前言
公元2000年，南極發生了大爆炸，冰封的大陸在一瞬間融化，引起世界海洋水位上漲甚至海嘯，淹沒了地球上的很大一部分陸地，隨後，內戰、民族紛爭、自然災害接踵而來，人類因此滅亡了一半。這次災難被稱為“第二次衝擊”（The Second Impact)。在聖經《創世紀》記載中，神用洪水毀滅一切生物，只是指示挪亞製造方舟帶上一家人和地球上的部分生物以重建家園，這被稱為“第一次衝擊”。聯合國對外界說是外星來的巨大隕石撞擊，其實是葛城探險隊在南極意外地發現了亞當（第一使徒）的胚胎，結果因故發生大爆炸。在TV版和劇場版中沒有對此作完整的說明，TV版中講到在南極出現的與EVA非常相似的“光之巨人”（第二使徒）是造成爆炸的原因，還有後來的南極爆炸時出現的巨大天使翅膀。在劇場版中出現了光之巨人失控展開兩對翅膀發生大爆炸的畫面。發生這件事後，人們發現這些都和本世紀初在死海發現的神秘捲軸所記載的故事驚人地吻合，加上聖經中有關於最後審判日的預言、亞當的發現，都表明存在著“神”。在猶太教教義中，伊甸園中不只有亞當和夏娃，還有一個女神Lilith由於三角關係被逐出伊甸園，到地上和魔鬼撒旦生下了人類LILIN，而亞當的子孫就是“使徒”在死海捲軸中講到人類最終要進化成為單體生物回歸Lilith（第三次衝擊），於是一個神秘組織因此建立，名為Seele，下有人工進化研究所、人類補完委員會等機構，從事亞當的研究，終於在2004年前成功地從亞當複製成功了人造的“神”------EVA，也就是德語的夏娃，用於收集人的靈魂。正在某大學生物系任教的冬月發現自己的一名學生碇唯在生物方面很有天才，便對其產生了興趣，也注意到了一個人：唯的丈夫碇元度。其實唯是Seele的人，他們在進行一項人類進化的“人類補完計畫”，這幾人成了Nerv最初的成員，《新世紀福音戰士》的故事也由此開始。
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第1話：使徒襲來（使徒、襲來）
——ANGEL ATTACK1995年10月4日初映
腳本：庵野秀明
設計：摩砂雪、庵野秀明
演出：鶴卷和哉
作畫監督：鈴木俊二
公元2015年，一個巨大的人型生物在日本登入。出動的國聯軍，將那生物稱作“使徒”，並予以猛烈地攻擊，但就連最新的兵器“N2地雷”，亦只是在短時間內減緩了使徒的步伐。與此同時，一個名為碇真嗣的少年被其父源堂呼喚至第三新東京市地下的NERV 本部。 碇真嗣和身為NERV司令官的父親碇元渡有十年的時間都不在一起，面對許久不見的兒子，碇司官所說的只是∶“坐上EVA。 ”消極的少年拒絕接受命令，但當他見到一位身負重傷的少女即將乘坐初號機出擊時，他改變了自己的決定。
來襲使徒壓倒性的強大，第三新東京市的地下空洞以及EVA初號機這些SF方面的描寫，使第一話顯得多姿多彩。劇中採用了不少有電影效果的構圖，相當有特色，但對於消極的14歲少年的性格，卻十分難把握。製作組根據庵野總監督於95年3月的製作會議上的要求“這次的作品，一定要在最初就全力推出去”，都很認真地去執行。雖然這一話要與第二話合起來才是完整的一部分，但即便如此，一樣造成了一定的衝擊感。
副標題是 ANGEL ATTACK 。 聖書中的使徒寫作“MESSENGER”，在這個場合的ANGEL直譯為守護神，也包含天使的意思。ATTACK是攻擊之意，而攻擊來自何方不明。
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第2話：陌生的天花板（見知らぬ、天井）
——THE BEAST1995年10月11日初映
腳本：夏戶洋司、庵野秀明
設計：摩砂雪
演出：鶴卷和哉
作畫監督：木田雄
在沒有受過特殊訓練的情況下，真嗣就和EVA 達成同步和使徒作戰。射出後與第三使徒對峙的初號機，因為真嗣不熟悉操作，也無實戰經驗，在遭到使徒的攻擊後活動停止。但在真嗣昏迷後初號機奇蹟般地再啟動，在失控的狀態下，用壓倒的戰力將使徒擊潰。面對冷漠的父子態度，葛城美里提出要真嗣與她同住的要求。14歲的自我封閉少年與29歲的單身美女的共同生活就此開始。美里對真嗣作戰的成績表示讚賞，但真嗣希望這話是出自另一人之口。
這一集緊接前一集的內容，EVA 初號機與使徒之間展開了戰鬥。比較引人注目的是可在瞬間見到的絕對領域，當時很多科幻迷稱之為防禦罩。在初號機暴走後，瞬間扭轉的戰況予人為之一震的感覺，這為以後的劇情打下了良好的鋪墊。第一、二集合成一部作為了全篇的序章。
