三村元親的父親家親，以毛利氏為後盾，將備中國幾近全域及備前國一部分納入勢力範圍，並謀求將勢力擴展到備前、美作國。永祿9年（1566年），宇喜多直家因正面攻擊無法取勝，而派人以鐵炮將其暗殺。
元親繼承家督後，向宇喜多氏展開復仇，率領約2萬士兵攻進備前國，但卻被僅有5千士兵的宇喜多軍所大敗（明禪寺之戰）。此役讓在備中享有威名的三村氏出現衰退，在毛利氏的援助下，元親總算止住頹勢。
之後，天正2年（1574年）、因為毛利氏和有不共戴天之仇的宇喜多直家結盟，元親不顧叔父三村親成、竹井氏等一部分重臣的反對，決心勾結織田信長，反叛毛利氏。此外，也在同年支援受到宇喜多直家叛亂之苦的浦上宗景。
相對於認為這是毛利家中大事而進言討伐三村氏的小早川隆景，吉川元春（本身也反對毛利氏和宇喜多氏結盟）進言應直接和元親見面，勸說他回心轉意以避免用兵。可是，負責山陰道的元春進言不被接受，而採用負責山陽道的隆景意見（備中國在山陽道）。
毛利軍難以攻下在元親手中要塞化的本城備中松山城，於是採取先將周圍支城依序攻下的作戰方式。在支城紛紛陷落後，毛利軍包圍備中松山城進行持久戰。在寡不敵眾的情形下，城池終於淪陷。元親聽從家臣意見，和妻子 、家臣一起逃出，但在途中受了重傷，於是派出使者向毛利軍提出切腹的請求。元親在毛利家中舊識粟屋元方的照看下，留下辭世詩數首在松連寺切腹自殺。以下是其中一首：
“人といふ 名をかる程や 末の露 きえてぞかへる もとの雫に”
（人，不過是借用名字的軀體；我的生命如同消失的露水，回歸到原本的水滴。）
元親是個精通詩歌等雅致學問的文化人，和細川藤孝也有深交。據說在元親困守備中松山城時，藤孝曾送去《八雲集》；元親自殺之際，也贈與藤孝一首詩歌。之後，元親之子勝法師丸被捕，雖然懇求饒命，但小早川隆景擔心他的聰明伶俐會在將來造成危害，還是將其殺害。至此，戰國大名三村氏的血脈完全斷絕，元親的叔父親成等旁支以他國家臣的身分延續下去。
元親之墓位在源樹寺及賴久寺（都在岡山縣高粱市內）等數個地方。
