萊德博士即將離開人世,而他不確保在未來的世界裡洛克人是不是最強,能否繼續保護世界。於是他作出最終決定——把洛克人改變成擁有感情的思考型機器人,也就是後來ROCKMAN X系列的主角——X,並把他封印起來,留下告誡信息:在30年的封印期未到前,不要打開此膠裹,否則效果不堪構想!
經過近100年的封印,X的膠裹於21XX年某日被一位人類科學家——凱恩打開了,之後他驚異地發現了X身體的神奇構造並擁有感情的特點,借他目前能解開的一小部分關於X的程式製造了許多基本結構與X相同的思考型機器人(都擁有“心”)。
可是,就如萊德博士所預想的,2年後終於發生了思考型機器人叛變,正常的思考型機器人成立了“故障者獵人”專門打擊叛變的思考型機器人——稱故障者。其中以載有最強能力晶片為主系統的SIGMA(西格瑪)為隊長,故障者爆動事件得以平息。
3年後,ZERO出現,並且四處破壞,故障者獵人動用所有軍力卻全軍覆沒(誰叫ZERO那么強?!)SIGMA親自出馬也被ZERO打得近死邊緣,但這時ZERO頭部水晶出現“W”字樣(W是威利名字的頭號字母)然後頭痛,SIGMA乘機打敗ZERO……
之後ZERO被帶到凱恩處進行修理,恢復之後失去了瘋狂時的記憶,並加入故障者獵人,但行事完全獨來獨往。
1年後SIGMA叛變,大量故障者獵人跟隨其叛變,少數反抗的卻全部被殺。只有X繼續向SIGMA作出反擊(X有正義的心,承繼了萊德的意志),但他這么個B級就連SIGMA的手下VAVA也殺不了,還差點死掉,但這時ZERO出現了,原來他的想法與X一樣,二人生死共患難與SIGMA決戰,途中經歷了不少事情……ZERO原本雖是為殺X而製造出來的,但他也有屬於他的獨立意志,他的意志促使他與X成為了最好的朋友……
X擔任故障獵人第17精銳部隊隊長,擁有在戰鬥中讓新機能自動覺醒的能力,只是X本身卻對這種能力的認知並不清楚,進行任務時經常猶豫的性格讓他當初只能得到B級的評價。