新的數理信息學院學科門類橫跨五個一級學科，有七個系和三個教育中心：基礎數學系、計算數學系、套用數學系、物理系、計算機科學與技術系、電子信息系、教育技術系和電教中心、計算中心、實驗中心。有六個研究所或中心：數學科學研究所、計算機套用技術研究所、信息技術開發中心、物理研究中心、套用物理研究所、物理教育研究所。現有兩個上海市教委的重點學科和兩個重點項目。上海市教委的上海高校計算科學E-研究院也設在該學院。已為國家培養了15000餘名畢業生。
學院設有一個博士點：計算數學；十個碩士點：基礎數學、套用數學、計算數學、機率與統計、理論物理、計算機套用技術、計算機軟體與理論、通信與信息系統、教育技術學、課程與教學論（數學、物理）；七個本科專業：數學與套用數學（師範、非師範）、信息與計算科學（非師範）、統計學（非師範）、物理教育（師範、非師範）、教育技術（師範、非師範）、計算機科學與技術（師範、非師範）、通信工程（非師範）等專業。
學院還設有八個夜大學專業：教育技術學（計算機影象處理5年本科）、教育技術學（計算機影象處理3年專升本）、計算機科學與技術（3年專升本）、電子商務（3年專科）、計算機網路（4年專科）、計算機及其套用（4年專科）、和計算機科學與技術（辦公自動化3年專科）等。九個大專自考專業：會計學（專科、專升本）、金融學（專科）、對外貿易（專科、專升本）、計算機信息管理（專科、專升本）、計算機及其套用（專科）、計算機網路（本科）、電子商務（本科、專科）、機關管理及辦公自動化（專科）等專業。
學院現有教職工210餘名，其中教授20名（其中博士生導師8名），副教授（含副研究員）53名，具有博士和碩士學位的教師已占全體教師的58 %。辦學規模逐年擴大，在校本專科學生已逾三千人，研究生300多人。學院對師範生和非師範生的教育並重，正在將傳統的理工類學科向信息學科拓展，同時通過教學資源最佳化的配置，提高了教育質量和辦學效益，培養了更多更好的複合型人才。
學院堅持教學為中心，科研為先導，不斷提高學科建設水平。先後承擔了30餘項國家自然科學基金項目和50餘項省部級項目，以及受企事業單位委託的科研項目有100多項；近幾年來科研經費達到1500多萬元，在國內外學術刊物上發表論文1100多篇，公開出版專著16部，編寫教材50餘部。截止2003年底，已獲國家、省部（市）級科研成果獎20多項，有300餘篇論文被SCI、EI、ISTP收錄，多次主持召開了全國和國際學術會議，與美國、日本、澳大利亞、義大利、德國、加拿大、巴西、香港等國家和地區建立了合作交流關係，還聘請了一批國內外著名的學者擔任該院名譽教授或兼職教授。從1991年起，連續多次獲得美國和全國大學生數學模型競賽、全國電子設計競賽的一、二、三等獎。2001年榮獲全國“挑戰杯”全國大學生課外學術科技作品競賽一等獎。2002、2003年榮獲國際大學生程式設計競賽銅、銀牌獎。
學院中青年骨幹教師中，多人獲得上海市曙光基金和啟明星基金項目的資助，十幾位青年教師被評為上海市和學校優秀青年教師，其中一人榮獲全國“青年教師獎”。
