方舟計畫
X抗體一天，現實世界的電腦中持有人工智慧的病毒擴散開來，這種病毒在網路上滋生質變成生物進化成為Digital
Monster（通稱DIGIMON）。
掌管數碼獸一切的數碼核，是一種作為生命體的程式和數據(0和1的數字或記號的集合)。在人類眼中看到的怪獸或半機械之類的形態，全部都是根據數碼核內的信息所決定的。
DATA2 進化
數碼獸是從數碼蛋中誕生的，它們吸取資料或者戰鬥吸取對方的資料，到一定程度就會改變形態的過程叫做數碼獸的“進化”。最後生命結束後，又再次變成數碼蛋。
數碼獸的進化是分等級的，分別是“幼年期”“成長期”“成熟期”“完全體”和“究極體”，最高的當然是究極體，究極體是最高形態。擁有強大力量的究極體數碼獸在現實世界的網路擁有強大的武器！
DATA3 數碼世界(DW)數碼獸所生存世界叫數碼世界（Digital
World），它由謎一樣的主機Yggdrasil直接管理。
另一說，數碼獸是Yggdrasil在數碼世界進行實驗而產生的生命體！
數碼獸們的資料容量大大超過了Yggdrasil的預料，數碼世界面臨巨大化宇宙規模的膨脹，數碼世界的危機迫在眉睫！再這樣下去，數碼世界一定會崩潰的！
數碼獸的特徵“進化”是一口氣增加數據，使其形態發生改變。加上網路互通，把數碼世界以外數據流入(編註：指的就是來自現實世界被選中的孩子)，使數碼獸能不規則進化(編註：如02中的D3 Armor進化和 Jogress、03中的Matrix Evolution、04中的武裝進化)。這樣日積月累，數碼世界可用率急速下降！這個計畫名叫“方舟計畫”，它執行使超過負荷的數碼獸全部刪除，把必要的“皇家騎士（Royal
Knight）”及部份研究對象上傳到了新的數碼世界……
DATA4 持有X抗體的數碼獸
生命柔弱的數碼獸們發現，強大的生命力使數碼獸不至滅亡。強大的數碼獸把自己的電腦核改變，使自己的生命得以延續，留下來的更可以獲得“X抗體”，這正是未知的數碼獸！
電腦核是取自X程式構造的，然後經過電腦核內部的重組形成了“X抗體”！
X抗體直接受電腦核的影響，因此力量也由電腦核的高低所決定。有少數正常的數碼獸逃到了新世界，但是他們不僅要面臨嚴酷的自然環境，還有X化數碼獸與皇家騎士團的追殺。這些數碼暴龍的潛力被大幅激發出來，便產生了足以對抗X程式的“X-Evolution（X進化）”。經過X進化後的數碼暴龍攻擊力大幅提升，在成熟期甚至成長期就可以打敗普通的完全體，而且受X抗體的影響它們的外形也發生了巨大變化！
沒有X抗體的數碼獸被X程式消滅後，X程式繼續消滅擁有X抗體的數碼獸，數碼獸們為得到更強的X抗體不斷戰鬥，世界變回弱肉強食的世界。最後小部份生存的數碼獸，成功地逃到了新數碼世界。
登場作品
數碼獸X進化劇照動畫：數碼獸X進化
漫畫：數碼獸編年史、數碼獸世界：復元編碼
遊戲：數碼獸世界X、數碼獸世界：復元解碼
擁有X抗體的數碼寶貝
多多獸
幼年期1.沾泥型
牙齒還沒有長出來。
必殺技：從口中擊出的的「小鐵粒」
多利獸
幼年期2 .小型
討厭被飼養的野生數碼暴龍。
必殺技：一邊突進從口一邊放出鐵粒的「金屬球」
多路獸
成長期.獸型.資料種
推測額頭有舊式的接口，被發現是以前實驗用的“原型數碼暴龍”的獸型數碼暴龍。作為戰鬥種族的數碼暴龍，給人呈現一種很強的性格。鬥爭本能高，好像什麼都能夠輕鬆咬掉，不過，咬過一次的東西好象能夠馴熟。一般認為實驗的時候，對數碼核的最深的部分，隱藏了好像是傳說中的生物——“龍”的強大生命力的數據，增長了數碼暴龍力量的可能性。
必殺技：從口中放出的鐵球的「金屬加農」
多路加獸
