主要機構
總隊內設辦公室（黨辦）、組織人事部（團總支）、財務部、法規事務部、指揮室、案件審理部、裝備和信息管理部、信訪辦公室、紀檢監察室等九個職能科室；下設樞紐、市區、公路道口、機動聯合支隊，共分轄十七個直屬支隊。
全市共有十七個行政區（縣），交通行政執法實行市、區二級管理。總隊對黃浦、靜安、徐匯、普陀、長寧、閘北、虹口和楊浦八個中心城區實行一級管理，對浦東新區、閔行區、寶山區、嘉定區、金山區、松江區、奉賢區、青浦區和崇明縣九個遠郊區（縣）實行二級管理，分別設立城市交通行政執法大隊（浦東新區為交通運政稽查大隊），屬獨立法人，行政關係隸屬各區縣建交委（交通局）管理。總隊對區縣執法大隊進行業務指導。
主要職責
1、貫徹執行國家和本市有關交通運輸行政執法的方針、政策和法律、法規、規章。
2、負責本市道路運輸監督檢查工作，並依法對有關違法案件實施查處。
3、負責本市公共汽車和電車客運監督檢查工作，並依法對有關違法案件實施查處。
4、負責本市出租汽車客運監督檢查工作，並依法對有關違法案件實施查處。
5、根據上海市交通運輸和港口管理局的委託，對軌道交通監督檢查工作中的違法案件實施查處。
6、負責設定和管理市境公路道口交通運輸行政檢查站，按有關規定實施交通運輸行政稽查；對區（縣）交通運輸行政執法工作進行業務指導。
7、承辦上海市交通運輸和港口管理局交辦的其他事項。
