新版功能
修復BUG
iOS9.3從測試的情況看，iOS 9.3修復了1970日期、erro5等錯誤。
新增功能
1，增加了Night Shift（減弱藍光）等功能，並且新系統還賦予3D Touch更多的快捷操作，比如iTunes直接尋找歌曲，Apple Store直接購買套用等。
2，值得一提的是，iOS 9.3第五個測試版中，蘋果還在系統加入了一個相當“逆天”的功能，那就是系統會自動告知用戶自己的iPhone正在被監控。當檢測到iPhone正在被監控時，系統會在鎖屏界面和顯示“這台iPhone正在被你的組織所管理”的信息。如果你進入設定套用的“關於本機”頁面，當中還會包含更多的細節，比如告訴你iPhone管理者可以監控你的網路流量，或是追蹤設備位置。
3，iOS 9.3包括了新功能Night Shift，能夠去除顯示屏中的藍色，從而幫助用戶更好的睡眠。
4，用戶可以在筆記套用中使用密碼保護功。
5，在蘋果新聞中增設了“頭條新聞”（"top stories）。
6，所有主要汽車品牌目前已承諾將在車中支持CarPlay。CarPlay將擁有更好的Apple Music和蘋果地圖套用。
7，iOS 9.3還增設了一些新教育功能。
發布時間
iOS 9.3將於2016年正式發布，向用戶提供更新。
安裝率
蘋果iOS 9的安裝率已達到77%，相比Android 6.0高了不少，但蘋果似乎還不滿意。蘋果計畫讓iOS 9.3獲得更高的許可權，讓設備能在夜間自動安裝新系統。
新版安裝
如果用戶選擇“今晚升級”選項，而且設備正在充電並連線了WiFi網路，設備就會在凌晨2點到凌晨4點之間自動升級。可如果你選擇“稍後升級”，設備不但沒有取消iOS更新，還會跳轉到手機的解鎖界面，輸入密碼還會出現自動升級的選項，這下想躲掉升級都沒轍了。
蘋果在iOS 7之後就讓設備自動下載升級文檔，但是否安裝還是由用戶自己決定。用著iPhone 6s/iPad Pro等新款設備的果粉應該對強制升級不太擔心，但用iPhone4s等老爺機的果粉內心一定是奔潰的，畢竟一些老設備運行iOS 7都很勉強。
更新版本
iOS 9.3.2
2016年5月17日，蘋果發布了iOS 9.3.2更新,但又曝出了部分9.7英寸的iPad Pro在更新系統後無法啟動的問題。蘋果產品已經多次出現“變磚”現象，此前iPhone也出現過類似問題。
剛剛更新的iOS 9.3.2主要修復了一些漏洞,著重修復了iPhone SE的藍牙問題，同時也提升了iPhone和iPad產品的安全性。
iOS 9.3.3
2016年7月20日， iOS 9.3.3已經發布，此前蘋果曾發布五個公測版。iOS 9.3.3不僅是一個安全補丁，更讓人激動的是它還隱藏了一個“秘密特徵”。iOS 9.3.3比之前的iOS 9運行速度要快得多，媒體上很多已升級用戶稱他們的iPad、iPhone和iPod在升級後更快更靈活反應更靈敏。
