在真核生物中,核糖體DNA是由核糖體基因及與之相鄰的間隔區組成,其基因組序列從5’到3’依次為: 外部轉錄間隔區( external transcribed spacer,ETS) 、18S基因、內部轉錄間隔區1 ( internal transcribed spacer , ITS1 ) 、5. 8S基因、內部轉錄間隔區2( ITS2 ) 、28S基因和基因間隔序列( intergenic spacer, IGS)。核糖體DNA中的18S、5. 8S和28S的基因組序列在大多數生物中趨於保守,在生物種間變化小,而內轉錄間隔區ITS1 和ITS2作為非編碼區,承受的選擇壓力較小,相對變化較大,並且能夠提供詳盡的系統學分析所需要的可遺傳性狀。
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