線路歷史
上世紀90年代，106路開通投入運營（梵天寺站←→胡里山站）。
659路2007年05月13日起，廈門公交集團公交線路最佳化調整運營方案：原屬特運集團同安公交公司的618路公車和原屬市公交總公司的106路公車合併成廈59線（同安影視城站←→胡里山站），劃歸廈門公交集團同安公司經營。兩條線路併線，主要是為了整合現有的公交線路資源，避免資源浪費。併線後，廈59線運行車輛由25輛增加到30輛。
2007年08月09日起，原停靠梵天寺和同安影視城站的廈59線公車，其運行線路將更改為同安鳳凰城（岳口）往返於胡里山，早、末班的發車時間等均保持不變。廈59線原線路為同安影視城往返於胡里山，如果從胡里山出發，行駛至同安一中站時，按原線路須拐向輪山路，再停靠至梵天寺和同安影視城站。改線後的廈59線，當行駛至同安一中站時，它將繼續前行至環城東路，在停靠銀華站後，再右拐至同安鳳凰城（岳口）。
1、沿途站點：上行:同安岳口小區→銀華機械廠→同安中醫院→同安一中→小西門→停車場→新西橋→同興→安溪路口→祥橋路口→同安車站→環城西路→城南→燒灰→第三醫院(稽徵所)→泥山→西湖村→西埔路口→四口圳→後垵→西柯路口→食品開發區→潘塗→海英→蔡店→洪塘頭→天馬→東亭→龍鳳山莊→前占→TDK→僑英街道辦→集立→鳳林→後溪路口→孫厝→印斗路口(師範學院)→集美區ZF→高崎→埔仔→殿前→馬壠→塘邊→SM城市廣場→仙岳路口→呂厝北→蓮花路口東→蓮坂國貿→雙涵路口→火車站(梧村汽車站)→文灶→將軍祠→一中→實驗國小→第一醫院→雙十中學→鎮海路→大生里→博物館→理工學院[思明校區]→廈大西村→廈大醫院→廈大白城→胡里山。下行:胡里山→名仕→海濱宿舍→胡里山→廈大白城→廈大醫院→廈大西村→博物館→大生里→第一醫院→實驗國小→中山公園→一中→將軍祠→文灶→火車站(小廣場)→雙涵路口→蓮坂國貿→蓮花路口東→呂厝北→仙岳路口→SM城市廣場→塘邊→馬壠→殿前→埔仔→高崎→集美區ZF→印斗路口(師範學院)→孫厝→後溪路口→鳳林→集立→僑英街道辦→TDK→前占→龍鳳山莊→東亭→天馬→洪塘頭→蔡店→海英→潘塗→食品開發區→西柯路口→後垵→四口圳→西埔路口→西湖村→泥山→第三醫院(稽徵所)→燒灰→城南→環城西路→同安車站→祥橋路口→安溪路口→同興→新西橋→停車場→小西門→同安一中→同安中醫院→銀華機械廠→同安岳口小區。
2、跨段站點：同安岳口小區—天馬—高崎—胡里山
3、票價：上車2元，跨段遞增1元，全程4元 。
4、首末班時間：岳口小區首班05:25 末班21:40，胡里山首班06:05 末班21:40。
2009年08月13日起，接市交通改善辦通知，為緩解馬壠站列車化現象，進島方向的馬壠公交停靠站實行分站停靠，分為外側停靠站和內側停靠站，外側停靠同集路方向進島的廈59線公交線路。
2010年10月01日，廈門公交線路編號調整，廈門公交集團同安公司廈59線更名為659路（同安岳口小區站←→胡里山站）。
2010年10月15日至12月07日，環島幹道（文曾路—廈大段）白城高架橋進行封閉施工，廈門公交集團同安公司659路公交線路：由環島路行駛進入大學路方向需改道繞行演武大橋，大學路往環島路方向運行線路不變。單向減停站點：廈大醫院站。
2010年10月22日起，因高集海堤進行雙向封閉施工改造，廈門公交集團同安公司659路進出島線路改經廈門大橋進島，沿途停靠站點調整如下：增停大橋收費站與鐵路間輔道上的高崎站（新設）的線路。659路公交線路都減停原由集高海堤進島後停靠的高崎站，線路出島方向的線路走向和停靠站點不變。
