圖書簡介
編碼問題是DNA計算中的基本問題，也是關鍵問題。在DNA計算模型中，數據通過DNA編碼表示，數據計算和處理通過DNA分子間的特異性雜交來完成，DNA編碼質量直接影響DNA計算的精確度。本書介紹了DNA計算模型和套用，闡述了DNA計算的編碼問題，針對編碼方法展開討論，研究了線性編碼方法以及構造和計數問題，研究了模板、模板框和單模板等編碼方法，最後建立了DNA解鏈溫度的預測模型。
本書適合從事DNA計算及相關領域的科研人員參考，也可以供高校、科研機構的研究生學習參考。
目錄
第Ⅰ部分高可用性體系結構與集群
第1章高可用性和可伸縮性概述 3
1.1高可用性 4
1.1.1高可用性術語 4
1.1.2計畫內與計畫外停機 5
1.1.3端到端視角 6
1.1.4停機時間的成本 6
1.1.5構建冗餘組件 9
1.1.6實現高可用性的常用解決方案 10
1.1.7集群、冷故障轉移和熱故障轉移 10
1.1.8高可用性選項的優缺點 13
1.2可伸縮性 14
1.3OracleRAC解決方案 14
1.4新興趨勢 15
1.5小結 16
第2章集群的基礎知識與歷史 17
2.1用集群實現格線計算 19
2.2集群中的共享存儲 22
2.3OracleRAC的歷史 27
2.4Oracle並行伺服器體系結構 29
2.5OPS資料庫的組件 30
2.5.1集群組服務(CGS) 31
2.5.2分散式鎖管理器(DLM) 31
2.5.3Oracle並行伺服器中的鎖定概念 32
2.5.4快取融合第1階段，CR伺服器 36
2.5.5Oracle並行伺服器的局限性 37
2.6OracleRAC解決方案 38
2.6.1可用性 38
2.6.2可伸縮性 38
2.6.3可負擔性 39
2.7小結 39
第3章OracleRAC體系結構 41
3.1單實例環境與OracleRAC環境的對比 42
3.2OracleRAC組件 43
3.2.1共享磁碟系統 44
3.2.2Oracle集群件 50
3.2.3Oracle集群件組件 50
3.2.4聯網棧組件 61
3.3Oracle核心組件 65
3.3.1全局快取和全局佇列服務 65
3.3.2全局資源目錄 65
3.3.3OracleRAC後台進程 66
3.4小結 71
第Ⅱ部分安裝、配置和存儲
第4章OracleGridInfrastructure的安裝 75
4.1安裝之前的任務 77
4.1.1配置網路 77
4.1.2設定組和用戶 79
4.1.3配置共享存儲 80
4.1.4保護外殼和用戶限制配置 82
4.1.5配置核心參數 83
4.1.6Oracle驗證配置RPM 84
4.1.7運行集群驗證實用工具 84
4.1.8OracleGridInfrastructure的安裝 88
4.1.9安裝OracleGridInfrastructure 91
4.2小結 108
第5章OracleRAC的安裝 109
5.1OracleRAC的安裝 111
5.2小結 127
第6章自動存儲管理 129
6.1有關自動存儲管理的一些事實 130
6.1.1ASM的物理限制 131
6.1.2操作中的ASM 131
6.1.3ASM的組成模組 134
6.2ASM管理 138
6.3ASM工具 152
6.3.1ASMCA：ASM配置助手 152
6.3.2ASMCMD：ASM命令行實用工具 152
6.3.3ASMFTP實用工具 153
6.4ASMLib 154
6.4.1安裝ASMLib 154
6.4.2配置ASMLib 155
6.5小結 156
第Ⅲ部分OracleRAC管理
第7章OracleRAC基本管理 159
7.1初始化參數 160
7.1.1特有參數 161
7.1.2相同參數 163
7.1.3實例特有的參數 166
7.1.4管理參數檔案 167
7.2啟動和停止實例 168
7.2.1使用srvctl啟動/停止實例 169
7.2.2使用SQL*Plus啟動/停止實例 169
7.2.3使用SRVCTL在OCR中註冊單實例資料庫 170
7.3管理撤銷 170
7.3.1自動撤銷管理 170
7.3.2手動撤銷管理 171
7.4管理臨時表空間 171
7.5管理在線上重做日誌 172
7.6啟動閃回區域 174
7.7用SRVCTL管理資料庫配置 175
7.8管理資料庫對象 178
7.8.1管理表空間 178
7.8.2管理序列 178
7.8.3管理表 178
7.8.4管理索引 179
7.8.5SQL命令的範圍 179
7.8.6資料庫連線 179
7.9小結 180
第8章OracleRAC高級管理 181
8.1理解服務 182
8.2管理服務 186
8.3管理SCAN 189
8.4管理集群就緒服務 190
8.4.1集群件的啟動過程(Oracle11gR1) 190
8.4.2集群件的啟動順序 191
8.4.3Oracle集群件自動啟動 195
8.4.4Oracle集群件手動啟動 195
8.4.5啟動和停止CRS(Oracle11gR2) 195
8.4.6驗證CRS 196
8.4.7禁用和啟用CRS 197
8.4.8CRS實用工具 197
8.5管理OCR 205
8.6管理Oracle本地註冊表 207
8.7管理表決磁碟 207
8.8小結 208
第9章OracleRAC備份與恢復 209
9.1備份簡介 210
9.2Oracle備份基礎知識 211
9.3OracleRAC中的實例恢復 213
9.3.1重做執行緒和重做流 214
9.3.2重做記錄和修改向量 214
9.3.3檢查點 214
9.4崩潰恢復 216
9.4.1崩潰恢復步驟(單實例) 216
9.4.2OracleRAC中的崩潰恢復 216
9.5實例恢復 217
9.5.1OPS中的實例恢復 217
9.5.2OracleRAC中的實例恢復 218
9.6崩潰恢復和介質恢復 218
9.6.1限定恢復 219