副標題中的BEAST是獸的意思，大家看到暴走的EVA初號機就可明白這個副題的含義。相同的感覺在以後的劇情中亦有出現。
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第3話：不響的電話（鳴らない、電話）
——A Transfer1995年10月18日初映
腳本：薩川昭夫、庵野秀明
設計：鶴卷和哉、石堂宏之
演出：石堂宏之
作畫監督：細井信宏
為了防範使徒再來，真嗣進行著EVA的操作訓練，同時也轉學到第三新東京市的學校就讀。在上課時，老師講到第二次浩劫的歷史事件。可是同學們都不專心，在台下偷偷的玩用電腦網路聊天。真嗣被套出他是EVA 駕駛員，在班上立刻成為受歡迎的人。但同班的鈴原東治卻對他大打出手，這是因為他的妹妹在EVA 與使徒的戰鬥中受牽連而受傷。不一會，第四使徒來襲，真嗣將從避難所里出來觀望的東治與劍介救入駕駛倉，並無視美里的撤退命令，用高振動粒子刀擊退了使徒。
真嗣的生活因為當了EVA的駕駛員而起了巨大的變化，但在某些方面，他亦反而受到遣責，就象許多其他劇本中的為了人類而戰的主人公們，他們的存在反而被人們視為威脅一樣。第四使徒是被真嗣獨立消滅的，但沒人會認為他是什麼熱血沸騰的救世主，反而的，出於他消極的觀念對所處環境進行的反抗，倒給人留下了深刻的印象，這種思維方式，相信很多人亦有同感吧。
副標題中的transfer解釋方式有很多，但在這裡譯為轉校生最為合適。要表達的意義，是所處在一個陌生的集團中的那種不安感。
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第4話：下雨、出走以後（雨、逃げ出した後）
——Hedgehog's Dilemma1995年10月25日初映
腳本：薩川昭夫
設計：甚目喜一
演出：加賀ツヨシ
作畫監督：重田智
與第四使徒戰鬥勝利之後，真嗣並未意識到他戰鬥的意義，他離開家後，在第三新東京市的郊外，與相遇的劍介呆了一夜，第二日被NERV的保全諜報部帶回。放棄 EVA駕駛工作之後，他將被護送回原住處。聽畢劍介對真嗣心理的見解，美里急忙趕往車站去送行，列車已緩緩駛離車站，但月台上仍有一位少年的身影。
這一集沒有什麼激烈的戰鬥場面，完全是用來描繪真嗣心的軌跡的一話。希望別人關心，但又製造一種讓人無法靠近的性格，其矛盾演變至最後，就會開始討厭自己。出走，亦只是這一心理的一個小小的體現吧。
在這一話中，為了描寫真嗣的空虛，背景從都市到自然景象，都費了不少精力。
副標題中的Hedgehog是指刺蝟，Dilemma 意為困境。刺蝟希望給予朋友們溫暖，但它越是靠近越會傷害別人。
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第5話：麗、心的背面（レイ、心のむこうに）
——Rei Ⅰ1995年11月1日初映
腳本：薩川昭夫、庵野秀明
設計：甚目喜一
演出：杉山慶一
作畫監督：鈴木俊二
繃帶少女綾波麗是EVA零號機的專屬駕駛員。她在真嗣調來第三新東京市的三周前的零號機啟動實驗中，因事故受傷。在學校，她無口、無心、無表情的性格使得沒有人願意與她交往。但真嗣卻見到她微笑著與自己父親源堂交談，於是對麗產生了興趣。同時，第五使徒襲來，剛被射出的初號機就遭到了高熱加粒子炮的攻擊。
最受歡迎的麗，有關她的劇情終於展開了，開場時就身受重傷，全身包裹著繃帶。在真嗣無法理解的父親面前，她卻意外地露出笑顏。髒亂無擺設的房間，完全不象是一個女孩子的。還有桌上的那副眼鏡，應該不會是麗的……她的一切，似乎都是謎，如此一個玩偶般的角色，竟然位於全日本動畫千萬女性角色的首位，實在有些不可思議。
副標題是Rei Ⅰ，這是有關她的幾部劇本的第一個。
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第6話：決戰在第三新東京市（決戰、第三新東京市）
——Rei Ⅱ1995年11月8日初映
腳本：薩川昭夫、庵野秀明
設計：摩砂雪
演出：石堂宏之
作畫監督：細井信宏
受到加粒子炮攻擊的初號機，所幸未傷至要害，但真嗣卻對戰鬥開始膽怯。另一方， 使徒正在使用能量鑽向NERV本部的位置展開攻擊。面對持有自動防禦系統的使徒，美里提出了超長距離射擊的提案，並取名為“八島作戰”。數小時後，日本列島全土的能源，集束於戰自的陽電子炮內，狙擊手為真嗣，麗駕駛零號機執行防禦任務。於是，使徒加粒子炮與陽電子炮的兩束熱能交錯飛過，使徒被擊墜，而麗擋在了真嗣的面前。