2010年10月25日起執行，梧村汽車站（站前停靠站）實行分站停靠措施：659路進出島線路停靠里側站點（靠梧村汽車站）。
2010年11月19日起，因思明南路（壽山路—成功大道）路面工程改造施工，施工期間思明南路該路段改為單向通行，659路公交線路需改道繞行，具體如下：
第一階段：2010年11月23日至12月21日，東側施工道路封閉。
調整方案：線路由廈大往鎮海路方向行至思明南路成功大道路口，改為左轉成功大道，經民族路、鎮海路接原線路運行。返程運行不變。單向減停：大生里站；單向增停：婦幼保健院站和外貿宿舍站。
第二階段：2010年12月22日至2011年01月20日，西側施工道路封閉。
調整方案：線路由鎮海路往廈大方向行至思明南路壽山路口，改為右轉壽山路，經民族路、成功大道、思明南路接原線路運行。返程運行不變。單向減停：大生里、博物館站；單向增停：外貿宿舍站。
2011年02月28日至03月30日，因環島幹道（文曾路—廈大段）白城橋鋼箱梁吊裝施工期間，為確保全全，大學路（環島路往演武路方向）實施單向封閉。涉及的659路公交線路調整方案：由環島路往演武路方向繞行演武大橋，減停廈大醫院站；演武路往大學路方向運營線路不變。
2011年05月04日, 因思明南路（成功大道—演武路）路面工程改造施工，施工期間思明南路該路段改為單向通行，第一階段封東側開始施工道路封閉。659路線路：由胡里山往廈大方向行至大學路演武路口，改經民族路、成功大道、思明南路接原線路運行，減停：廈大西村、博物館站，增停：中華兒女美術館和冷凍廠站。返程運行不變。
思明南路（成功大道—演武路）路面工程改造施工，第一階段封閉施工至2011年06月05日結束，為保障高考考生的交通出行，6日至8日思明南路恢復雙向通行，9日起實施第二階段封閉施工：
第二階段：2011年06月09日至07月08日，西側施工道路封閉。
659路線路：往胡里山方向行至思明南路成功大道路口，改經成功大道、民族路、大學路接原線路運行，增停：冷凍廠和中華兒女美術館站，減停：理工學院和廈大西村站。返程運行不變。
2011年09月01日起，刷e通卡搭公交，從9折調整至8折；最高票價由3元降到2元。
2012年03月05日起，659路（同安岳口小區站←→胡里山站）調整同安段的線路走向，從同安岳口小區始發車後改經銀湖大橋、銀湖中路，避行岳東路、環城東路、環城北路、環城西路。
1、增減停站點：增停:同安電視台站、同安區政府站。減停:東橋站、同安一中站、小西門站、城西站、新西橋站、同興站、安溪路口站、祥橋路口站、同安汽車站（西）。
2、首末班時間：同安岳口小區首班05:25末班20:50，胡里山首班06:05末班21:50。
2013年05月30日起，同安公交公司將再添20輛自動擋新車，至此，同安公交公司自動擋車從原來的35輛增加到55輛。在接下來的新車投放中，更先進、更清潔、更舒適的公車是採購重點。新車將投入到659路同安岳口小區至胡里山的線路上為市民服務。
2013年08月19日起，為消除胡里山車場人車混行的安全隱患，該站點實行人車分流， 659路往胡里山方向，終點站調整至廈大白城站。原在胡里山車站內上車的乘客，請改到車站對面的公交站點“胡里山站”上車。
2013年08月29日起，環島路（方位：南）“胡里山站”更名為“胡里山公交場站”（同安岳口小區站←→胡里山公交場站）。
2015年04月25日至2016年04月25日，受集美立交橋改造工程影響，659路公交線路將改走繞行線路：從原來線路銀江路-匝道橋-廈門大橋，改為繞行銀江路-地面轉盤-東南側匝道橋-廈門大橋。
