黑龍江省人民檢察院反貪污賄賂局共下設偵查一處、偵查二處、綜合指導處三個內設機構。
偵查一處:負責依法查辦貪污賄賂等職務犯罪大案、要案。
偵查二處:負責初查和立案偵查領導批示、交辦的貪污賄賂犯罪案件;負責貪污賄賂犯罪信息收集和線索經營工作。
綜合指導處:反貪局綜合指導處為反貪局的綜合指導部門,負責協助局領導處理日常工作事務;組織協調局重大工作部署、重大決策的貫徹實施;組織全省檢察機關反貪污賄賂工作會議和重大活動;掌握、分析全省檢察機關反貪污賄賂工作情況和信息綜合;負責開展反貪專題調研;負責對全省反貪部門的工作進行巨觀指導和個案指導;負責對全省反貪部門辦理的職務犯罪案件備案審查以及對市分院辦理的職務犯罪需撤案的案件進行審批;負責局文秘、檔案管理及其他協調保障工作。