這一話基本圍繞對第五使徒的攻防戰展開。在劇中的“八島作戰”來自於屋島合戰中，那須與一從岸上射落船上平氏的扇子這一故事。其次自古以來，日本列島就有“八島”（YASHIMA）的稱法，故由日本全土收集來的集束化能源射擊所包含的兩個意義，決定了這個作戰計畫的名稱。當然，最後的場面中真嗣將麗從融化了的零號機里救出後，麗說：“對不起，這種時刻，我不知道該用怎樣的表情面對你。”而真嗣的台詞是“我認為微笑就可以了”這段，在片中起到了相當好的平衡作用，是給人留下印象較深的部分。
副標題是Rei Ⅱ，這是有關麗的第二個劇本。
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第7話：人類製造的東西（人の造りしもの）
——A HUMAN WORK
1995年11月15日初映
腳本：夏戶洋可、庵野秀明
設計：杉山慶一、庵野秀明
演出：杉山慶一
作畫監督：鈴木俊二
由第二次浩劫引發的世界經濟的混亂與崩潰，至2015年亦無法完全恢復。此時的日本經濟。由於水位上漲，平野被淹沒，工業生產的確是遭到了致命的打擊。然而，國土復興的工程所消耗的物資，簡直就是天文數字，所以日本政府與民間企業，一直將吞食了大量資產的對使徒軍事企業視為大敵，故始終都在尋找可替代NERV的廉價企業。除了政府外，也有許多其他組織看不慣NERV的（如第11話原因不明的大停電）。由於EVA對付使徒的效率不彰，而且常常造成重大的”災害”，為此民間團體也推出了迎擊使徒專用無人駕駛機器人JA。美里與律子也受到了邀請，律子對JA的設計及性能提出質疑，但是反被嘲笑EVA 的功能不佳，像個大玩具一樣。美里猛踢衣櫃出氣，律子則靜靜的用打火機把說明書燒掉。在宴會後的試運轉中，JA突然陷入了操作不能的狀態，美里單身冒著JA爐心熔解的危險，進入JA內部關閉系統，但作業系統的密碼，已被人刪改。幸而在初號機的配合下，終於推出了JA的操作棒才幸免於難。這場看似意外的事件，美里心裡也很明白，JA的暴走及被刪改的程度，都是NERV所為。
赤木律子之所以會放心的讓葛城去阻止JA，是因為她確信JA會在爆炸前恢復正常，因為結尾她說：“除了葛城一尉的行動外，一切都照劇本進行。”也就是說，沒有葛城去阻止的話，JA一樣會停止。葛城自己也說：“奇蹟是被某人準備好的。”
人類製造的JA，以及美里用命作賭注去關閉它，是本集副標題A HUMAN WORK的兩種含義。
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第8話：明日香的來日（アスカ、來日）
——ASUKA STRIKES！1995年11月22日初映
腳本：薩川昭夫、庵野秀明
設計：通口真嗣
演出：鶴卷和哉
作畫監督：本田雄
從德國的NERV第三支部，送來了EVA二號機。在擔負護送任務的太平洋艦隊，美里與真嗣一行初次面對第二適格者明日香，此外美里以往的戀人加持良治也同乘返回日本。途中，艦隊遭到水中的第六使徒的攻擊，明日香將真嗣拉入二號機駕駛艙後一同出擊，但裝配著無法進行水下攻擊的B型裝甲的二號機，很快就被使徒吞入口中。美里提出零距離射擊計畫，眾人擺脫困境並將使徒殲滅。
次日，明日香亦轉入了真嗣所在的班。
第八、九話設計稿的工作，庵野監督請來了因擔任《GAMERA、大怪獸空中決戰》的特技監督而聞名的通口真嗣來執任，希望近幾集能擺脫數集來營造成的沉悶氣氛，搞出比較輕快的作品。通口氏原在《蘭寶石之謎》的時期就與庵野監督合作過，他對於明日香類型的性格亦比較有見解。最後，如其所望，本集成為了EVA 系列中最為輕快的一集，而且有自己獨特的色彩。值得一提的是，負責明日香配音的宮村優子，為了這個角色還特地去上了德語的補習班。
副標題中的STRIKES，了解明日香性格的人，一定不難理解吧。
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第9話：心在瞬間重疊了（瞬間、心、重ねて）
——Both of You.Dance Like You Want to win！1995年11月29日初映
腳本：薩川昭夫、庵野秀明
設計：通口真嗣
演出：水島精二
作畫監督：長谷川真也