2015年10月01日起，啟用胡里山公交場站門口的紅綠燈，胡里山公交場站內始發的659路公交線路，車場發車後直接在路口左轉，不再繞行龍虎山掉頭區。659路公交線路胡里山公交場站始發方向減停：名仕站、廈大藝術學院站、胡里山站等站點。
2015年10月15日起，為進一步提升同集路公交運營服務水平，同集南路上單向取消喜盈門站，增設一對“葉厝站” 。
2016年04月16日起，為方便市民及遊客的出行，思明南路的“博物館站”更名為“華僑博物院站”。同時，思明南路的“理工學院站（思明）”更名為“理工學院思明校區站”；思明南路的“鎮海路站”更名為“鎮海路口站”；文園路的“文園路口站”更名為“文塔站”。
2016年10月01日起，根據廈門交警部門發布的《胡里山片區交通組織方案》要求，胡里山公交場站始發的659路公交線路臨時單向繞行。線路由胡里山公交場站始發， 經環島南路、曾厝垵西路、曾厝垵北路、龍虎山路、環島南路、大學路接原線路運行；返程線路走向不變。停靠站點不變。
2017年03月18日起，城南路的“同安汽車站（南）”站更名為“三香里站”。
運行路段
659路（同安岳口小區站←→胡里山公交場站）
線路走向：
上行：同安岳口小區站始發，經鳳山路、銀湖中路、銀湖大橋、銀湖中路、城南路、同集北路、同集中路、同集南路、銀江路、廈門大橋、嘉禾路、石鼓山立交橋、嘉禾路、廈禾路、文園路、虎園路、同安路、鎮海路、思明南路、演武路、大學路至胡里山公交場站。
下行：胡里山公交場站始發，經環島南路、大學路、演武路、演武西路、思明南路、鎮海路、同安路、虎園路、文園路、廈禾路、嘉禾路、石鼓山立交橋、嘉禾路、廈門大橋、銀江路、同集南路、同集中路、同集北路、城南路、銀湖中路、銀湖大橋、銀湖中路、鳳山路至同安岳口小區站。
沿途站點
659路 跨區線路同安岳口小區站[首班：05:25末班：20:50]←→廈門大橋←→胡里山公交場站[首班：06:05末班：21:50]
跨段站點：同安岳口小區—禹洲大學城—高崎—胡里山公交場站
票價：上車1元，跨段遞增1元，全程2元，E通卡8折優惠。
上行
同安岳口小區站→同安電視台站→同安區政府站→三香里站→城南站→陽翟站→第三醫院站→泥山站→西湖村站→工業集中區站→四口圳站→後垵站→西柯路口站→輕工食品園站→潘塗站→海英站→蔡店站→洪塘頭站→禹洲大學城站→後鄭站→TDK站→葉厝站→霞梧路口站→孫厝路口站→集美區政府路（集美汽車站）→高崎站→高崎火車站（中埔）→殿前站→馬壠站→塘邊站→SM城市廣場站→仙岳路口站→呂厝北站→蓮花路口東站→蓮坂北站→蓮坂國貿站→梧村車站→金榜公園站→文灶站→文塔站→將軍祠站→一七四醫院站→廈門一中站→實驗國小站→第一醫院站→鎮海路口站→大生里站→華僑博物院站→理工學院思明校區站→廈大西村站→廈大醫院站→廈大白城站→胡里山公交場站
下行
胡里山公交場站→廈大白城站→廈大醫院站→廈大西村站→華僑博物院站→大生里站→第一醫院站→實驗國小站→廈門賓館站→廈門一中站→一七四醫院站→將軍祠站→文灶站→金榜公園站→火車站→蓮坂國貿站→蓮坂北站→蓮花路口東站→呂厝北站→仙岳路口站→SM城市廣場站→塘邊站→馬壠站→殿前站→高崎火車站（中埔）→高崎站→集美區政府站（集美汽車站）→印斗路口站→孫厝路口站→霞梧路口站→葉厝站→TDK站→後鄭站→禹洲大學城站→洪塘頭站→蔡店站→海英站→潘塗站→輕工食品園站→西柯路口站→後垵站→四口圳站→工業集中區站→西湖村站→泥山站→第三醫院站→陽翟站→城南站→三香里站→同安區政府站→同安電視台站→同安岳口小區站
