背景
以塞阿諾特的無存：傑姆那斯/ゼムナス/Xemnas為首的13個擁有堅強的心的人變成無心時產生的無存組成的一個組織，目的是獲得被奪取的人之心所匯集形成的王國之心，而成為完全的存在。所有成員都穿著黑色的外套，一般不露出自己的真面目。
成員
XIII機關的成員都是Nobody，他們既然不屬於黑暗世界，也不屬於光之世界，只是在一個夾層世界中產生的虛無的存在，而作為首領的Xemnas一直是在利用索拉，讓他不斷打倒Heartless，然後聚集它們的心形成Kingdom Hearts，這樣他們就可以成為完整的存在。正如他最後所說的“這個世界上，如果光明和黑暗都是永遠的話，那么虛無的存在也會永遠……”
XIII機關中所有人的名字里都包含有一個X，而去掉這個X將字母重新組合就是他們對應的Heartless的名字。（如Xigbar去掉X重新組合就是Braig……）但是，Xemnas去掉X卻是Ansem，而不是Xehanort，這點比較特殊，也許是因為當時Xehanort就化名為Ansem的緣故。
（但是Xehanort去掉X組合又是NoHeart無心 = =||||，難道是在暗示什麼嗎？）
No.1
XIII機關暗之探求者---傑姆那斯/ゼムナス/Xemnas
配音：若本規夫(J) Paul St. Peter(E)
XIII機關的No.01 Xemnas，是Ansem的大弟子塞阿諾特/ゼアノート/Xehanort對應的Nobody。是在Xehanort自願成為Heartless的時候產生的。Xehanort是第一個自願接受安賽姆實驗的人。他是安賽姆幾年前在某地發現的，並失去了所有的記憶，在被安賽姆救回之後，成為了安賽姆的弟子之一。安賽姆希望自己最初的實驗能夠打開Xehanort的心，並找回丟失的記憶。不過當時Xehanort因為意識強大，成為無心後並沒有喪失心志，反而統領了Heartless軍團，並化名為安賽姆。在Xehanort捨棄了自己的身體，只以心存在的時候，他的Nobody Xemnas也同時誕生了。Xemnas組建了13機關，他是No. 1，同時也是最高首領。1代的最終boss安塞姆即是他的無心。1代fm中的隱藏boss黑衣人即是Xemnas。他是機關的創始人兼領導者，也是王國之心2的最終boss，他一下子就找到了出現在黃昏鎮索拉（Sora）的無存，並為其命名為羅克薩斯（Roxas），將其收入機關，成為第十三名成員，他原想利用羅克薩斯的鍵刃的力量，消滅無心，促使心的凝聚成為王國之心，然而，羅克薩斯對自己的記憶產生了懷疑，叛逃了出來，在追憶的摩天樓被利庫與Diz擒獲，進入與索拉漫長融合的沉睡之中。期間，塞姆納斯曾派No.8艾克賽爾前往黃昏鎮阻止融合過程的完成，最終以失敗告終，並且，在光與暗的夾縫中，被索拉與利庫聯手擊破！
屬性：暗
武器：雙手空刃
手下無存：sorcerer（法師）
王國之心2中的極限爆裂技是放出大範圍的雷射劍陣
No.2
XIII機關魔槍的射手---西格巴爾/シグバール/Xigbar
配音：大冢芳忠(J) James Patrick Stuart(E)
身為XIII機關中No.2的Xigbar在KH2中首次登場，他所對應的Heartless是Ansem的弟子之一布萊格/ブライグ/Braig，和Xehanort一起叛變後，形成的Nobody就加入了XIII機關。Xigbar使用雙槍作武器，不過攻擊卻全是通過光來實現（槍中並沒有子彈……），獨眼龍大概是他最明顯的標誌了，生性殘暴、冷血的他，是個不折不扣的冷麵殺手，天生的戰鬥狂，戰鬥時絲毫不會手下留情，而且非常的高傲，根本不屑和自己認為實力差的人戰鬥，大冢芳忠的配音將Xigbar那種目空一切，狂妄自大的性格表現的淋漓盡致。屬性：空間。