剛到班上不久的明日香，成為了最受歡迎的人物。不過明日香對中學生沒興趣的樣子，情書都被狠狠地踩一腳（便鞋上還要寫名字？）。麗實在是對周遭的事陌不關心，明日香擋到她的光線，她竟只有移開一點， 頭都不抬一下，明日香以挑釁的語氣跟麗說：“好好相處吧。”麗竟然回答：“為什麼？”“有命令我就會去做。”
在紀伊半島海灣出現了持有分離合體功能的第七使徒，配合不協調的明日香與真嗣，立即遭到戲劇般的攻擊。經分析，只有同時擊中分離的兩個使徒核才能消滅第七使徒。於是，美里將明日香亦領回家來與真嗣同住，並進行協調統一的特訓。數日後在戰場上，需要在62秒的音樂結束之前擊潰使徒，兩人配合完璧的“舞蹈”堅持至最後數秒時崩潰，但使徒已被消滅。
這一話就是有名的62秒戰爭，進行的節奏很快，音樂性很強，相當的精彩。與使徒作戰時的BGM （背景音樂）已收入原創音樂CD的Vol.2里。跟隨音樂，初號機與二號機舞蹈般的攻擊感覺十分理想。此外，迎擊要塞的系統與兵器也展現了不少，科幻迷也為之欣喜。在TV播放之前，曾作過錄像處理，適當調整了時間速度，使臨場感有所增加。
副標題是Both of You.Dance Like You Want to win！——想獲取勝利，就需兩人一起跳舞。
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第10話：熔岩潛行者（マグマダイバ-）
——MAGMADIVER1995年12月6日初映
腳本：薩川昭夫、庵野秀明
設計：加賀ツヨシ、庵野秀明
演出：加賀ツヨシ、石堂宏之
作畫監督：重田智
在淺見火山熔岩中發現了第八使徒的幼體。由明日香來執行首次使徒捕獲作戰。二號機裝備了耐熱耐壓的D型裝備後潛入熔岩一千米以下成功地捕捉了使徒的幼體，但在上升過程中，幼體開始急速乳孵化，作戰計畫不得不有捕捉更改為殲滅。在熔岩中苦戰的明日香受到真嗣提出有關“熱膨脹”原理的問題的啟發，利用冷卻液成功地消滅了使徒。
對於謎之敵“使徒”的生態描寫，在這個劇本中是很有特色的。在高溫高壓的惡劣環境中，使徒幼體的外形，看上去就象是人類的胎兒以及由加持從德國帶回來的“亞當最初形態”。孵化後，其外形與生態都起了很大改觀，除了在熔岩中高速移動外，亦可張開口！如果將以後的第十三使徒拿來共同分析的話，猜想使徒的進化狀況與其所處的環境是有關的，再一個例子就是第六使徒，其外型如同古生代的魚類。
在測定使徒時畫面上所寫的“ANALYSIS PATTERN ．BLOOD TYPE．BLUE”一文出自庵野監督所敬愛的岡本喜八監督的科幻電影《藍色聖誕節》（BLOOD TYPE BLUS ）。EVA的“更衣室”里居然還掛著巨大的“衣架”，機器設定真是到處都是惡趣味。
副標題中的MAGMA即是熔岩，整個詞譯為“熔岩潛行者”，指的當然是潛入淺見火山熔岩內部的二號機。關於這個詞的來源，是科幻小說SUNDIVER。
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第11話：在靜止的黑暗中（靜止した暗の中で）
——The Day Tokyo-3 Stood Still1995年12月13日初映
腳本：夏戶洋司、庵野秀明
設計：摩砂雪
演出：渡邊哲哉
作畫監督：河口俊夫
在一次實驗中，NERV本部的電力供應忽然中斷，僅有的後備電力被用於維持MAGI系統。正當NERV處於一片混亂時，第九使徒由海岸登入。與第三新東京市內的真嗣、麗與明日香，聽到國聯的警報後，努力尋找可到NERV的通道。同時，元渡他們用自己的手為EVA的發進作好了準備。三機發進後，聯合作戰成功地擊毀使徒。
這次劇本所主要描寫的，是受到來自人類陰謀破壞而陷入危機的NERV，與第七話有一定相呼應之處。作畫系有不少新手加入，也嘗試著加入一些與EVA 系列不同的作畫手法。 導入部分從NERV職員們的日常生活開始，強調了作品的生活氛圍。之後，對於日常（可使用電器的狀態）與非日常（不能使用電器的狀態）的描寫，暗示人類社會是建立在脆弱的基礎之上。
副標題的意思是“第三新東京市停止之日”。這個標題是從科幻電影《地球停止之日》置換而來。曾使用過類似標題的，還有橫山光輝原作的《巨大機器人》。
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第12話：奇蹟的價值是（奇蹟の價值は）
——She said，"Don't make others suffer foryour personal hatred."
