劇情
莫丁將軍妄圖建立世界新秩序的反叛業已成為歷史，和平與秩序開始重歸世界。雖然東山再起的莫丁勢力開始策劃新一場政變，但已洞察跡象的政府軍也已準備好了新一次的對反叛者的打擊。
在鎮壓莫丁反叛中立下汗馬功勞的“游隼”隊員馬可和塔爾瑪在退役申請被駁回後被繼續任命帶領隊伍作戰。因為莫丁雖然已被他的追隨者們認為失蹤，但這些追隨者們依然潛藏在世界各個角落，而馬可和塔爾瑪的能力和經驗是對付他們的有效利器，通過對反叛軍的戰鬥，二人發現了莫丁和這個新的征服世界的邪惡計畫的千絲萬縷的聯繫。
另一方面，隸屬政府情報機關的“麻雀”部隊在游隼對莫丁的追擊的同時也遭遇一系列奇怪事件：神秘消失的家畜、政府官員的失蹤，還有反常的巨大生物。諸多事件表明了一個可怕的事實：莫丁並不是唯一值得提防的對象。最後發現：曾在前一次莫丁叛亂中出現的外星人回來了！在共同的敵人面前，政府軍和莫丁反亂軍組成了反抗外星人的聯盟。
流程
遊戲方式仍然繼承自之前的合金彈頭系列作品，但首次出現了分支路線的設定：除去最後一關，前四關均可以有多種不同路線可供選擇，每條路線的場景和敵人均不同，但最後面對的BOSS是一樣的。遊戲共有五關，但最後一關路線特別長，因此總體流程長度依然和之前幾代相差無幾。
除去傳統的動作射擊版面，遊戲還增加了水下版面、橫版和縱版飛行射擊版面，此時的遊戲方式更接近飛行射擊遊戲而不是動作射擊。
首次出現的縱版飛行射擊關卡新人物形態
屍:變異形態之一，在第二關被喪屍所拋出的毒液攻擊後變成，和木乃伊一樣行動遲緩只能使用手槍且跳越力也會大幅下降。但這個形態下角色不怕普通敵人的攻擊（喪屍、雪人除外），而副武器也會變成威力巨大的橫掃角色面前90度範圍的噴血攻擊。（模仿生化危機的喪屍）
潛水裝：水中場景形態，副武器變成投擲距離較普通手榴彈近的水下炸彈。
飛行背包：最後一關開頭的橫版射擊版面中不搭乘載具時的形態，使用平常狀態下的主武器，副武器和變胖時的追蹤彈C相同。
太空服：縱版飛行射擊版面中不搭乘載具時的形態，副武器為向上飛出的炸彈，與正統的飛行射擊遊戲不同的是，炸彈並沒有大範圍攻擊和消去畫面中敵人子彈的功能。
新武器
雷暴雲Thunder Clound[CLOUND]：玩家操縱的角色上方將會有一小片烏雲跟隨並索敵，並隨著主角手槍的攻擊發出閃電攻擊敵人，遭受攻擊的敵人將會有硬直狀態，初始彈藥30發。
機動衛星Mobile Satellite/Torpedo Satellite [MOBS]：會像雷暴雲一樣跟隨玩家並隨主角手槍的攻擊而發射光束攻擊敵人，初始彈藥200發。
新載具
Slug mariner：裝備火神炮和魚雷的小型潛艇，但火神炮的子彈會因為水中環境的關係呈拋物線狀彈道。
Elephant Slug：裝備火神炮的大象，無裝甲，若得到“電池”或“火辣椒”的強化，副武器將變成從鼻子裡射出的雷射或火焰。
新載具之一的Elephant Slugostrich Slug：裝備火神炮的鴕鳥，類似以前的駱駝但有更強的跳躍力，缺點是左右轉身時有一段不能攻擊的硬直時間，此時若遭到攻擊會死亡。
Drill Slug：這個載具不能跳躍，但擁有駕駛艙抬升的能力。主武器為火神炮而副武器為範圍較短但威力巨大的鑽頭，還有移動時前方的鑽頭會自動啟動鑿穿敵人。
Slug Copter：直升機，繼2代的飛機之後又一種空中單位。主武器為類似駱駝的更大威力的機炮；副武器為向前下方投擲的炸彈。
Astro Slug：反叛軍研製的小型單人宇宙戰鬥艇，初始武器只有飛彈和射速低威力弱的小炮，但可以把得到的強化武器裝在兩側使用（並不與搭乘者當前使用的強化武器共享），後期也可以得到火神機炮作為強化，得到強化武器後若遭到攻擊，將會像前代的SlugNoid般失去兩側的武器。
Level Armor：叛軍研製的小型單兵動力裝甲，背後的火箭背包令其有二段跳躍的能力。兩臂分別為機槍和加農炮，和*Astro Slug一樣使用角色強化武器，初始附帶10發炮彈和200發重機槍H的子彈，也可以使用R、S、F、L等強化武器，但遊戲中若無法得到彈藥補給，主武器子彈耗光後會無法使用。另外它也會有轉身時的硬直狀態。（模仿櫻花大戰的靈子甲冑）
Slugnoid Type-R：就像X中出現的Metal Slug Type-R一樣的Slugnoid的反向版，副武器變成發胖狀態下的鐵蜥蜴，將會朝畫面左邊射擊。
新型俘虜
猴子Utan：類似一文字百太郎的協助作戰人物，使用小威力衝鋒鎗協助主角作戰。V.I.P. CEO President(總統)：將其解救後，他會呼喚兩個保鏢送給主角兩樣道具後離開，搞笑的是有時兩個保鏢會在離開時撇下他。
冰凍莫丁士兵：第二關雪人洞裡出現，只給主角增加一個拯救俘虜數而不會提供道具。
關卡BOSS
MISSON1Huge Hermit(要塞巨蟹)
MISSON2
Mono Eye(單眼巨人)
Mono Eye UFO(單眼巨人用飛碟)
MISSON3
Jupiter King(木星王)
MISSON4
Sol Dae Rokker(太陽神)
MISSON5
開發途中大型機AIRBUSTER-RIVER(中BOSS)
二次放出戰鬥直升機 HI-DO(中BOSS)
Fake Rooot Mars(中BOSS)
複製人製造裝置(中BOSS)
ROOT MARS(火星之母)
合金彈頭系列
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