成熟期.獸龍型.資料種
使多數數碼暴龍只看到它的影子就會逃走的重量級獸龍型數碼暴龍。戰鬥的時候，會像普通獸一樣野性大發。不過，兼有龍的才智，平時非常老實。
必殺技：從口中放出的能夠打碎敵人的大型鐵球「力量金屬」
多路暴龍獸
完全體.獸龍型.資料種
被藏在數碼暴龍中的數據解被放出，有“最後的敵人”別名之稱的超大型獸龍型數碼暴龍。
用那個壓倒性的巨大身驅粉碎全部敵人，以翅膀推翻所有的攻擊。
必殺技：從巨大的身驅放出的10倍以上的大型超高質量鐵球，把敵人一網打盡的「金屬流星」
戰鬥暴龍獸X究級體、龍人型、疫苗種
作為真正有勇氣的人的使命，擁有作戰100%勝利的無敵的裝備。
必殺技：背部的翅膀突然加速使自己跳到敵人面前，一瞬放出的零距離攻擊「蓋亞能量炮ZERO」
暴龍。全長都超過巨鯨獸，內部可以裝載多數的數碼暴龍。
必殺技：海神之力(Poseidon Force)：將海中的水聚集到一點製成一個巨大的水球，再發射出去攻擊敵人的技能。
鋼鐵加魯魯X
究極體 機械型 數據種 鋼鐵加魯魯獸獲得〖X抗體〗，對〖電腦核(デジコア)〗產生了影響，引發了未知的力量的姿態，變成以二足步行，但機動力毫不遜於從前，並裝備超高速連射的格林機關炮〖鋼鐵狂暴(Metal roughhouse)〗使它能夠發射出高科技水平的飛彈，全身上下的各種裝備能有效地對各方向的敵人進行攻擊。
必殺技：絕對冷凍氣 (Cocytus Breath): ：從口噴出強烈的冰之氣息，使對手瞬間凍結的技能。
必殺技：冰河大炮(Ice Cannon)：從右肩膀的大炮噴射出低於零下800℃的冷凍光束，接觸到的敵人會被永凍的冰封住。
紅蓮騎士獸X
究級體.聖騎士型.病毒種
在加入了「X抗體」後，使電腦核受影響，引出其未知的能力。隸屬於「皇家騎士團」，右手裝備了聖槍「古拉尼」，左手裝備了能反射攻擊的聖盾「？」。
必殺技：以右手光束狀的聖槍發出的「紅蓮劍」。
墮天地獄獸X
究極體 魔王型 病毒種
七大魔王都有抵抗X程式的能力，但墮天地獄獸為了增強實力，強行接受了X程式，改變了它的中心數碼核，引發了一股不明的力量，其強大的威力甚至超越了爆裂形態。但由於與墮天地獄獸本質上是不同的數碼寶貝，所以它不算七大魔王之一。
必殺技：混沌火焰炮(Chaos Flare)：由〖最後的晚餐〗發射出混沌火焰燒毀敵人的技能。
奧米加獸X
究極體 聖騎士型 疫苗種
在〖奧米加獸〗得到〖X抗體〗後，它得到了超越極限的力量——〖Omega-Gain-Force〗，因此，〖奧米加獸〗的戰鬥感和潛在力提升到超越極限的程度，所以〖奧米加獸X〗能夠以極快的速度事先觀察並預測對方的動作後做出最有效的攻擊和防禦，理論上要打倒這個〖奧米加獸X〗是不可能的。
必殺技：全部刪除(All Delete)：以〖Grey Sword〗刻著“All Delete”之名的暴龍臂鎧，將所有一切消去的一擊必殺技。(只限於奧米加獸X)
必殺技：暴龍戰炎劍(Grey Sword)：使火焰包圍著左手的劍，斬殺敵人的絕技。
必殺技：加魯魯加農炮(Garuru Cannon)：從右手的大炮射出絕對零度的冷氣彈的絕技。
阿爾法獸
究級體.聖騎士型.疫苗種
一般認為是13尊的聖騎士“ロイヤルナイツ”中的一員。不過，也認為存在的意義是壓倒他們自己的作用，被稱為沒有事情是絕對不會現身的“空虛之座”。通過的戰鬥時間瞬間性地取回最終力量「アルファインフォース(最初Alpha-獲得Gain-力量Force)」的能力在別人看好象是怒濤一樣攻擊，能確認敵人倒下之前的最後一擊。
必殺技：從數碼文字的魔法陣容中抽出的光束貫穿敵人的『聖劍グレイダルファー』
