背景
中方代表陳錄(前排右二)在恰克圖會議上與俄方及蒙方代表合影 1912年11月起，在沙俄政府的壓力和日、法、英、德等國的“調停”下，中俄兩國開始就蒙古問題舉行談判。由於沙俄政府態度蠻橫，提出種種無理要求，談判曾一度中斷。
1913年9月，中俄兩國在北京就蒙古問題重開談判，於11月5日簽訂了《中俄聲明檔案》。在《聲明》中，袁世凱賣國政府承認外蒙古“自治”，聲明不干涉外蒙“內政”，不在外蒙駐軍、移民和派置文武官員。
在中俄互換的照會中，還規定以後“凡關於外蒙古的政治、土地交涉事宜，中國允許和俄國政府協商，外蒙古亦得參與其事”，實際上承認了沙俄對外蒙古的控制。俄國則承認了中國對外蒙古有名無實的宗主權。
過程
根據《中俄聲明檔案》，於1914年9月8日在恰克圖舉行了中俄蒙談判。在會議上，俄國代表名為“調停”，實則對中國北京政府代表進行刁難要挾。
經過九個多月談判，於1915年6月簽訂了《中俄蒙協約》（亦稱《恰克圖協約》）。該協約實際上是《中俄聲明檔案》的進一步具體化，規定了中國在外蒙古行使宗主權的一些表面性條款，中國、俄國承認外蒙古“自治”，哲布尊丹巴取消“大皇帝”稱號及“共戴”年號，由中華民國大總統冊封，採用民國年曆。北京政府則承認沙俄在外蒙古取得的各種特權，事實上承認了沙俄對外蒙古的殖民統治。
內容
外蒙承認中俄聲明檔案及另件，承認中國的宗主權；
中俄承認外蒙自治，不在外蒙駐軍及辦理殖民；
外蒙仍為中國領土的一部分，博克多哲布尊丹巴呼圖克圖汗名號受中華民國大總統冊封，外蒙公文使用民國年曆，兼用蒙古乾支紀年；
外蒙有權辦理一切內政及與各國訂立工商條約，但無權訂立政治與土地關係的國際條約；
中國商民運貨入外蒙不納關稅，但須按當地規定交納各項貨捐；
中蒙、中俄人民間發生訴訟，由中蒙、中俄雙方會同審理；
《俄蒙通商章程》繼續有效。
《恰克圖協約》在形式上取消了外蒙的“獨立”，代之以“自治”，但外蒙仍有權與外國締結有關工商條約，俄蒙商約依然有效。
後果
《恰克圖協約》簽定當天，袁世凱宣布冊封哲布尊丹巴呼圖克圖汗，所有外蒙王公喇嘛的爵職名號一仍其舊，赦免所有參加庫倫獨立之人。
1915年6月9日，庫倫活佛致電北京政府取消“獨立”及國號年號，北京政府於庫倫設辦事大員公署，任命都護使，於恰克圖、科布多、烏里雅蘇台設佐理專員公署，任命佐理員。中國對外蒙恢復了名義上的治權，喧囂一時的外蒙問題至此暫時告一段落。
沙俄在策動外蒙古“獨立”的同時，還派軍隊開入外蒙古西北部的唐努烏梁海地區，強行霸占了我國十七萬平方公里的領土。1915年恰克圖會議時，北京政府代表提出了唐努烏梁海問題，沙俄代表竟拒絕討論。沙俄侵占唐努烏梁海地區，歷屆中國政府均未予承認，亦從未聲明放棄對這一地區的主權。
在《中俄蒙協約》簽訂後，沙俄侵吞內蒙古的野心仍然不死，不斷指使外蒙叛軍進行武裝騷擾。沙俄政府利用中國北京政府與它互換照會時所發表的對於叛逃外蒙參與庫倫“獨立”的內蒙人員，允許他們返回內蒙原籍，不予治罪的聲明，於1915年冬派遣巴布扎布率領叛匪數千人，以返旗名義竄入內蒙，大肆騷擾搶掠。當北京政府令其解散匪眾，停止騷擾時，巴布扎布竟進行武力抗拒。北京政府遂令多倫、林西一帶駐軍進行圍剿。在政府軍的沉重打擊下，巴布扎布於同年11月中旬率匪眾逃到外蒙境內的游格吉廟。多倫鎮守使蕭良臣率部跟蹤追擊，於11月16日進占堪布廟（距游格吉廟百餘公里），偵知巴布扎布準備進行反擊。
終結
1917年，俄國十月革命推翻了沙皇的統治，外蒙傀儡集團失去了靠山。在這種形勢下，外蒙古“自治”政府的王公大臣，於1919年11月聯合上書民國政府，“情願取消自治”，宣布與沙俄所訂的條約、協定“概無效力”。1920年1月，呼倫貝爾副都統勝福亦要求撤銷“特別區域”，廢除與沙俄政府訂立的“協定”與各種“契約”。沙俄妄圖侵占我國蒙古地區的陰謀終以失敗而告終。