1995年12月20日初映
腳本：薩川昭夫、庵野秀明
設計：摩砂雪
演出：石堂宏之
作畫監督：重田智
美里被晉升為三佐，劍介他們特意搞了聚會慶祝。這時，在衛星軌道上出現了迄今為之最大的一個使徒，它的本體，在探測到NERV的位置後照準加速墜落下來。在源堂不在的情況下，美里制訂了用EVA三機共同利用A · T ·FIELD抵擋的計畫並取得成功。為此，源堂從南極發回了賀電，真嗣也因此找到了“ 乘坐EVA戰鬥的理由”。好不容易打贏了第九使徒，美里本來說要帶三個小孩吃大餐，可惜天性懶散的她沒錢了，最後被拖去吃路邊攤拉麵。這種安排其實比她們吃大餐要溫馨得多，第一次看到麗與她們交際（吃大餐的話她就不去，因為她討厭肉）。
從這一話里，可以發現“第二次浩劫”的可疑之處，而美里的過去，也隨之慢慢地展現在觀眾面前。
副標題的意思是“不要因為你的個人恩怨導致別人受苦”。這句話是美里制訂下與MAGI所不同的作戰方案後，赤木律子在洗手間對美里所說的。
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第13話：使徒侵入（使徒、侵入）
——LILLIPUTIAN HITCHER1995年12月27日初映
腳本：磯光雄、薩川昭夫、庵野秀明
設計：岡村天齋
演出：岡村天齋
作畫監督：黃瀨和哉
NERV本部在進行模擬體測試實驗時，於蛋白壁上發現異常，經MAGI判明為細菌規格的第十一使徒。該使徒能夠急速分裂、增殖，控制模擬體後開始侵蝕MAGI系統，並提速NERV自爆。
對此，律子進入MAGI尚未被侵蝕的CASPER·3，依靠她母親的殘存記憶為使徒寫入了自滅促進程式，之後，使徒殲滅。
這一劇本中理論的篇幅較大。真嗣與美里這類易被感情支配的角色出場比較少，但平日裡冷靜的律子這次卻有大發揮。劇中源堂有一句台詞是“進化的終點就是死亡”，曾任人工進化所所長的他的這句話，究竟有何含義呢？……
絕大多數人都應該知道“小人國曆險記”的故事吧，副標題中的LILLI-PUTIAN指的就是小人國的人類。真不知道體型巨大的EVA如何去應付這種細菌規格的使徒。
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第14話：靈魂，魂之座（ゼ-レ、魂の座）
——WEAVING A STORY
1996年1月3日初映
腳本：庵野秀明
設計：庵野秀明
演出：大冢雅彥
作畫監督：鶴卷和哉
人類補完委員會召開了特別召集會議，對NERV的成績作總結。對於使徒侵入一事，碇源堂予以否認。與此同時，機體互換實驗正在進行中。麗可順利乘坐初號機，但真嗣卻受到了來自零號機的精神污染。又一次陷入暴走狀態的零號機，拚命地攻擊觀察室的窗戶。這樣的情形，在美里的心裡引起了不少的疑問，但律子卻對於暴走的原因予以保留。
上半集的片子，可以說是EVA全劇上半部分的總集篇，但也加入了不少新的情報。下半集中有不少發人深思的台詞，近結尾時，零號機持著隆基亞斯之槍走向莉莉斯。於是，不少新的謎團又被引發出來。黑底白字的解說字幕，在系列中出現最多，分鏡頭也一樣，可以說這一話的構成與編輯都做得十分辛苦。
副標題可以理解為“總集篇”。
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第15話：謊言與沉默（噓と沈默）
——Those women longed for the touch of
other's lips and thus invited their kisses
1996年1月10日初映
腳本：薩川昭夫、庵野秀明
設計：甚目喜一
演出：羽生尚靖
作畫監督：鈴木俊二
在京都的廢屋裡與一個奇怪的女性交談後，加持良治依舊執行他對NERV的偵探工作。第二日，真嗣與源堂一起來到唯的墓前，明日香則去應付約會。晚上，美里、律子與加持一同參加了友人的結婚宴會，在回來的途中，美里向加持吐露了自己的心聲。翌日，在進行間諜工作的加持被美里發覺，於是，加持將她帶到了被NERV隱藏的莉莉斯面前。到了這個劇本時，美里與加持的關係已經很明了了。依舊思慕加持的美里，在她面前，友人們結婚的事實使她動搖。加持與謎之女性的密會以及在類似於腦與脊髓裝置中的麗，為這一話增添了神秘色彩。
本話中分別有美里與加持、真嗣與明日香的接吻場面，當然性質是不同的。“那些女人強烈地渴望得到他人的親吻”，這個副標題在全系列中是最長的。
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第16話：導致死亡的病、而且（死に至る病、そしで）
