現代微生物生態學研究的內容包括：①研究微生物生態學所用的傳統和現代分子生物學方法；②在正常自然環境中的微生物種類、分布及其隨著不同的環境條件變化而發生的變化規律；③在極端自然環境中的微生物種類和它們所起的作用，在極端環境中微生物的生命機理；④在自然界中微生物之間的相互關係，微生物與動植物之間的相互關係，這些相互關係對自然界的影響和環境因素對這些相互關係的影響；⑤在正常自然環境中，微生物代謝活動對自然界的影響，環境條件的變化對這些代謝活動的影響；⑥污染環境中的微生物學
內容簡介
本書在整理、精選了編者的科研工作和其他有關方面的資料的基礎上編寫而成。全書共分為八章，其核心內容包括微生物生態學基本原理，微生物在自然環境、極端環境的分布和作用，微生物在地球化學循環、環保中的作用，微生物分子生態學，微生物生態學的各種研究方法。本書內容豐富而精練，可作為農林、畜牧、環境等領域碩士研究生方向必修課和博士研究生選修課的參考書目，還可以作為從事微生物生態學研究人員的參考用書。
核心問題
誰在哪裡？——發現新的微生物並對其分類
有哪些種類，各有多少？——多樣性，群落構成
某一類群的細胞在乾什麼？——功能
種群的大小和功能如何被調控？——動力學，相互作用，信號傳遞
什麼使得這個種群如此成功？——種群遺傳學，進化
由於環境中只有很小比例的微生物能夠在培養基中分離，目前分子生物學方法被普遍採用，即分子生態學。
隨著衛星遙感技術的發展，人造衛星照片可以幫助監測全球性的微生物發展變化，提供更準確的信息，如水華的產生。
