歷史沿革
上海市農業科學院1959年7月，上海市農業試驗站、上海市畜牧獸醫試驗站、上海市乳牛科學研究所和上海市農業機械化研究所合併，建立上海市農業科學研究所。
1960年5月，擴建為上海市農業科學院。
2001年11月，獲批設立博士後科研工作站。
2005年8月，農科院與上海海洋大學（原上海水產大學）組建上海水產大學農業研究院，次年開始招生碩士研究生。
2012年5月，農科院與上海交通大學合作建立“上海交通大學農科教合作人才培養基地”揭牌 。
科研條件
人員編制
截至2014年，農科院共有在職職工836名，其中專業技術人員592名，國家及地方領軍人才16名，高級專業技術職務科技人員240名（研究員103名），碩、博士453名（博士197名），享受國務院特殊津貼專家71名 。
科研部門
截至2014年，農科院下設上海市農業科學院作物育種栽培研究所、上海市農業科學院林木果樹研究所、上海市農業科學院設施園藝研究所、上海市農業科學院食用菌研究所、上海市農業科學院畜牧獸醫研究所、上海市農業科學院生態環境保護研究所、上海市農業科學院農業科技信息研究所（數字農業工程與技術研究中心）、上海市農業科學院生物技術研究所、上海市農業科學院農產品質量標準與檢測技術研究所、上海市農業生物基因中心等10個研究機構， 1個綜合服務中心和1個綜合試驗站。擁有17個國家級和部級科技創新平台和成果轉化平台，8個市級科技平台 。
農業部植物新品種測試（上海）分中心國家級和部級科技創新平台和成果轉化平台：農業部轉基因植物環境安全監督檢驗測試中心（上海）、中國微生物菌種保藏管理委員會農業微生物中心上海食用菌分中心、農業部食用菌產品質量監督檢驗測試中心（上海）、家蔬菜改良（上海）分中心、國家雙低油菜原原種擴繁基地、農業部植物新品種測試（上海）分中心等。
市級科技平台：上海市食用菌工程技術研究中心、上海市農業高新技術孵化園、上海市農業遺傳育種重點實驗室、上海市設施園藝技術重點實驗室、上海市農業環境質量檢測站等 。
學術資源
上海市農業科學院圖書館創辦於1959年，前身為“上海農業科學研究所資料室”，1960年改名“上海市農業科學院資料室”，70年代升格為圖書館。1992年12月，出版“中文期刊館藏目錄”；2000年，建設“館藏期刊資料庫”。
截至2014年，館藏各類中外書刊30餘萬冊。上海圖書館在農科院圖書館建立“通還點”，掛牌為“上海中心圖書館農科院分館” 。
科研成就
科研成果
據2018年1月研究所官網資料顯示，農科院取得各類科技成果1340餘項，獲部、市級以上科技獎勵成果349項，其中，國家級科技獎勵23項，部、市級科技進步一等獎28項；獲得專利和植物新品種權、通過審（認）定品種670餘件，其中通過國家審（認）定品種45件;發表論文4770篇，出版專著和編著220餘部 。
學術刊物
農科院編輯出版了《上海農業學報》、《食用菌學報》和《食用菌》等7種學術類、技術類刊物 。
《上海農業科技》
奉浦院區《上海農業科技》創刊於1971年，雙月刊，雙月5號發行。
期刊上海市農業委員會主管，上海市農學會、上海市農業科學院主辦，上海市農業科學院農業科技信息研究所承辦，國內外公開發行的綜合性、以套用技術為主的農業科技期刊。
期刊為國內外公開發行的農業科技期刊，已被《中國學術期刊（光碟版）》、《中文科技期刊資料庫》、《萬方數據－數位化期刊群》三大資料庫納入收錄 。
《上海農業學報》
《上海農業學報》是上海市農業科學院和上海市農學會主辦的學術期刊（季刊、公開發行），1985年創刊，主要刊載農業各學科偏重套用或與套用聯繫較緊密的未曾發表過的學術論文、研究報告、科研簡報以及專題綜述。
《上海農業學報》是全國中文核心期刊、中國科技核心期刊和中國農業核心期刊。是國家科技部中國科技信息研究所的中國科技論文統計源刊和科技部西南科技文獻信息中心的中文文獻源刊，被中國科學技術信息研究所萬方數據資源系統（ChinaInfo）數位化期刊群、科技部西南信息中心維普信息資源系統及北京清華大學《中國學術期刊（光碟版）》全文收錄。
據中國學術期刊（光碟版）電子雜誌社文獻檢索分析中心《中國學術期刊綜合引證年度報告（2007）》，《上海農業學報》的影響因子為0.572，他引率0.91，被引半衰期5.7。《上海農業學報》也是聯合國糧農組織農業科技文獻中心(AGRIS)和國際農業與生物學中心（CABI）文獻源刊。約68%論文題目被《Agrindex》選錄，約80%論文摘要被《CABI》選錄，還有一部分被《SCI》選錄 。
《上海蔬菜》
莊行綜合試驗站《上海蔬菜》（雙月刊）是上海蔬菜經濟研究會和上海市農業科學院共同主辦的科技專業性期刊，創刊於1987年1月 ，雙月15日國內外公開發行。
期刊為“中國學術期刊（光碟版）”全文收錄期刊、《中文科技期刊資料庫》收錄期刊、《萬方數據—數位化期刊群》收錄期刊，全國農業領域職稱評定認定期刊 。
《食用菌》
《食用菌》創刊於1979年，雙月刊，單月23號發行，由上海農科院主辦，是一份以套用技術為主的專業性技術期刊。
期刊為全國中文類核心期刊、“中國期刊網”、“中國學術期刊（光碟版）”全文收錄期刊“中國學術期刊綜合評價資料庫”來源期刊；《中文科技期刊資料庫》收錄期刊；《萬方數據—數位化期刊群》收錄期刊。
《食用菌》雜誌被收錄進《中國知識資源總庫.科技精品庫》（8000份期刊遴選出500份期刊之一） 。
人才培養
2001年11月，農科院博士後科研工作站獲批成立，截至2017年培養博士後30人。
2005年8月，農科院與上海海洋大學（原上海水產大學）組建上海水產大學農業研究院，首批聘任17名兼職教師，於2006年開始招生碩士研究生。截至2013年，共招收碩士研究生7屆128人，畢業學生5屆共61人，在院實習的2011、2012級學生49名。
2012年，農科院與上海交通大學合作建立“上海交通大學農科教合作人才培養基地”，與南京農業大學、華中農業大學、揚州大學等高校也建有長期合作培養研究生關係 。
文化傳統
上海市農業科學院農科院院徽主體由三片段預告瓣及其根莖組成。
三片段預告瓣為紅色、藍色、綠色，分別代表熱情、科技、農業。
根莖為變形的S，為“SHANGHAI”首字母，象徵著農科院紮根於地方，“S”與右側的“AAS”組成了農科院的英文簡稱“SAAS”。
現任領導
黨委書記、院長：蔡友銘
黨委副書記、紀委書記：徐偉林
副院長：毛祥東、許復新
副院長、黨委委員：譚琦