——Spilitting of the Breast
1996年1月17日初映
腳本：山口宏、庵野秀明
設計：鶴卷和哉
演出：鶴卷和哉
作畫監督：長谷川真也
在EVA的同步測試中，真嗣超越了明日香。因此，他信心百倍地去迎擊出現的第十二使徒，結果被使徒的虛像所迷惑，落入了使徒本體的虛數空間。由於無法脫離，真嗣將生命維持系統打開，等待救援。十六小時後，生命維持到達限界，在模糊的意識中，真嗣似乎看到了母親。另一方，律子打算犧牲真嗣來回收初號機，但使徒忽然被初號機撕裂開來。
這一劇本的重心，在於被封入虛數空間後真嗣唯物的自問自答。設計時採用了許多例如在黑底色上抽動的白線之類的抽象畫面。“導致死亡的病”這一標題來自於丹麥思想家基爾肯格爾的著作。他反對當時的合理主義思想哲學，認為人應當在永遠與時間、無限與有限、必然與自由、愛與憎之中尋求真正的自我，是20世紀的現實主義的先驅。
副標題是心理學用語，與第18話的副標題共同指代真嗣的不同精神狀態。
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第17話：第四適格者（四人目の適格者）
——FOURTH CHILDREN
1996年1月24日初映
腳本：通口真嗣、庵野秀明
設計：オグロアキラ
演出：大原實
作畫監督：花煙まう
EVA四號機的S2機關搭載實驗在美國進行。結果美國的NERV第二支部與其半徑89公里以內的設施從此消失。為此，剩下的三號機的啟動實驗，轉至日本的松代進行，而且駕駛員將由新挑選的第四適格者來擔任。只是那個青年的名字，令美里擔心。後日上課時，鈴原東治被傳喚至校長室，回來之後，他似乎變成了另一個人。
這一話的主角是東治。被選為第四適格者後，他心情的孤獨與動搖，沒使用獨白也充分地表現了出來。同時，描寫洞木光對他的愛慕在此時亦最為合適。雖然有些殘忍，但給觀眾的感觸很深。
副標題是“第四適格者”。不過為何使用複數形式呢？等到第23話就可以明白了。
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第18話：命的選擇（命の選擇を）
——ambivalence
1996年1月31日初映
腳本：通口真嗣、庵野秀明
設計：岡村天齋
演出：岡村天齋
作畫監督：黃瀨和哉
三號機運到後，美里也前往松代指揮啟動實驗，但她沒能告訴真嗣有關東治的事。實驗中，三號機失控，原因是被第十三使徒寄生。 EVA三機出動攔截使徒，零號與二號機相繼被擊敗。真嗣得知三號機內有駕駛員後拒絕執行任務。於是元渡命令打開初號機的模擬作戰系統，將三號機撕成了碎片。當得知三號機駕駛員仍生存而稍得安慰的真嗣看到工作人員抬出了奄奄一息的東治時，他發出了絕望的悲鳴。
本劇本開始後，就沒有從東治的視角來描寫，直至最後一個畫面受傷的東治被抬出，沒有一個他出現的場面。這樣做的目的是為了與前一話對應。但雖然如此，觀眾仍然能感受到三號機中的東治以及他的不安感，這感覺貫穿著本話的始終。可以說，這是本話最成功的地方。
源堂開啟模擬作戰系統，即讓初號機以以往暴走的狀態去攻擊，或者說，就是使用類似使徒的攻擊方式。其殘酷的一面，不僅使真嗣的心靈深受打擊，也給觀者帶來很大的衝擊感。
副標題AMBIVALENCE 的意思是“同時持有兩種相互矛盾的思想的狀態”。攻擊使徒卻又不能傷著人，大概就是這樣的矛盾吧。
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第19話：男人的戰鬥（男の戰い）
——INTROJECTION
1996年2月7日初映
腳本：薩川昭夫、庵野秀明
設計：摩砂雪
演出：摩砂雪
作畫監督：木田雄
震怒的真嗣叫喊著要破壞NERV本部，源堂立即調高了LCL的濃度使真嗣窒息，這才收回初號機。被逮捕後的真嗣決意再也不乘坐EVA了。不久，第十四使徒襲來，二號機被破壞，零號機的特攻亦無效。在避難中，真嗣在花園中遇到了加持。在加持的引導下，真嗣再次坐上初號機，對已侵犯至發令所的使徒發起了猛攻，但在幾欲勝利的瞬間，內部能源耗盡。就在真嗣又一次陷入絕望時，初號機再啟動，以400%的同頻率將使徒擊倒，並且，像野獸一樣吞食著使徒的屍體。
經過十七、十八話，這一話已將劇情提到了最高潮，令人有迫近最終回的感覺。初號機覺醒後的行動，使觀者不寒而慄。
副標題INTROJECTION是心理學用語，意思是“將別人的態度或思想內向投射”。
