機構宗旨
中心是國內首家完全由政府主導，完全按照國際GCP規範建設，具備醫藥臨床研究前沿綜合優勢，符合國際規範和技術標準的創新醫藥臨床研究核心機構和資源服務公共平台。
上海醫藥臨床研究中心將努力向“國家醫藥臨床研究中心”邁進，成為該領域國家級的科研服務中樞機構，成為我國臨床研究國際化發展的生力軍。
發展目標
中心的發展戰略可以概括為“三個面向”，即：面向國際標準，全面提升本土水平；面向國家戰略，積極參與自主創新；面向市場需求，大力推進產業發展。
因此，中心的發展戰略目標定位於成為：
1. 中國藥物臨床研究國際化的先行者。接軌國際醫藥市場，積極參與國際新藥研發體系，研究數據和成果被國際認可，成為中國藥物走出國門的通道；促進國際間臨床研究的交流與合作，參與和組織國際多中心臨床實驗。
2. 臨床研究國家戰略的實踐者。致力於提高我國臨床研究在國際規範和技術標準等方面的綜合能力，通過銜接基礎研究和臨床實踐，迅速打通新醫藥產品臨床研究這一關鍵環節；逐步提升統籌及整合國內臨床研究資源的能力，形成臨床研究資源管理和服務網路體系，積極爭取承擔並實施國家“重大新藥創製”科技專項中的相關內容；改善和提高臨床機構開展研究的資源條件和技術能力，提高臨床實踐和基礎研究的結合度。
3. 生命健康服務產業的推進者。通過中心公共技術服務平台功能的發揮，集聚一批國內外具有較高影響力和知名度的研發機構、製藥企業和相關服務性機構，催生圍繞臨床研究的高端服務產業形成，提高生命健康服務產業對上海乃至全國的經濟貢獻度，輻射帶動該領域相關產業的發展。
4. 亞洲一流醫療中心城市的建設者。致力於發揮中心在臨床研究領域的組織、協調、管理和服務能力，通過優勢集中、協作互補、資源整合的原則，充分利用本地區的人才、設備和技術資源優勢，率先在臨床診療的分析、檢測、評估等環節建設國際水平的資源、技術和服務綜合平台，推進建設亞洲一流醫療中心城市的建設。
建設原則
國際化規範：面向生物醫藥研發領域的全球化發展趨勢，強化新藥臨床研究領域的國際化規範和技術標準。
本土化操作：體制創新，機制最佳化，充分結合我國政府主導，臨床醫療資源豐富等特色，發揮資源優勢，迅速形成特色。
專業化服務：建設一流的專業化管理和技術團隊，專業化技術服務流程，專業化資源調控網路和專業化研發服務平台，接軌國際技術標準和運作模式。
市場化運作：參與市場公平競爭，通過競爭建設服務能力，通過市場化服務機制獲得中心未來可持續發展動力。
管理機制
中心的功能建設將採用事業/企業雙軌制運作框架，與平行設立的功能性公司“上海醫藥臨床研究中心有限公司”共同推進。中心為非盈利性獨立法人事業單位，實行理事會領導下的主任負責制；公司為盈利性獨立法人企業單位，實行董事會領導下的總經理負責制。
中心主要職責是對接科技部、衛生部，以及上海市相關部委公共服務平台建設要求，積極打造“一基地、六中心”的功能建設，在中心理事會領導下開展工作。
中心理事會主要職責是制定和修改中心章程，審議和批准中心發展戰略規劃、審議批准中心主任任期目標、年度工作報告和工作計畫、審議其他重大事項等。