No.3
XIII機關鏇風的六槍---札爾丁/ザルディン/Xaldin
配音：秋元羊介(J) David Dayan Fisher(E)
安賽姆的弟子之一迪蘭/ディラン/Dilan。擁有鏇風六槍的黑衣人。在KH2中首次登場，他一直是出現在《美女與野獸》中野獸的城堡中迷惑野獸，曾一度使野獸沖昏了頭腦，而目的就是為了讓野獸成為Heartless。屬性：風。
No.4
XIII機關冰凍的學士---維克森/ヴィクセン/Vexen
配音：野沢那智
Vexen在KH CoM（Chain of Memory）中登場，使用的武器是冰屬性的盾牌，他對應的Heartless是Ansem的弟子之一伊萬/イヴェン/Even，他對研究Xehanort的記憶很感興趣。
所以說Vexen在某種程度上可以算是個研究學者（正如他的外號一樣），他喜歡根據研究資料來製造複製品（レプリカ），在KH CoM中，和索拉對戰的利庫（リク=レプリカ），就是他的傑作。 但在試驗失敗後，被迫與索拉交手，失敗後被消滅。
維克森、雷克薩斯、澤克西昂。這3人加入組織時間比較早（從編號可以看出來），他們對後加入的阿克塞爾、馬爾夏和拉克西恩懷有一定的排斥心理。在KH CoM中，他總是喜歡透露給索拉事情的真相，這樣一來就等於破壞了Marluxia的計畫（No.11的Marluxia是忘卻之城的頭領，他原本是打算讓Namime操縱索拉的記憶。）因此，在遊戲最後，Vexen反而是被Marluxia派出的Axel所殺。屬性：冰。
No.5
XIII機關寂靜的豪傑---雷克薩斯/レクセウス/Lexaeus
配音：立木文彥
安賽姆的弟子之一艾爾伍斯/エレウス/Elaeus。Lexaeus在KH CoM（Chain of Memory）中登場，使用的武器是有半人高的地屬性巨斧，在XIII機關中是屬於力量型的角色。雷克薩斯和澤克西昂都是組織的忠實成員，在CoM中雷克薩斯因為地面上的馬爾夏已經獲得索拉，所以與利庫交手，試圖獲得利庫的力量，並理所當然地戰敗。屬性：土。
No.6
XIII機關影之策士---澤克西昂/ゼクシオン/Zexion
配音：石田彰
Zexion於KH CoM（Chain of Memory）中登場，他對應的Heartless是Ansem的弟子之一伊安佐/イエンツォ/Ienzo
Zexion算是個比較悲慘的角色，因為他本身的性格是不好戰的，屬於不到最後不出手的類型，但是CoM中在同伴Vexen和Lexaeus相繼死後，不得不做最後的嘗試去控制利庫，出面和利庫戰鬥。他利用黑暗力量變成了索拉的樣子，想以此來接近利庫達到目的。但是這個時候，利庫在Ansem的幫助下，已經完全得到了黑暗世界的力量，一下子就看出了偽裝的Zexion。
在和利庫的戰鬥失敗後，Zexion遇到了帶著利庫複製品的Axel，最後死在利庫的複製品手下。屬性：影。
No.7
XIII機關月舞之魔人---塞克斯/サイクス/Saix 原名：Isa
配音：佐藤銀平(J) Kirk Thornton(E)
沉默寡言的黑衣人。力量非常強大。Saix在KH2中首次登場，在遊戲中他給人的感覺一直是非常有紳士風度，溫文爾雅的。可是一進入戰鬥，他就像是變了一個人一樣，他使用巨劍作為武器，尤其是在進入了狂戰士狀態後，無論是攻擊力還是速度都不可小覷。