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第20話：心的容貌，人的容貌（心のかたち，人のかたち）
——WEAVING A STORY 2 oral stage
1996年2月14日初映
腳本：庵野秀明
設計：鶴卷和哉、庵野秀明
演出：大冢雅彥
作畫監督：鶴卷和哉
同頻率400%的真象，是真嗣的肉體與初號機融合的結果。經調查，真嗣已溶解於LCL之中。於是，律子忙著布置營救真嗣的計畫，但似乎在十年前就已有過類似的營救計畫失敗。經過了一個月的時間，駕駛艙被打開，流得滿地的LCL中，只有真嗣的作戰服。而正當美里抱著真嗣的衣服痛苦萬分時，真嗣的身體又復原了。兩天后，加持與美里在旅館中密會，加持將裝有“最後的禮物”的膠囊，交給了美里。
沿續著前一話的內容，由EVA中真嗣的自我以及EVA以外的營救工作的兩個方面同時進行。
最令人疑惑的是當瑪亞向律子問及為何如此了解營救計畫的過程時，律子的回答是“以前亦曾進行過，但失敗了”。
營救出真嗣後美里與加持的密會中，加持給美里的膠囊里亦隱藏著不少秘密。而從加持的態度來看，似乎也有什麼大事要發生……
本話對劇中人物心理的描寫起到了至關重要的作用。
副標題是“總集篇2：口唇期”。 “口唇期”是心理學家弗洛伊德提出的理論，其意為“幼兒受乳時感到快感，所以會產生喜愛吮手指的反應”。
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第21話： NERV、 誕生 （ネルフ、誕生）
——He was aware that he was still achild
1996年2月21日初映。
腳本：薩川昭夫、庵野秀明
設計：甚目喜一
演出：石堂宏之
作畫監督：重田智
SEELE綁架了冬月，力圖從他那兒了解NERV的真實情況。面對質問，冬月回憶起許多往事……1999年任大學講師時初次見到碇元渡、2000年的“第二次衝擊”、人口進化研究所、以前的學生、後成為元渡妻子的碇唯之死、赤木尚子博士的死亡與NERV的誕生……不久，冬月被加持救出，但加持……
敘述NERV的一些往事的這一劇本，看似為觀眾解答有關NERV的問題，但實質上卻是設下了更多的謎團。
在這一話中，真嗣的母親碇唯與律子的母親尚子有出場，而且大家也可以看到元渡及冬月他們年輕時的樣子。至此，除了剩下的三個使徒，EVA的相關人物已經全部出場過了。碇元渡之所以靠近碇唯，據說是因為唯的才能以及她身後的神秘組織SEELE。此外，原先討厭元渡的冬月後來為何究竟會為何成為元渡的得力助手呢？……
副標題是“他被告知他仍是一個孩子”。在這一話的最後，面對聽了加持電話留言而痛苦不已的美里，真嗣感到他自己“什麼也做不了，什麼也說不出，自己還只是個孩子”……
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第22話 至少要象個人（せめて、人間らしく）
——Don't Be
1996年2月29日初映。
腳本：山口宏、庵野秀明
設計：鶴卷和哉
演出：高村彰
作畫監督：森木植
天才少女明日香，從小就背負著有一個自殺的、精神失常的母親的命運。隨著近來明日香的同步值不斷下降，她擔心自己被強迫調離EVA駕駛崗位的日子也會隨即而來。於是，第十五使徒出現時，她便不顧命令主動出去迎擊使徒。但在受到使徒的精神攻擊後，她的精神幾欲崩潰，無法作戰。最後，由麗駕駛零號機使用隆基亞斯之槍將位於衛星軌道上的使徒擊潰。
明日香的過去，也在這一話中探明。但那卻是明日香所不堪回首的痛苦經歷，所以她將其緊緊地封鎖在心靈的深處，並以自信與高傲來掩蓋這一切。為了表明自己存在的意義，她努力地去駕駛EVA，但被真嗣超越以及近來的不斷的失利使她懊惱。這一話中還被她最討厭的麗所解救這一點使她的自尊心完全破裂。
副標題是“不需要存在”，這對明日香來說是十分殘忍的，是她所無法克服的心的障礙。
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第23話 淚（淚）
——Rei III
1996年3月6日初映。
腳本：山口宏、庵野秀明
設計：鶴卷和哉、庵野秀明
演出：增尾昭一
作畫監督：鈴木俊二
只要接觸到，就連精神也會被其侵食的第十六使徒，將綾波麗的零號機捕獲，而明日香因為同步值低下而無法操作二號機。於是，元渡啟動凍結中的初號機去為麗解圍。但是，麗為了保護真嗣，開啟了自爆程式與使徒同歸於盡。而當真嗣正為此痛苦的時候，麗又出現在他面前……
