此外並在記憶管理中，改進了Windows 95將16位元程式碼與32位元程式碼，在同一記憶體區段混合存放，易導致一個程式發生錯誤就會連帶造成整個系統當機的問題。從Windows98開始，記憶體管理上有革新的進步，即是將16位元與32位元程式碼放在不同記憶體區段執行，一旦某一應用程式錯誤，可以單獨關閉該程式，但不影響整個系統持續正常的運作。
從Windows 98開始的多進程作業系統，也與Windows 95的先占性多工有著完全不同的改善。它可以由使用者決定是平均分配系統資源進行多工，或是將某一個較不急於達成、或完成時間較長的程式設為背景（後台）執行，高度的增加多工作業的實用性。
雖然Windows98有許多方面的不完善，但是由於所有的Windows 9x 都可以進入純DOS的操作界面，使其在系統崩潰時可以不需要DOS啟動盤就進行修復，這也是它的一大優點。因為現在的WINDOES XP/VISTA/2000都不能進入純DOS界面，所以想修復必須靠DOS啟動盤、機子上的另一個WINDOWS 9x或把硬碟與其他裝有WINDOWS 9x的電腦連線，不是很方便。