Saix對應的Heartless在遊戲中並沒有什麼線索可以得知，他在遊戲中的任務就是追捕叛徒Axel，並將凱莉帶回，不過他的真正目的也沒人知道，最後死在索拉的鍵刃之下。（XIII機關中，除了老大Xemnas外，他算是活的最久的了……）另外在成為無存之前，和AXEL是好朋友 屬性：月。
No.8
XIII機關炎之烈風---阿克塞爾/アクセル/Axel 原名：Lea
配音：藤原啟治(J) Ouinton Flynn(E)
KH CoM（Chain of Memory）存活下來的XIII機關成員，說話粗暴無理，沒有人能猜偷他心裡想的是什麼，這就是阿克塞爾。為了獲取馬爾夏的信任甚至親手消滅了維克森，而為了消滅背叛組織的馬爾夏又利用了索拉和娜米妮。阿克塞爾是羅克薩斯在13機關里的一個非常好的朋友。在KH2初期和Roxas的幾場戰鬥應該讓大家大呼過癮吧，尤其是那串華麗到掉渣的必殺。在KH2中，他所做的一切應該可以說基本都是為了一個人，那就是索拉的無存Roxas。阿克塞爾不想讓羅克薩斯脫離組織，同時為了阻撓安賽姆恢復索拉記憶的計畫（好象是因為那個計畫完成後羅克薩斯就會消失，他將失去自己最好的朋友，他不想讓這一切發生），他曾經三番五次侵入DIZ用數據製造成的黃昏之鎮，阻止Roxas和索拉見面，但是都是無功而返。阿克塞爾並沒有和13機關作對的理由和動機，但是之後為了防止讓XIII機關其他人得到凱莉，自己先一步帶走了她，前面介紹的Saix就是一直在追捕他，他在遊戲的後期的劇情中用自己全部的力量消滅了阻擋在索拉面前的無存，打通了通往“存在しなかった世界”的大門。這是因為他從感情上想幫助自己最好的朋友、索拉的無存、羅克薩斯。在臨死前，Axel說的那番話的確讓人十分感動。
Sora：“好厲害……你要消失了嗎……”
Axel： “恩，我用我全部的存在攻擊了，沒辦法的事，NOBODY畢竟本來就是不存在的東西，好了，別放在心上了……快去凱莉那裡，啊，差點忘記了，我對凱莉做的過分的事，還抱歉了。”
Sora：“你，為什麼要這么做？”
Axel：“……為了見洛克薩斯，我，喜歡那個傢伙，和那個傢伙在一起，我感覺仿佛就有了心，這樣的感覺，從你身上也體會的到……凱莉在城堡的牢獄裡……從那裡進去吧……”
使用名叫チャクラム的類似“風火輪”的武器攻擊，炎屬性倒是蠻符合他的個性的。屬性：炎。
No.9
XIII機關小夜曲的鏇律---德米克斯/デミックス/Demyx
配音：鈴村健一(J) Ryan O'Donohue(E)
標誌性的武器是錫塔爾琴。在組織其它人眼裡他算是比較孩子氣的一個，做事冒冒失失，有時候又有點神經質。在KH2中，他總是把索拉當成是Roxas，而他的任務似乎就是為了確認兩人是否已經融合，不過記性不好的他，什麼事都要記在紙上……甚至連要和索拉打一場也是看了紙條的提示……不過撇開這些不談，戰鬥時也算是個強力的對手，Demyx使用名叫Sitar的類似吉他的武器，操縱水進行攻擊。屬性：水。
No.10
XIII機關命運的賭徒---魯克索德/ルクソード/Luxord配音：中田譲治(J) Robin Atkins-Downes
XIII機關里的大叔級人物，深思熟慮的一個人。在KH2中首次登場於《加勒比海盜》的世界，在那裡他將封印了的金幣再次找出，並利用這個來引出人們內心的貪慾，從而變成Heartless。
