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長城是明朝修建的，所以寺院應該是先於長城，在明朝前建造。楊家峁村的張子秀老人聽他家老祖宗一代一代傳下來的故事這樣說：在唐朝初期，西北部邊境地區連年戰事迭起。約公元六二二年夏季，唐高祖李淵派一位馬將軍領著大軍，從京城出發，通過古驛道到達這裡，平息戰亂，在此歇息。馬將軍突然發現驛道靠北山頂一側坡上有一個小廟，當時是很簡易的，屬土木結構建築。他走到廟前打開廟門一看，裡邊法台上供奉著關聖帝君，手持月牙大刀為站立塑像，前邊供有約30共分左右的三尊古佛銅像。香爐里香菸繚繞，好像有人剛敬過香，馬將軍頓時心生跪拜求佛保佑之意。他思索片刻後，隨手點燃三柱清香，跪拜稟告並祈禱：“佛爺爺，我這回帶大軍西征平息戰亂，凶吉未卜，勝負不知，生死難以言斷，叩請佛爺保佑。”並當下許諾，“如若吾軍能取勝，迅速平息邊境戰事，並能帶眾將士安然返回，我等將拿出銀兩修繕擴建寺廟，金塑佛身，立旗掛幡，供奉三寶。假若犧牲，為國捐軀，本將死而無嘆，但只惜不能完成吾等許諾，叩請佛爺見諒！”
說畢作揖而起，退出廟中，帶領大軍直取西域，至蘭州嘉峪關一帶。在兩年多時間的征戰中，說也神奇，大軍一路西進，長驅直入，所到之處，連連獲勝，大敗西北邊境入侵之寇。得勝歸來，至邊塞重鎮麻地溝安營紮寨，大軍就地整休。位於黎元山智通寺西邊山坡上，全是軍營帳篷和披甲帶刀的將士。
這位馬將軍將繳獲外軍戰利品、金銀財寶和皇宮撥付的軍餉拿出很大一部分來，車拉馬馱，攜入智通寺屬地楊家峁，布施於建廟之用，在佛前還願稟明：“這次出征大獲全勝，全憑佛爺爺保佑，為報佛恩，我全體將士拿出銀兩，擴建廟宇，金塑佛身，將立即動工，阿彌陀佛。”說罷，便尋找當地縣令和麻地溝官吏接洽，共商擴建方案，委託當地人士完成此願。不久，馬將軍回到京城，將全過程稟報給當今聖上唐高祖李淵。當即皇帝下旨命京城最好的木泥瓦漆匠人，運去最好的材料，令儘快建成寺院，永保大唐興旺發達、國泰民安。馬將軍與麾下眾將士都受到了朝廷不同層級的封賜，福祿綿長，安度晚年。
話說當時，由地方人士承擔此重任，工匠從京城所派，根據設計方案，銀兩已可足用，於次年建成。修前後兩院，全是磚木結構。廟山門設青磚台階，前正門進去是關帝大殿，兩側龍王殿和送子聖母殿。後院正殿，即三尊古佛大殿，於前院關帝殿背面是倒坐觀音菩薩殿，耳殿是韋托護法和面燃大士。院中植入柏樹，前後兩院用青磚鋪成圖案，前後兩院東西起牆連線圍回，前院建東西會房。各大殿內牆壁和頂梁由能工巧匠精雕細刻，水彩壁畫，雲飛龍舞，雕梁畫柱，詩畫相映，流光溢彩，美景佳境，好一座完整優雅供奉三寶和伽藍聖眾菩薩的佛境聖地。這是當時漢地北部最莊嚴的寺院。
就因此，明長城修造經過這裡時，轉了一個大彎，繞廟而過。本可直徑而修，但建造長城者，將廟包囊在長城之內，被後來的大德高僧稱之為形同犁轅之耕作，廣種福田而寓意，故名黎元山智通寺。
清末明初，麻地溝地方知名人士甄樹雄先生髮心再次擴建整修了大殿前抱裟廳，東西二十六間禪堂和戲台。至此智通寺初具規模，周邊三省善男信女紛紛到此敬香許願，僧人倍增，誦經坐禪作佛事，前山後套的人也回來敬香，當時遠近有名，香火興盛。
黎元山智通寺歷代主持，因失廟志和地方志暫未探尋確切，可知的主持已是林濟正宗的第二十七代傳人，在此寺稱西來六代和尚。當他年老時，在眾多僧員中為該寺選中下一代主持後，自歷游各禪寺，講經說法，偶於榆林青雲山坐化。其接替人禪林第二十八代方丈達空，又名玉山和尚，其人修行甚高，通禪悟道，有功德圓滿之巨匾為證，可謂一代高僧。解放初期，從山西河曲縣香山寺過來的無染師傅，在智通寺放焰口一百天，超度那些在戰亂中陣亡的各方軍人官兵等，後去寧夏銀川海寶佛寺修行，現在法號為清淨法師，於2006年2月7日坐化圓寂。
智通寺原藏三藏大經，佛經律論典籍為摺疊式藍色裝本，在解放初期和文革時與寺廟一起毀損。歷史上這座寺院，為弘法利生，福國利民，發揮了重要作用。