當夜，因被元渡出賣、意志消沉的律子，將真嗣與美裡帶到了製造麗的器械面前……
這次是麗的第三個劇本，有關麗的疑問被解答了一部分。同時，另一位角色EVA開發者律子博士的命運亦有明確的表示。此外，對於NERV許多不可告人的秘密，美里也開始選擇出自己的道路。而對真嗣而言，他所無法理解的事實在太多了……
隨著麗的再出現，相信大家也能明白為什麼要用CHILDREN了吧？
副標題是繼第五、六話之後，綾波麗的第三個劇本。
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第24話 最後的死者 （最後のシ者）
——The Beginning and the End, or Knodkin' on Heven's Door
1996年3月13日初映。
腳本：薩川昭夫、庵野秀明
設計：摩砂雪、庵野秀明
演出：摩砂雪
作畫監督：摩砂雪
第三新東京市，在多次經受使徒侵襲之後，到處是戰鬥遺留下來的廢墟。在夕陽西沉的湖邊，真嗣遇見了一位少年，他就是由SEELE送來的第五適格者－－渚薰。經過心靈的溝通，真嗣對這位少年產生了好感，但渚薰的真實面目卻是第十七使徒。他帶領著二號機，來到NERV地下的亞當處。但在追來的真嗣面前，他卻要求真嗣將他殺死……
在系列節目的開始就設定了這個人型的使徒－－渚薰。據說原本打算早幾話就讓他出場的，但根據作角色設計的貞本義行先生的意思，想讓這位角色顯得更為珍貴一些。結果，雖然只是在一話中出場的配角，卻在96年角川NEW TYPE讀者人氣角色排行榜中排在男性角色的第三位，由此可見角色設計的成功之處。
第二十四話中有關渚薰的畫面設計，都是由副監督摩砂雪來作畫，而真嗣的部分也由貞本義行來出馬，在製作上也是下了較大力量的。
副標題是“開始與結束，敲擊天國的大門”這句話意味著尋求死亡的渚薰。“開始與結束”可能是表示“生與死”。
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劇場版
真25話：使徒新生（シト新生） 劇本
1997年3月19日初映
第十七使徒被消滅後，NERV的工作似乎已經結束，各個部門的職員們正在祥和的氣氛中談論以後的去向。這時，NERV本部突然遭到了戰略自衛隊（後簡稱戰自）的襲擊。原來戰自得到訊息稱NERV企圖引發“第三次浩劫”，於是他們標榜著“保護全人類”的口號對NERV的工作人員進行了慘無人道的大屠殺。
殺死了渚薰以後，碇真嗣無法再振作起來，整天沉浸在痛苦的思考中，無心去應付戰自以及來自人類補完委員會的EVA量產機的攻擊……
精神崩潰了的明日香失去了生存的意志，但當受到戰自的威脅、生命危在旦夕的瞬間，她感受到了EVA機中母親的存在，並在駕駛艙內見到了母親的笑顏。突破了心之障礙的明日香覺醒過來，與戰自以及EVA量產機展開了殊死的戰鬥……
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真26話：天空／為你現出真心（Air／まごこる、君に） 劇本
1997年7月19日初映
為了與碇唯再會而被製造出來的綾波麗，在與碇源堂約定之時，來到了NERV底層中央教條的紅色水池邊。無論是作為容納碇唯靈魂的容器或是“人類補完計畫”的道具，她的命運也會就此結束（再生？），而已感到自我靈魂存在的麗的抉擇是……
在戰自的攻擊之下，葛城美里不但要完成加持良治未完成的對“第二次浩劫”真相以及“人類補完計畫”的探查工作，還要保護真嗣與明日香以及防備Seele 對初號機與二號機的物理接觸，她的忙碌直至被戰自的流彈擊中為止。
出於對碇源堂的憎恨，赤木律子接受了Seele引爆MAGI的提案，但擁有赤木尚子思維方式的MAGI選擇了碇源堂而放棄了自己的女兒，拒絕了自爆的提議。之後，律子被源堂射殺……
根據《死海文書》所記載，十數年後一定會引起第三次浩劫，Seele需要所有的EVA去完成《人類補完計畫》。他們一方面告知戰自NERV企圖引發第三次浩劫，挑動戰自攻擊NERV，另一方面指揮量產機與EVA作戰。Seele使用如此殘虐的手段，其目的是——改變人類物質存在方式的通過儀式。
長期與Seele共事的碇源堂、冬月幸增、碇唯，為了防止人類“最終的悲劇”，將人類引導入“新的世界”而醞釀了他們自己的“人類補完計畫”。碇唯於2004年作為“被試驗者”在試驗中消失，十年後，源堂與冬月希望通過麗與莉莉斯的融合去補完人類，但在那之前，源堂希望能與碇唯相聚……
“人類補完計畫”實行——除真嗣與明日香之外，全人類失去了物質形態與絕對領域，融合成了一個整體