Luxord給人的感覺更像是個戰略家，喜歡用計謀多過戰鬥，他的戰鬥方式也非常的特別，使用的是撲克牌，而且他自己也會變成撲克中的一張。和他戰鬥更像是在參加他精心設計的賭局、一場遊戲，不過再厲害賭徒也有失算的時候，最後還是不敵索拉……屬性：時間。
No.11
XIII機關優雅的凶刃---馬爾夏/マールーシャ/Marluxia
配音：池田秀一
馬爾夏是忘卻之城的首領，也是CoM索拉篇的最終BOSS。雖然加入組織的時間比較晚，但馬爾夏的野心並不小——把組織占為己有。他把索拉引入忘卻之城，並命令娜米妮操縱索拉的記憶，這樣的話，Marluxia就可以通過Namine，將索拉變成自己的棋子。但是礙事的維克森總是透露給索拉真相，破壞Marluxia的計畫，所以他對維克森一直懷恨在心，在維克森被索拉打敗後將其消滅。可惜他萬萬沒想到阿克塞爾的背叛使他的生命走到了終點，和他的野心一起消失忘卻之城。屬性：花。
No.12
非情的妖姬---拉克西恩/ラクシーヌ/Larxene
XIII機關配音：宮村優子
XIII機關里唯一的女性，拉克西恩為了掌握組織的大權而和馬爾夏聯手行動，同時又想把阿克塞爾拉入伙。 但是她冷酷無情、喜歡傷害別人的性格激怒了索拉，最終被鑰匙刃所消滅。屬性：雷。
No.13
邂逅之鍵---羅克薩斯/ロクサス/Roxas
洛克薩斯配音：內山昂輝(J) Jesse McCartney(E)
索拉為了救凱莉，變成了Heartless，而在這個時候，他的Roxas洛克薩斯在夾層世界產生了，之後被XIII機關的頭領Xemnas遇到，並讓他加入了XIII機關。後來凱莉用真心喚回了索拉，這樣一來，與洛克薩斯對應的Heartless也不復存在，所以洛克薩斯他擁有人的姿態，擁有和索拉相同的使用鑰匙刃的能力，但是卻沒有索拉變成無心之前的記憶。這樣看來，Roxas和Namine其實是一樣，都是缺少了對應Heartless的“不存在的存在”。由於他繼承了索拉的能力，所以他成為十三機關中被鑰匙刃選中的男人。為了尋找自己的身世，羅克薩斯不聽好友阿克塞爾的勸告，隻身離開組織。在記憶的摩天樓前與利庫對決，無論如何利庫無法擊敗羅克薩斯，最後動用暗黑的力量強行捕捉羅克薩斯，並帶回。然後被迪斯消除記憶後放在黃昏之鎮，羅克薩斯在這樣一個虛假的黃昏鎮裡生活了7天。迪斯企圖讓娜米妮把索拉的記憶傳輸給羅克薩斯，這樣好讓羅克薩斯與索拉融合。最後，羅克薩斯遇見了索拉，並選擇與他融合，他面對索拉時說的一句：“索拉，真羨慕啊。我的暑假結束了。”感人至深。
Roxas，一個近乎悲劇式的存在，的確給整個遊戲增色不少。在遊戲最後，Roxas和Sora，namine和kairi的完全融合，讓人也非常的感動。
正如最後Roxas說的“以後一定還會見面的，和索拉……凱莉一起……”
手中的雙鍵:
約束のお守り/約定之守護
過ぎ去りし思い/ 過去之記憶
屬性：光。
No.14 / No.i
西恩/シオン/Xion
聲優：內田莉沙（與kairi相同）
西恩武器：鍵刃 屬性：光
作為第14名成員而加入XIII機關的成員。和洛克薩斯一樣，因為是由索拉的記憶碎片所構成所以也能夠使用鍵刃，同時也是機關內少數的女性成員。也不知道是不是因為同樣能夠使用鍵刃的緣故，她經常和羅克薩斯聊天，同時很自然地得到了與羅克薩斯及阿克塞爾共同行動的機會。因為任務中的某個事情，導致她開始對自己的存在產生的疑問。其真實身份是13機關利用SORA的記憶製作的人偶，在不同人的眼中有不同的形態。最後在357那天按著Xemnas的意思來取代羅克薩斯，但是被羅克薩斯打敗，消失，記憶回歸索拉。
