2000年6月,日本政府頒布了有機JAS法,規定了日本的有機食品國家標準。2000年8月,JONA在日本農林水產省註冊後成為註冊認證機構,按照有機日本農林規格(有機JAS)進行著有機JAS農產品及加工產品的認證工作。現有法人正會員約450家,個人正會員35人，另外還有120家左右的法人準會員(只給一家正會員供貨的企業)。累計有機JAS標準認證項目550個,另外還有按照JONA自訂標準實施的認證項目120多個。2006年3月1日，伴隨著日本有機JAS法的全面改訂,JONA成為首批按照新JAS法規定重新註冊的有機JAS認證機構。
JONA應日本會員企業的要求,自2000年8月開始對會員企業的中國供貨商實施有機JAS認證,現有近50家中國企業的90多個項目取得了認證。在2002年8月JONA通過了國際有機運動聯盟(IFOAM)對有機食品認證機構的認證,使JONA的有機認證享有世界級的信譽。為了確保有機食品生產企業在其生產製造中的有機性,及遵照國際有機運動聯盟關於發展有機食品生產國自身的有機認證機構的宗旨,JONA與國家環境保護部有機食品發展中心(OFDC)建立了良好的業務合作關係。
除了日本國內和中國以外,JONA在澳大利亞、美國、智利、阿根廷、巴西、印度、土耳其等國家也有按照有機JAS標準認證的項目。
