地面部隊
地面特種突擊隊員是從全國自衛部隊中優中選優篩選出來的，經過9周高強度訓練後，隊員們必須熟悉掌握隨行特種作戰的所有技能，如擒拿格鬥、識圖用圖、爆破、水下和山路潛入、生存技術、理論教育、綜合演練等科目。合格後才能成為一名真正的特種突擊隊員，並被分回自衛部隊，和其他普通軍人一起執行任務。當需要隨行特種作戰任務時，就迅速集結，進行短時間的適應性訓練後，即投入作戰。所以人們稱他們是富士山下的“鼴鼠”。地面突擊隊員配有精良的武器裝備，如62式7.62毫米機槍和89式步槍、84毫米反坦克無後坐力炮、60式自行106毫米無後坐力車載炮、肩式89毫米火箭筒、單兵地雷爆破裝置和背負式火焰噴射器、微型爪狀手雷等。
空降隊
20世紀80年代末，日本陸上自衛隊成立了一支特種作戰部隊，這就是日本陸上自衛隊第1空降師第101空降旅。該旅成立之後，對外在名義上一直稱為普 通空降部隊，保密程度極高，在國內執行反恐怖等特種作戰任務時，全部以警察的身份出現。其實，它是一支名副其實的特種作戰部隊，具有破壞、偵察、突擊作戰、反恐怖等多種特種作戰職能。這支特種空降作戰部隊，訓練嚴格，裝備精良。日本防衛廳在研究2001-2005年上中期防衛力量整備計畫時決定，進一步擴大陸上自衛隊的特種作戰部隊，提高日本陸上自衛隊的特種作戰能力。日本防衛廳準備首先在管轄東京周圍的東部方面部隊成立特種部隊，之後在全國各地成立同樣的部隊。即將成立的特種部隊人員精幹，裝備精良，肩負偵察、破壞、收集情報、保護城市重要設施和反恐怖活動，深入敵後方襲擊敵人，建立“空降堡”，鉗制對方，配合進攻，並破壞敵方的後勤補給線、交通和通訊樞紐，搗毀敵指揮所，癱瘓敵軍部署等行動。隊員來自全國自衛部隊中的傘兵，經選拔後，要進行為期9周的集中訓練。除完成地面突擊隊的訓練科目外，還要完成有關空降知識的訓練，如對航空照片的判讀、高空拍照、跳傘訓練等。
海上特別警備部隊
“海上特別警備部隊”組建於2001年，隸屬海上自衛隊。這支特種部隊約有300人，主要部署在廣島等地。該部隊在編制、武器配備和訓練課目上主要模仿美國海軍的“海豹”突擊隊。2002年6月，日本《讀賣新聞》等各大媒體透露，日本海上自衛隊正在籌建第一支類似於美國海軍的“海豹”的海軍特種部隊，於2003年3月正式成立第一支“海豹”特種部隊。這支“海豹”部隊要求人員精幹、裝備精良，只有3個排的兵力，主要部署在廣島等地。日本海上自衛隊特種部隊的人員挑選要求嚴格，一般要求在海軍服役1-2年以上，體格強壯，並具有一定的特長。他們將擁有多種特種作戰技能，能完成包括海上清除障礙、爆破、暗殺和營救工作等任務。為了遮人耳目，日本對外將這支“海豹”部隊稱作“特種守衛部隊”，讓人覺得似乎是專門用於擔負守衛任務的。
眾所周知，日本與美國關係密切，日本三軍自衛隊大多按照美軍的編制來建設和訓練的。日本海上自衛隊特種部隊也不例外，其編制、體制、武器配備和訓練科目等均模仿美國海軍“海豹”部隊。據說，日本還準備派人去美國海軍進行特訓，因為美國海軍的“海豹”部隊畢竟是世界有名的特種戰部隊，擁有十分豐富的特種作戰經驗和技術。關於日本海上自衛隊特種部隊組建和訓練的具體事宜，日本防衛廳官員對此閉而不談，只是輕描淡寫地聲稱這是個“秘密”。海上自衛隊聲稱，組建特種部隊主要是對付外來的海上入侵事件。然而，這種說法很勉強。海上自衛隊擁有先進的海上預警系統和高超的攔截能力，還有駐紮在日本的美國海軍的協助，哪來的外來入侵呢？即使發生外來入侵，海上自衛隊現有力量也足夠處理了。
其實，這是日本海上自衛隊加強自身特種作戰能力的一種手段。有時，一支精悍的特種部隊的威力，是一艘巡洋艦甚至一艘航母都難以發揮的。“二戰”以來的軍事作戰中，一些國家的海上特種作戰部隊曾先後炸沉對手的驅逐艦、戰列艦、巡洋艦和航母等大型戰艦，取得了令世人難以想像的戰果。日本海上自衛隊擁有亞洲一流的作戰力量，包括強大的水面艦艇作戰能力、防空能力和反潛能力。然而，日本海上自衛隊對此並不滿足，面對21世紀的作戰環境，為加強自己特種作戰能力、提高本國海軍的海上作戰能力，除準備再購買2艘先進的“宙斯盾”驅逐艦等武器裝備、組建直升機巡邏部隊外，還決定組建這支海軍特種作戰部隊。
反恐特種作戰部隊
演習中的日本反恐怖特種部隊隊員日本於2004年將成立反恐特種作戰部隊，計畫編制約500人，部署在千葉縣的習志野基地，裝備有輕型高速裝甲車，可實施遠程奔襲作戰。為了對付“新的威脅”，應對恐怖活動和國際爭端等突發性事件，日本防衛廳開始具體研究在陸上自衛隊內建立專門從事反恐和國際合作的特種部隊，並將於2006年之內正式組成。 這支特種部隊的人數編制在5000至6000人之間，由防衛廳長官直接指揮。
日本警察特種部隊
日本警察特殊突襲部隊日本警察特種部隊成立最早，是1977年底按照美國、德國、英國等國家的特種部隊的樣式組建的，隸屬於東京警視廳和大坂府警察本部。成立起因是1977年9月日本赤旗軍恐怖分子劫持日本民航客機，要求日本政府將在押的6名赤旗軍分子釋放。在萬般無奈的情況下，日本政府答應了恐怖分子的條件，遭到國內外的廣泛恥笑，使日本大為丟臉。之後，日本下決心成立了反恐怖警察部隊。最初組建的特種部隊有兩個分隊，一支屬東京警視廳第6機動隊，一支屬大坂府警察本部。後來，在這兩支特種部隊的基礎上進行改組和強化，組建了目前日本警察特種攻擊部隊。
