寶塔。殿宇雖算不上宏偉，但環境清幽宜人，長廊石池，晨鐘暮鼓，相映生輝，移步換景，引人入勝。正殿前廊外有放生池，水質清洌的池裡，藍天白雲綠蔭伴遊魚暢其樂。寺西北側有羅漢長廊，長達660米，有神態各異的羅漢500尊，宛如一條長臂把藥師寺挽抱起來。藥師寺的鼓堪稱浙江第一鼓，以槌擊鼓，聲如雷鳴，與那口重達2噸大鐘所發生的宏亮之聲疊加在一起，和諧動人，震盪在整個鳳停山、玉水河畔，使人振奮，又添幾分肅然。多寶塔建於1997年，全塔7層，塔身外牆嵌有18尊石雕彌勒佛像，豐腴便腹，笑容可掬，惟妙惟肖。塔底層呈帆船狀，表達信士信女踏上渡船尋覓仙境佛門的願望。拾級登塔，每層內牆四周均刻有《大乘妙法蓮華經》，多寶塔名即源自此經的一句經文。登上塔頂層，可見一尊來自緬甸，用漢白玉雕刻而成的釋迦牟尼像高居祭壇之上。倚窗眺望，可見遠近群山層巒疊嶂，祝家莊、上棉廠樓宇鱗次櫛比，玉水河、百嶺公路蜿蜒逶迤，英台故里的勝景盡在眼底。
到了藥師寺，多寶塔是一定要上的，它也是藥師寺的一個主景。藥師寺每一處庵堂，眾佛像終年被籠罩在裊裊香菸之中。在懸有“婆羅樹林”的大殿里，有一尊用純銅製成的如來佛臥像，還有120餘幅全堂水陸畫像、全套房山石經以及華嚴、欏嚴、法華、大乘等眾多佛教經典。
寺南有“祗園精舍”牌坊，原是藥師寺的正南門，現已停用，但仍是一處完美古蹟。
藥師寺還有美麗的傳說：說晉代上虞三仙六奇人之一的葛洪一次漫遊蘭芎山，遇一樵夫因喝了毒蛇嬉戲過的坑水而腹內絞痛，葛仙人正欲上前相救，卻見樵夫自腰間取出在端午節用雄黃薰蒸過的大蒜瓣嚼著，不一會照常擔柴下山。自認精通醫術的葛洪在大慚之下，發狠扔掉了背上的草藥簍。於是，一半草藥掉在蘭芎山上，另一半落在了藥師寺里。說也稀奇，這些草藥在此梵音悠悠、香菸繚繞的庵里也真長得特別快。住持說：“人們總認為草藥多生長在高山陰谷，知道藥師寺里多草藥的人並不多。”
至今，藥師寺香客遊人常年不絕，每逢節日，連外地餘姚、慈谿、上海、杭州及至香港、台灣的香客也紛至沓來，進香聚會。藥師寺成了上虞市一處重要的佛文化聖地。