9.6.2寫塊記錄(BWR) 219
9.6.3過去映像(PI) 219
9.6.4兩步恢復 220
9.6.5快取融合恢復 221
9.7動態再配置和關聯性主控切換 222
9.7.1OracleRAC中的快速再配置 222
9.7.2快取融合恢復內幕 225
9.8表決磁碟和OCR的備份與恢復 228
9.8.1表決磁碟的備份和恢復 228
9.8.2OCR的備份和恢復 229
9.9小結 231
第10章OracleRAC性能管理 233
10.1OracleRAC設計考慮事項 234
10.1.1Oracle最佳設計實踐 234
10.1.2OracleRAC特有的最佳設計實踐 235
10.2工作量分區 236
10.3可伸縮性與性能 236
10.4為OracleRAC資料庫選擇塊大小 238
10.5使用自動段空間管理 238
10.6V$和GV$視圖介紹 239
10.7OracleRAC等待事件 240
10.8全局快取統計信息 252
10.9全局快取服務時間 255
10.10OracleRAC中的佇列調優 258
10.11OracleAWR報表 259
10.11.1AWR報表解讀 260
10.11.2GCS和GES訊息傳送統計部分 264
10.11.3STATSPACK 266
10.11.4ADDM 266
10.12集群互聯調優 267
10.12.1驗證正在使用專用互聯 267
10.12.2互聯延遲 268
10.12.3驗證網路互聯未飽和 269
10.13小結 269
第Ⅳ部分OracleRAC中的高級概念
第11章全局資源目錄 273
11.1資源與佇列 274
11.1.1授權與轉換 275
11.1.2鎖與佇列 276
11.2快取一致性 276
11.3全局佇列服務 277
11.3.1鎖存器與佇列 277
11.3.2全局鎖資料庫和結構 279
11.3.3OracleRAC中的訊息傳送 282
11.4全局快取服務 285
11.4.1鎖模式與鎖角色 286
11.4.2一致性讀取處理 289
11.4.3GCS資源主控 292
11.4.4主讀鎖定 294
11.5小結 299
第12章快取融合的深入探討 301
12.1快取融合中的關鍵組件 303
12.1.1ping 303
12.1.2延期ping 304
12.1.3過去映像(PI)塊 304
12.1.4鎖主控 305
12.1.5爭用類型 305
12.2快取融合I或一致讀伺服器 305
12.3快取融合II或寫/寫快取融合 308
12.3.1操作中的快取融合 310
12.3.2快取融合演練 316
12.3.3資源主控和主控切換 334
12.4後台進程和快取融合 335
12.4.1LMON：鎖監控器進程 335
12.4.2LMS：鎖管理器伺服器 335
12.4.3LMD：鎖管理器守護進程(LMDn) 336
12.4.4LCKn：鎖進程(LCK0) 336
12.4.5DIAG：診斷守護進程(DIAG) 336
12.5小結 336
第13章工作量和連線管理 337
13.1工作量分發與負載均衡 338
13.2負載均衡和Oracle網路服務 340
13.2.1客戶端負載均衡 340
13.2.2伺服器端負載均衡 344
13.3透明應用程式故障轉移 346
13.4工作量管理 353
13.4.1Oracle服務 353
13.4.2負載均衡 355
13.4.3高可用性功能 359
13.5小結 367
第14章OracleRAC故障排除 369
14.1安裝日誌檔案 370
14.2OracleRDBMS中的日誌目錄結構 370
14.3OracleGridInfrastructure中的日誌目錄結構 372
14.4OracleGridInfrastructure安裝失敗時的故障排除 373
14.5資料庫警告日誌的內容 375
14.6RAC的開與關 379
14.7資料庫性能問題 380
14.8調試節點逐出問題 383
14.8.1集群健康監控器 385
14.8.2實例成員資格恢復 386
14.9Oracle集群件模組的高級調試 393
14.10調試OracleRAC中的各種實用工具 395
14.11小結 396
第Ⅴ部分部署OracleRAC
第15章擴展OracleRAC以實現最大可用性 401
15.1擴展的好處 403
15.1.1全面利用資源 403
15.1.2極快速恢復 403
15.2設計考慮事項 403
15.2.1光速 403
15.2.2網路連通性 404
15.2.3快取融合性能 405
15.2.4數據存儲 405
15.3常用數據鏡像技術 406
15.3.1基於陣列的鏡像 406
15.3.2基於主機的鏡像 407
15.3.4ASM優先讀取 408
15.3.5擴展集群中的挑戰 408
15.4擴展OracleRAC的局限性 409
15.5擴展OracleRAC與Oracle數據衛士的對比 409
15.6小結 410
第16章為OracleRAC開發應用程式 411
16.1應用程式分區 414
16.2數據分區 416
16.3緩衝區繁忙等待/塊爭用 418
16.4索引分區 419
16.4.1緩衝區繁忙等待：索引枝節/葉塊爭用 419
16.4.2有序哈希集群 421
16.5處理序列 422
16.5.1CACHE和NOORDER 422
16.5.2CACHE和ORDER 423
16.5.3NOCACHE和ORDER 423
16.5.4最佳實踐：為每個實例使用不同序列 423
16.6連線管理 424
16.7全表掃描 425
16.7.1識別全表掃描 425
16.7.2互聯協定 426
16.8分析中的庫快取效果 428
16.9提交頻率 428
16.10小結 429
第Ⅵ部分附錄
附錄AOracleRAC參考 433
附錄B添加和刪除集群節點 461
附錄C參考文獻 467
