截止2004年底，全所在職職工人數為110人，其中專業技術人員總數為85人，有研究員7人，副研究員26人，中級35人，初級17人。其中省級重點學科帶頭人2人，省級學科後備帶頭人2人；博士2人，碩士15人。2001年與黑龍江大學聯合創辦生物化學與分子生物學專業碩士學位授予點。2004年經省人事廳審核批准成為生物工程博士後產業基地。
黑龍江省科學院微生物研究所固定資產達1200餘萬元，已形成科研創新、產品開發和後勤服務的合理布局：基因工程研究室、微生物研究室、醫藥開發研究室、食用菌研究室、生物技術工程中心和蕈菌中試基地組成了涵蓋微生物上下游技術研究的科研創新體系；龍泰生物技術有限開發公司、泰威生物技術有限開發公司和波塞冬經貿公司組建了產品開發推廣的網路模式；科研生產部、資產財務部、人事政工部、行政後勤部提供了有力的後勤服務保障。各體系的良好運行成為持續發展的有力支撐。
由研究所和兩個省級學會主辦的國家生物學核心期刊《生物技術》向國內外公開發行；黑龍江省微生物學會、黑龍江省生物工程學會、黑龍江省生物工程重點實驗室、黑龍江省生物製品技術質量監督檢驗站、黑龍江省菌種保藏委員會、黑龍江省食用菌標準化技術委員會、黑龍江省食用菌中試基地、黑龍江省科學院生物技術工程中心、哈爾濱市道里區生產力促進中心等單位均駐在研究所。
1998年被黑龍江省委、省政府授予省級"文明單位標兵"，2004年通過複審，再次被評為省級“文明單位標兵”。
為更好地服務於社會，研究所願與社會各界有識之士合作，共同發展我國的生物技術產業。
組織結構
研發機構基因工程研究室、微生物研究室、醫藥開發研究室、食用菌研究室
產業實體哈爾濱中科生物工程有限公司、黑龍江龍泰生物技術有限公司、哈爾濱波塞冬經貿公司
服務機構科研生產部、資產財務部、行政綜合部、人事政工部、
其他機構生物技術工程中心、生物工程重點實驗室
公益性部門
黑龍江省微生物學會、黑龍江省生物工程學會、生物技術雜誌編輯部
